最早提出解决“文革”中的问题/>
1976年10月，党中央一举粉碎了“四人帮”。纪登奎是在华国锋、汪东兴等人已经把“四人帮”抓捕之后，得到中央通知，到玉泉山开中央政治局会议时，才得知粉碎“四人帮”的消息的。他知道这个消息后，心里是高兴的。10月6日晚10点多钟，中央政治局在玉泉山叶剑英住地开会。会议开始时，华国锋、叶剑英通报了抓捕“四人帮”的情况。大家发言时，纪登奎表示坚决拥护中央的这个决定。会议做出由华国锋为党中央主席的决定，通过了向全党全军全国人民通报对“四人帮”实施隔离审查的中央16号文件。纪登奎对此都表示拥护。
在讨论16号文件时，纪登奎还提出，毛主席曾讲过，对“文化大革命”，要三七开，文件中应该指出“文化大革命”的错误所在。这是中央高层领导中，提出对“文化大革命”怀疑或者否定意见的第一人。由此也可以看出纪登奎对“文化大革命”的真实态度。
反对个人崇拜而辞职/>
粉碎“四人帮”后的一段时间里，纪登奎仍然在中央担任领导职务。他的职务没有提也没有降。他是拥护华国锋的，工作中也是努力的。
但在接下来的时间里，华国锋任主席后，由于当时的特殊环境，开始搞个人崇拜，尤于编写歌颂华国锋的歌曲：“交城的山来，交城的水，交城县出了个华政委”，个人崇拜达到极点。也正是因为这首歌曲，交由纪登奎审核时，一席话决定了其政治命运，纪登奎对这首歌的看法是：交城县十八个人的游击队政委，歌就不要唱了，健在的老帅们那个带的兵不比华主席多？他们心里能平衡吗？要以干好工作树立威信，今后个人崇拜就不要搞了。此后不久，就将其分管的宣传、组织工作先后交由他人管理。没多长时间，纪登奎自己很知趣的辞去了所有职务。
1978年，党的十一届三中全会召开。就是在这次会议上，中央决定纪登奎辞去他在中央和国务院的领导职务，但没有公开。到了1980年春天，在党的十一届五中全会上，纪登奎正式辞去了他担任的党和国家领导职务。
纪登奎辞去他担任的党和国家领导职务后，邓小平找他谈过一次话，鼓励他还要继续做一些工作，又征询了他的意见。后来，中央安排纪登奎主管了一段时间的旅游工作。在工作中，他向中央提出旅游也是一个重要产业，也会给国家带来较大收入的意见，他用“无烟工业”一词形容旅游业，还提出了发展旅游业的一些具体意见。他的意见很受中央重视。后来中央按他的意见，加强了对旅游产业的投入，此后数年，旅游业发展迅速，这与纪登奎的意见和工作是分不开的。
1982年，中央安排纪登奎到国务院农村发展研究中心做农村政策调查研究工作。给他定的职务是“部级研究员”。这在当时是职务级别最高的研究员了。
纪登奎到国务院农村发展研究中心当“部级研究员”后，对研究工作也很努力。他到一些地方搞了一些调查研究工作，也根据自己多年工作经验和新的情况，向中央提出了一些对策和建议。
1988年7月13日，纪登奎因病在北京去世。享年65岁。
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