一、故事背景:
很多人看不懂EVA，对里面的剧情感到疑惑，很大一部分原因来自对故事背景的不了解，因此看不懂里面的很多设定。这也难怪，EVA开篇就直接开始讲碇真嗣驾驶初号机，对背景内容没有太大的介绍。
梦开始的地方在远古时期，上帝将生命之树的种子种在了一种叫“月”的身上，然后种子长出生命之树，生命之树在之后分离成了亚当和莉莉丝（因此亚当和莉莉丝虽然都是使徒，却是平等地位的，莉莉丝并不属于亚当）。而生命之树剩下没有分离的部分成为了朗基努斯之枪。
朗基努斯之枪公元前46亿年前，白之月，也就是亚当撞击了地球的南极（后来人们在南极发现了亚当），这时候的地球是没有任何生物的，完全就是一片荒漠。亚当在地球繁衍出十四名使徒（渚薰是人类把亚当的灵魂提取出来然后存放在一个少年身体里的，故不应该算亚当在公元前46亿年前繁衍的使徒），并将使徒送往了世界各地。
使徒Q版合照公元前40亿年前，黑之月，也就是莉莉丝也撞击了地球。陨石撞击时散落的碎片受到地球的引力，形成了月亮。而陨石撞击的地方就是日本（后来成为了地下组织NERV的总部）。而这次撞击带来的冲击也使包括亚当在内的十名使徒陷入沉睡，这便是第一次冲击。而同时莉莉丝也从身体里流出一种叫“LCL”的液体，这种液体流入海洋，并且诞生了地球上的各种生物，人类也是这时诞生的。
带上面具的莉莉丝生命之树上还有两个果实，一个是生命果实，一个是智慧果实。使徒选择了生命果实，因此拥有强大的力量与再生能力，但是智力低下。人类选择了智慧果实，并在之后依靠智慧制作各种科技，达到了可以与使徒对抗的地步。不过由于人类是分离的个体，所以生命脆弱，并且人与人之间存在着隔阂（也就是AT力场）。
2000年之前（详细时间不明），南极科考队在南极发现了沉睡中的亚当，为了避免亚当苏醒时毁灭地球，人类在南极建立了研究所，打算将亚当还原成胚胎时期，减少亚当苏醒带来的损失。（因为死海文书记载使徒会回归亚当，从而引发第三次冲击，毁灭人类。因此人类必须要在使徒苏醒前想办法控制亚当。）2000年，亚当苏醒，引发了第二次冲击。由于这次冲击，人类数量减少了一半，世界各地的使徒也准备苏醒，而亚当也由于消耗过度再次陷入沉睡
不同状态下的亚当。
2003年，成立了人工进化研究所（NERV前身），并开始研究制作EVA。
位于地下的NERV2015年，使徒水天使第一个醒来，并且进攻NERV总部。之后就是大家看到的故事了。
二、结局讲解:
除了故事背景，EVA还有一个地方令人不解，就是EVA的结局了。由于作者庵野秀明在创作EVA时做着做着没钱了，因此采用了一种意识流手法（这在当时是绝无仅有的，所以说痞子是真的NB）。
使徒被全部消灭后，seele欲控制NERV，用初号机来完成人类补完计划，因此派出联合国军队进攻NERV，进行了大屠杀。此时碇真嗣由于杀死了渚薰内心极度自闭，无法驾驶初号机，绫波丽在与碇司令进行人类补完计划（这个人类补完计划与seele的有点不一样），明日香在关键时刻感受到了二号机里母亲的灵魂，明白了AT力场的意义，成功觉醒过来，并只身一人对战九架量产机（非常厉害有木有）。
明白了AT力场的明日香可惜最后不敌，被量产机撕咬的惨不忍睹。初号机中的碇唯的灵魂此时醒来了，直接把碇真嗣塞入初号机。碇司令在进行自己的计划时三代绫波零自我意识觉醒，她听到了真嗣的呼叫，拒绝与亚当融合（此时亚当已经移植在碇司令手中，也就是说碇司令从某种程度上来说等同于亚当），回归了莉莉丝，打算去拯救真嗣。而绫波零这样做的结果就是，永远与莉莉丝融为一体，也就是绫波丽再也回不来了。
Seele借助量产机、朗基努斯之枪、初号机发动了第三次冲击。所有生物都将回归生命之树本体。
即将回归生命之树的初号机而生命之树需要融合灵魂，此时在初号机中的碇唯与生命之树融合了，因此保存了真嗣灵魂的完整。在人类补完计划之后，所有人融合成了一个生物，只剩下真嗣是完整的个体。（这里说一下，就是人类补完计划其实是碇真嗣选择的，因为当时凌波零想要拯救碇真嗣，一直在询问碇真嗣内心真正的愿望。碇真嗣说出来，没有人理解我，所以大家都去死吧。）此时绫波丽帮真嗣在lcl之海中创造了一个世界，这个世界是真嗣一直以来想要的世界，没有了心之壁，人与人都融为了一体，没有了隔阂。
真嗣发现一直追求的这个世界并不是他想要的，于是零再一次帮助了真嗣。零牺牲了自己，将人类融合的灵魂再次分离，只要个体愿意脱离那个世界，希望拥有独立的个体，任何人都能从lcl之海中出来。而此时本来就是独立个体的真嗣从lcl之海中出来，岸上，明日香也早早的待在了那里。真嗣害怕再次被拒绝，掐住明日香的脖子，明日香摸摸真嗣的脸，表示接受他。随着明日香最后一句：“你真恶心。”
史上最伟大动漫，《EVA新世纪福音战士》，完结了。
三、补充说明:
1,seele是一群老头领导的，他们认为人类是罪恶的，是脆弱的，要让人类进化就必须让人类回归莉莉丝，融为一体。这样人类既能弥补罪过，完成赎罪，又因为没有了心之壁，以及能同时拥有生命和智慧果实从而使人类向高等级进化。
2,碇源堂的一开始并不是真心喜欢碇唯，只是为了加入秘密组织seele而接近碇唯，直到那次意外后碇唯永远留在了初号机，碇源堂意识到自己是真心喜欢碇唯的，于是开始执行自己的计划，后来把亚当植入手中，这样在人类补完计划时莉莉丝会误以为碇源堂就是亚当，碇源堂因此成为莉莉丝容器里面的主导灵魂，也就是成为这个神的主人，从而见到碇唯。
3,碇唯认为人类应该按照自己的意志活下去，因此主动和初号机融为一体，打算阻止第三次冲击（因为第三次冲击初号机是关键），就算无法破坏整个计划，至少保证自己的儿子不会被补完。在最后碇唯与初号机永远留在了宇宙之间，这样人类的存在的证明就会一直保存。
4,碇真嗣其实是亲眼看着自己母亲出事的，但是当时他还小，而且后来利用科技抹除了他的记忆。
5,死海文书预言了2015年使徒会来袭，人类会回归莉莉丝（人类补完计划）等，但是EVA中并没有说死海文书的来源。但是有广泛的两种说法，一种是最初的人类，也就是人类的祖先编写的。一种是上帝编写的，在亚当撞击地球时带来的。
6,为什么一直让碇真嗣驾驶，因为他是最强适格者。他妈的灵魂就在那里，因此注定他必须要登上初号机，这也是碇唯的计划之一，为了后来能保护碇真嗣。
7,初号机在暴走是吃掉了力天使的S2开关，也就是生命果实，也就是这时初号机拥有了两种果实，有了成神的资格，或者说初号机现在已经是半神了。
8,碇真嗣他妈是自己要留在初号机，而明日香她妈是真的出了意外的，而且只是一部分灵魂留在了二号机，所以之后明日香她妈疯了。
9,绫波零是用莉莉丝的细胞加碇唯的DNA复制的，所以凌波零的样子虽然是碇唯，不过思想应该是莉莉丝，不过这个思想在第三个复制体才觉醒。
10,AT力场其实就是心之壁，也就说一个人与别人的隔阂越大，越不接受别人，他的AT力场就越强。驾驶员在驾驶时是会与EVA融为一体的，但同步率会影响融合的程度，所以说同步率越高，AT力场越强。
11,人类是第十八使徒的意思是，所有人类其实是一个个体，叫第十三使徒，名字叫“Lilin”。Lilin是由莉莉丝繁衍的，但是由于Lilin不像其他使徒一样选择了生命果实而是选择了智慧果实，因此Lilin的AT力场很弱，无法维持本体形态，化分成无数个体，也就是人类。因此人类补完计划实质是人类重新复合，合成第十三使徒Lilin，然后回归繁衍自己的莉莉丝。
12,葛城美里是当年南极科考队唯一幸存者，当时一直不关心她父亲将唯一的救生舱给了她，她逃生后，不知道自己究竟是爱父亲还是恨父亲，因此患上了失语症，直到遇见赤木律子和加持良治。
13,量产机中有一架是中国制造的，而NERV在中国也有分部，一个在北京，一个在上海。而庵野秀明也在最新剧场版的小短片前面的采访说过：“上海是一座很有魅力的城市，我有机会的话打算将上海放进我的作品。”
14,被称为“动漫界的蒙娜丽莎”的绫波零的微笑其实有四个版本：1995年的初代TV版（当然这个网上是不可能存在的，除非你搜天鹰战士）；1997年的剧场版《死于新生》；2004年的高清重绘TV版；2007年的剧场版《序》。我个人认为《死于新生》里面的才是女神的微笑。