佛顶宫位于南京市江宁区牛首山遗址公园。牛首山遗址公园项目规划设计范围东至宁丹路，西至大谷线，北到江宁行政边界，南到牛首祖堂景区分界线，总面积约10.8平方公里，其中核心区规划设计范围总面积约0.6平方公里。在规划上确定了“天阙藏地宫，双塔出五禅”、“一花五叶”的总体布局。整个佛顶宫总建筑面积近10万平方米，主体建筑共9层，地下利用矿坑建设了6层，规模宏大，可以说在世界上的佛教建筑中也是少见的。而这里就是安放和供奉佛顶舍利的地方。
佛顶宫中并不是一个单一的穹顶，而是设计成天井式的上下直通空间，中心的佛涅槃的卧像令人震撼，游客可以从多个角度进行瞻仰。佛陀用生老病死四相来劝化众生，佛教的“涅槃”是一种不生不灭的永恒宁静的境界。在这里游客可以“借花献佛”——佛说法时，诸天散花。相传，佛国净土也有昼夜雨花的祥瑞，释迦牟尼佛涅槃时，所有人也持香花、宝幢等供养。