关于鸡鸣寺的前身，主要有两种说法：一种是三国孙吴时栖玄寺之说，另一种是南朝梁时同泰寺之说。第一种说法认为早在孙吴时期，现在鸡鸣寺的地方就建有一座叫栖玄寺的庙宇，因鸡笼山北面有栖玄塘而得名。
南朝宋文帝第七子刘宏在鸡笼山东偏北处建府第，临终前捐为寺庙，沿用名“栖玄寺”，南齐改为“建元寺”。孙吴时开拓了南北向的潮沟，经栖玄寺前，北通玄武湖。后人从资料看，认定栖玄寺为鸡鸣寺的前身。
第二种说法认定南朝梁普通八年（527年），鸡笼山所建的同泰寺是鸡鸣寺前身，当时同泰寺范围很大，从山下一直延伸到鸡笼山上，整个寺院依皇家规格而建，规模宏大，金碧辉煌。只是在建成后短短二三十年间，两次遭受雷击，损毁严重。
明初，朱元璋着意整理佛教，南京寺院大多迁往城外，唯独保留了同泰寺里的普济禅师庙。后在旧址上重建鸡鸣寺，成为金陵城内很有影响力的寺院。
当然，不管是栖玄寺还是同泰寺，都改变不了鸡鸣寺南朝首刹的事实。寺庙虽然给人感觉小小的，但其中还有许多不为人知的特别之处。比如同治年间兴建的观音楼，楼中观音与其他寺庙不同，是一尊面朝北而望的倒坐菩萨像。佛龛上的楹联道出了其奥秘：“问菩萨为何倒坐，叹众生不可回头。”
再比如，鸡鸣寺的药师佛塔，塔内供奉的药师佛铜佛像一尊，原供奉于北京雍和宫。而1992版《新白娘子传奇》剧组因当时西湖的雷峰塔已倒，新的尚未修好，便借用的药师佛塔来拍雷峰塔。
现在来鸡鸣寺，主要入口已不在山门处，改为大殿之前，药师佛塔则在寺院的后方。漫步在玄武湖的长堤上，隔着湖水，城墙上便是金黄色的鸡鸣寺，与秋日温柔的阳光相得益彰。
穿过解放门可达鸡鸣寺山门，若是时间赶得巧，都邂逅春季的樱花和秋季的丹桂，在不同的季节装点着黄色的建筑。空气里弥漫着淡淡的暖香，配着阵阵微风，好似进入另一个时空。
灵谷寺
如果说鸡鸣寺是南京香火最旺的寺庙，那么离它不远的灵谷寺之所以大名在外，是因为仲夏夜的梦幻萤火虫，红墙在流萤的加持下，像极了通往灵隐国度的密道。林间草丛，总有摄影爱好者架着长枪短炮守候到深夜。但专门为了灵谷寺而来的游人，少之又少。
实际上这处位于紫金山东南坡下的寺庙，其历史文化底蕴不输鸡鸣寺。当年南朝梁武帝为了纪念著名僧人宝志禅师，兴建“开善精舍”，初名开善寺。明朝时朱元璋亲自赐名灵谷禅寺，并封其为“天下第一禅林”、明代佛教三大寺院之一。
后民国年间，又在此修建了国民革命军阵亡将士公墓，将寺迁至一旁的龙神庙，所以灵谷寺景区是由古寺和陵园组成的，这也解释了为什么曾经灵谷寺的主殿建筑不在灵谷寺中。不过后来新建的灵谷塔算是弥补了这一空缺，亦可登高观景。
灵谷寺正门红山门开在南端，穿过写着“灵谷胜境”的牌匾，一路向前，便是寺内最有特色的建筑无梁殿。作为明代灵谷寺仅存的一座建筑，如此大的殿堂竟不用一根梁柱，全部用砖石造成。这也是我国现存五大无梁殿中历史最悠久、规模最大的一座。殿堂内是公墓的祭堂，现在辛亥革命名人蜡像馆也设在此地。
再往前是松风阁，原是公墓纪念馆，现为游客购物场所。松风阁东有深松居素菜馆，可以吃素斋。穿过松风阁便是灵谷塔所在，从塔往东行，能看见曾任民国政府主席的谭延闿墓，那里的汉白玉牡丹花坛和祭台据说来自圆明园；从塔往西行，能看见桂林石屋，屋上镶满了明清石雕，有一种残旧的美。
灵谷寺内最深处有一座地宫，内里供奉着玄奘舍利，也是灵谷寺的镇店之宝。金丝楠木纯金构件的顶骨塔就存放在地宫中央，在正前方还能看到一尊全铜雕像，这尊雕像正是玄奘法师，坐在书桌前，持毛笔写经书。
灵谷寺除了是静心之所，秋景也非常美，金黄色的银杏树、如火似霞的枫叶，在这里都能找得到。特别是无梁殿北面大草坪上的“桂花王”，已有百年树龄，6米多高的大树孤植于寺内的中轴线上，颇有王者风范。不少游客都会与之合影留念。
栖霞寺
南京地处江南丘陵，周围群山虽不高，却胜在精巧，栖霞山就是其中的翘楚。“一座栖霞山，半部金陵史”，栖霞山与南京的渊源无疑最深，见证了这座六朝古都的兴衰。所以栖霞山中最特别的一处历史遗迹，位于山脚下的栖霞寺就不得不说了。
“栖霞”并非山之初名，最早称为摄山。在南朝刘宋年间，明僧绍不愿为官隐居在此山，后舍宅为寺，取名栖霞精舍。栖霞山也因此而得名。唐高宗李治，改栖霞精舍为功德寺，增建琳宫梵宇，后世人习惯以山为名，便称为栖霞寺。
栖霞寺规模虽小，但旧观依存，就佛教本身而言，有着自己的独特魅力。其与山东灵岩寺、湖北玉泉寺、浙江国清寺并称天下四大丛林，是佛教“三论宗”的发源地，可谓寺小名气大。
山门前的彩虹桥和明镜湖乃寺中经典景观，明镜湖呈方形，湖中有六角亭，亭前有观音，湖边碑文刻有“彩虹明镜”。秋天此地也为最佳观景点，红叶衬托，云雾缭绕，湖中的观音若隐若现，透露出一股仙气。
栖霞寺有三宝，其一为舍利塔。南京已发现的南唐建筑不多，最完整的地面建筑便是这座舍利塔，周身精雕细琢，工艺精湛，也是江南最古老和最珍贵的石塔之一。舍利塔前身是一座木塔，隋文帝最初在栖霞寺建造的时候，为了供奉神尼智仙赠送给他的舍利。
后木塔在战乱中被毁，现在这座乃南唐时代重建。从体量上看，算得上是我国现存密檐式石塔中体量最大的一座。据记载，木塔之下除了佛舍利，还有金瓶、琉璃瓶、石函等圣物，它们在改造的时候，是从地下挖出来供奉，还是留下地下，至今还是一个谜。
另外的两宝为明征君碑和千佛岩。明征君即明僧绍，其碑位于栖霞寺弥勒殿前广场北侧，碑文为唐高宗李治亲自撰写，唐初书法家高正臣书写，笔法俊逸清秀，刚柔有致。碑额两侧雕有六龙拱额和丹凤朝阳，碑身两侧刻有卷草图案，这在全国现存唐碑中是极为罕见的珍品。
有趣的是，石碑碑面上有许多豆粒状白色斑纹，恰如朵朵含苞欲放的梅花，也有“梅花石”称谓。据考证，这种斑纹证明石碑是用2.8亿年前的上石炭统船山组灰岩雕刻而成。
千佛岩则位于栖霞寺东北纱帽峰的山崖上，是南京唯一一处六朝佛教石刻遗迹。石窟群自无量殿东去，山岩上及岩北侧，佛龛满布，远望如蜂房鸽舍；近看佛像造型生动异常，雕刻圆润细致，且手中都执有各种法器和部分中国古代兵器。
最神奇的要数三圣殿，它是千佛岩中最大规模的佛窟，位置紧靠栖霞寺后门和舍利塔。每到深秋，栖霞山秋意最浓，除了红枫遍布，最令人啧啧称赞的就是三圣殿的奇妙玄光了。佛窟内供奉的西方三圣，体形雄伟，透露出一种庄严之美。
天气晴好的下午，无量寿佛右面部会突然出现一条细长的光斑，最终移至眉心位置的水晶珠，并折射出五彩光芒，整个过程持续近半个小时，非常奇妙。
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