上海的客运水路由三部分组成：上海沿海客运码头、上海三岛（崇明、长兴、横沙）客运码头、上海三岛车客渡码头。沿海客运码头基本继承了原十六铺客运码头的航线，有开往定海、普陀山、南通、舟山、岱山以及长江沿岸城市等多条航线。
1.吴淞口客运中心码头
2003年9月16日启用，同年9月25日原上海十六铺客运站至普陀山、定海航线迁移至此停靠。目前运营上海前往安徽、江苏、浙江、湖北、河南等省的20余条长途航线，每天发送20个航班，是上海水上客运门户。
地址：宝山区凇宝路251号
交通：地铁三号线
公交：719路、淞安专线、永罗线、宝山8路、 宝山5路等
2.吴淞口国际邮轮码头
地址：上海市宝山区宝杨路1号
交通：地铁三号线宝杨路站下，换乘宝山9路到宝杨路汽车站下，步行200米就到了。
3.芦潮港车客渡码头
芦潮港车客渡码头远通宁波、舟山、普陀山，近至大小洋山，是出海游客的必经之地。
地址：南汇芦潮港镇首
交通：川芦专线、龙平芦专线、龙新芦专线、川芦专线
4.金山嘴车客渡码头
金山卫—普陀山海上专线”在金山嘴车客渡码头和普陀山码头之间往返，每天一趟。金山的出发时间为8:45，预计11:30抵达普陀山；返航时间为13:45，预计16:30抵达金山。
地址：沪杭公路7741号
交通：从上海南站可坐和谐号列车，32分钟到金山卫，然后转坐1、2路公交或者打车前往码头。
5.上海港国际客运中心码头
上海港国际客运中心码头（又称“一滴水”）东起高阳路，西至虹口港，北沿东大名路，南到黄浦江，可以同时停靠3 艘豪华邮轮。
地址：上海虹口区东大名路500号
交通：公交934路、921路、868路、135路、37路、33路、22路
6.十六铺码头
这个码头到其他地方的轮渡已经停运，目前只有黄浦江游船。 地址：黄浦区中山东二路501号新十六铺商业区内（近东门路） 交通：公交33路、55路、65路、576路、旅游观光1线等。
7.吴淞码头
吴淞码头有到崇明岛南门的客渡、快艇；到崇明岛堡镇的客渡；到崇明岛新河的客渡、快艇；到长兴、横沙岛的客渡、快艇。 电话：021-56671202 地址：淞浦路100号 交通：地铁三号线，或公交淞安专线、申崇五线班车、宝山21路、宝山1路、淞泾专线、淞嘉线等。
8.宝杨路客运码头
主要是来往崇明岛的航线。
地址：宝杨支路18号 交通：地铁3三号线宝杨路下车，1号出口转乘宝山9路可到。
东金线（东昌路—金陵东路）
这条线路往返东昌路和金陵东路之间，浦西这边有外滩观光平台游览区、黄浦区中心医院、豫园、古城公园等景点，浦东则有东方明珠、金茂大厦、环球金融中心、正大广场，也是另种游览上海的方式。
