南京公共安全教育馆位于主体馆地下一层。
2011年，在市人防办投资支持下，科技馆将原负一楼知识海洋展区改造成南京公共安全教育馆，面积约4800平方米。展区由人民防空、交通安全、消防安全、社会治安、用电安全、自然灾害、卫生健康、核生化知识、生产生活安全和地震体验10个展区组成，展品60余件，通过互动体验方式，向广大市民普及防空知识，增强安全意识，提高应急自救互救技能。2015年新建成了200平米的安全生产新展区，2017年又将原先的卫生健康展区改造成红十字展区。2021年以后在其中开辟出一个面积约800平方米的临展区。
展项：空袭隧道
展项：地铁逃生
展项：紧急迫降
展项：地震体验
红十字展区
