一千多年来，三塔经历了风雨剥蚀和多次强烈大地震，仍然巍然屹立，显示了古代大理劳动人民的智慧。公元1056年（丙辰年）农历五月初六大理发生大地震，史籍载：“城廓人庐尽圯，中塔（大塔）折裂如破竹，旬日复吉，安然无恙”。后面两座小塔被震斜，至今斜立，蔚为奇观。《大理县志》记载：“丙辰之变尽毁，惟三塔岿然尚存”。说明崇圣寺经强烈大地震和经历战乱与浩劫毁于晚清，十分可惜。
1994年10月，成立了崇圣寺三塔文物保护管理所，随后又组建了三塔公园。在“建设民族文化大州”和“保护为主，抢救第一，有效保护，合理利用，加强管理”的方针指导下，省、州、市文化部门对三塔公园进行科学规划，自筹资金，投入8000多万元恢复重建了一批精美的历史文化景观——重铸南诏建极大钟（复建钟楼），重铸雨铜观音（复建雨铜观音殿），展稀世画卷——《南诏国史图传》、《张胜温画梵像卷》，置宝鼎，铭三塔历史，建三塔文物陈列馆、夜景灯光工程、三塔聚影池、三塔苑酒店等，逐年绿化、美化景区，植树20335株（其中珍稀树种687株），种植草坪140000平方米，绿化面积达90%以上。公园面积由85亩扩大至400多亩，成为服务功能齐全，绿树成荫，花鲜草茵，环境幽雅的大型文物保护单位和独特的文化旅游公园。2002年10月，为整合大理旅游资源，州、市政府决定成立大理旅游集团，三塔公园隶属该集团。三塔公园为创三优景区，大力推行现代化企业管理，开展升级达标工作，2003年荣获国家4A级旅游风景区证书，2004年通过ISO9001-14001质量环境管理体系认证。成为国家级风景名胜区。2005年4月崇圣寺大规模恢复重建竣工，结束了崇圣寺三塔近百年来“有塔无寺”的历史，形成了塔寺辉映的美景。崇圣寺的规划布局以保护三塔为核心，源于历史，超越历史，借鉴了国内外著名寺庙布局的特点，集唐、宋、元、明、清历代建筑特色之精华，按主次三轴线，八台九进十一层次进行规划建设。整个仿古建筑群落占地600亩，建筑面积20080平方米，总投资1.82亿元。主轴线上依次建有大鹏金翅鸟广场、山门、护法殿、弥勒殿、十一面观音殿、大雄宝殿、阿嵯耶观音阁、山海大观石牌坊、望海楼。中轴线两旁和次轴线上建有法物流通处、方丈堂、客堂、斋堂、罗汉堂、千佛廓、祖师殿、佛教研究院。寺内塑像以《张胜温画卷》、明代梨广修所塑的“五百罗汉像”和三塔出土文物为蓝本创作而成，融合了“禅宗”、“密宗”的特点，形成独特的大理雕像风格。寺内617尊（件）佛像、法器均用青铜浇铸而成，用铜千余吨，其中599尊（件）为贴金、彩绘，创全国之最。各种造像像千姿百态，栩栩如生，堪称雕塑之精品。寺内建筑主体以钢混结构为主，斗拱门窗及细部装修采用优质的红椿木精雕细凿，中轴线建筑采用最高规格的金龙金凤和玺彩，两次轴线采用庄重典雅的旋子彩，廊阁内院采用活泼诙谐的苏式彩，整个建筑起伏跌宕，错落有致、金碧辉煌、气势磅礴，而又不失民族特色；木雕艺术如《张胜温画卷》长卷、佛本身的故事、观音十八变等，格调高雅，独具匠心，堪称珍品；石雕艺术形态各异、活灵活现。整个建筑、彩绘、雕塑风格与寺内清新秀丽的绿化美化，熣灿耀眼的灯光艺术相融合，营造出崇圣寺浓厚、庄严的佛教氛围，堪称现代佛教寺院的典范。