善化寺主供釋迦牟尼佛，其前身為「善化堂」， 據傳善化堂傳自台南德化堂，原為龍華派的齋堂，大正14年(1925)許大厝獻地，並邀林商得、林錦標、王棟、林樹頭、江礪、陳瑞棟、林品等人共同發起建堂，於同年六月竣工，並由許大厝任主持，王棟任管理。昭和6年(1931)許大厝去世，乃由水淨法師聘請永道法師前來住持。
昭和18年(1943)建龍華寶塔及化身窯，並建在禪房六間。
民國36年(1947)王棟及永道法師先後往生，水淨法師因而繼任住持，並聘訪妙尼師為當家，隨後並整修大殿
、增建左寮房。
民國49年(1960)發起重修大殿，並改善化堂為「善化寺」，同年改建完竣。
民國50年(1961)在信徙集資下，增建客堂及齋堂。
民國60年(1971)因堂宇年久失修，且住眾增多，寮房不敷使用，遂決議重建，至民國63年(1974)完成大雄寶殿、 兩廂，並重塑佛像。
民國69年(1980)訪妙尼師圓寂，由開妙尼師邀請慶定法師前來主持，隨後重修龍華寶塔及兩邊客室。
民國78年(1989)開妙尼師圓寂，由弟子善慧尼師接繼住持，隨後改造善化寺庭園景觀等，而成今日之貌。