净觉寺始建于明洪武二十一年（公元1388），系朱元璋敕建，其建筑规模宏大。郑和七下西洋前夕，奏请明宣宗重修使规模再次扩大，占地达40余亩。
净觉寺不仅规模宏伟，更因先贤刘智、王岱舆等在此研习经典，弘扬“以儒传经”的渊源而深受海内外学者景仰。净觉寺历史上屡遭燹毁几番复建，现大部分建筑为清末重建，占地面积4000平方米。2007年采用产权置换方式将毗邻的砂珠巷1号操场划入净觉寺，面积得以扩大。南京市伊斯兰教协会亦在此办公。
净觉寺被授予“ 省文物保护单位” “全国模范清真寺” “江苏省五星级宗教活动场所” “南京市标准化宗教活动场所” 等称号。