毗卢寺位于南京市汉府街4号，始建于明嘉靖年间（1522-1566），因寺中供养毗卢遮那佛而得名。
毗卢遮那佛是释迦牟尼的法身佛。佛教中经常会提到“三身佛”，即法身“毗卢遮那佛”，应身“释迦牟尼佛”，报身“卢舍那佛”。
这三尊佛像的关系非常奇妙，对此佛教中有一个精妙的比喻：法身佛如明月，报身佛如月光，应身佛如月之影。意思是即使水干了，月亮的影子不见了，但月亮依旧存在。就是说法身毗卢遮那佛，不管在什么时候都永远存在。
民国的首都是南京，民国时期，南京毗卢寺是全国佛教的中心，中国佛教会、中华佛学研究会、中国宗教联谊会、首都中医院皆设于此。
走进香烟缭绕的毗卢寺，高大的银杏树在阳光的映照下，金光闪闪，据说是清末光绪年间曾国荃在南京任两江总督时亲手种植。
盛时的毗卢寺，东至明故宫、西至总统府、北至珠江路、南至长江路，为南京第一大寺。
文革期间，毗卢寺3000尊佛像全部散失，房屋殿堂都被成了工厂的车间和库房。上世纪九十年代，在政府支持下，毗卢寺开始修复。2004年，基本复建成现在的模样。
位于万佛楼的二楼的藏经楼，现藏有《乾隆大藏经》。中国历史上《大藏经》分多个时期多种版本，其中以明永乐和清乾隆时期的藏经最为名贵。南京毗卢寺的这一套即为清刻版乾隆大正藏，全套共168本，全世界仅有40套。
来访时，寺内包括鼓楼等设施还在维护中。今天的规模已不可与以往同日而语。