哈尔滨地铁已经采用里程计价制：起步2元可乘坐6公里，每1元进级，3元可乘坐10公里，4元可乘坐14公里，5元可乘坐21公里，6元可乘坐28公里，29公里以上每增加10公里增加1元。
车票种类乘坐哈尔滨地铁有3种车票形式：
单程票：乘客可通过售票机和人工售票购得单程票，在乘车结束后单程票出站时须投入检票机。
纪念车票：哈尔滨地铁集团根据特殊节日、纪念日发行的纪念车票，计次的纪念票出站时投入检票机后弹出。
城市通IC卡：城市通IC卡，根据站距确定最后消费金额。相比乘坐公交车，一张公交IC卡地铁记票系统只能识别一次，所以不可两人乘车同时使用一张IC卡，只能一人使用一张公交IC卡。
优惠政策免费乘坐地铁人群包括盲人、残疾军人、因公伤残警察、企业退休的建国前老军人、离休干部、身高1.2米以下儿童、70周岁以上老年人。半价优惠人群包括哈尔滨市区全日制小学、初中和高中学生。
1、盲人、残疾军人、因公伤残警察、持有《哈尔滨市企业退休的建国前老军人荣誉证》的军人、持有《老干部离休荣誉证》的老干部，给予免费乘坐地铁的优惠；
2、乘客带领1名身高不满1.2米（地铁检票闸机高度为1.2米）的学龄前儿童乘车时，儿童免票；
3、带领2个以上（含2个）身高不满1.2米的学龄前儿童乘车时，1名儿童免票。身高不满1.2米的学龄前儿童不得单独乘坐地铁；
4、对持有哈尔滨市人民政府制发的《敬老优待证》、且70周岁以上(含)的老年人，给予非高峰期（每日9时至16时、19时至末车）免费乘坐地铁的优惠；
5、对哈尔滨市区全日制小学、初中和高中学生，给予乘坐地铁5折的优惠。
6、对给予乘坐地铁享受优惠政策的特殊群体（盲人和1.2米以下儿童除外），均采取办理城市通智能IC卡，以刷卡方式验证乘坐地铁。
哈尔滨地铁购票指南城市通IC卡由城市通智能卡公司发行，包含普通卡、学生卡、老年卡、敬老卡、优惠卡、优待卡和特惠卡。使用城市通卡乘车时，进出站均为刷卡过闸。
单程票在地铁车站自助售票设备上购买，购买车站当日进站有效。进站时刷卡，出站时由闸机回收。
官方APP购票1、下载“哈尔滨城市通”APP，使用微信或手机号注册登陆；
2、点击页面中部“优惠定期票”，点击“地铁”；
3、确认支付，支持支付宝付款，确认付款；
4、支付成功后返回已购页面，在使用前，自行选择激活时间；
5、在激活之时起的30日内运营时间中不限里程、不限次数乘坐地铁运营线路。
第三方APP购票微信“乘车码”小程序、微信“哈尔滨城市通”公众号、微信“同程乘车呗”小程序、支付宝“哈尔滨支付宝乘车卡”、支付宝“哈尔滨城市通乘车卡”、云闪付APP、招商银行APP、华为钱包APP。
已加入中国城市轨道交通行业协会“城轨易行”平台的外地地铁官方APP也可生成哈尔滨地铁乘车码。
使用乘车二维码时，进出站均为将二维码对准闸机扫码读头后通过。为保证行程记录完整、扣费准确，进出站时应确保使用同一APP下的同一种乘车码。
银联闪付卡由多家银行发行的62开头的银联闪付卡均可在地铁直接刷卡过闸，绑定对应银行卡的手机pay同样可以使用。为保证行程记录完整、扣费准确，进出站时应确保使用同一账号的银联闪付卡。
人脸车票乘客在“智惠行”APP中注册人脸车票并开通乘车服务后，进出站时只需要将面部对准闸机人脸识别模块即可通过。