原因：
1、香港，澳门虽然已经回归，是中国的领土，但是当初英，葡两个和中央政府有协议：这两地由中国收回主权后有相当大的自主权，可以自行制定法律和发行货币。他们是特别行政区，和大陆是有边境的。说得通俗点，就是一个主权属于中国但自己自行管理的独立王国。大陆人过去当然要执行他们的入境条例。
2、因为大陆地区经济发展非常不平衡，港澳经济相对发达，劳动力收入橡轮谈高，如果对入境人口不加控制，不知道有多少内地的乡亲们想去那。香港才几百平方公里，澳门更小，几十平方公里，大家一起去，这人一涌，非把那给挤爆不可。本来这两个地方就是地少人多，没个通行证控制会更加混乱。
港澳通行证：
1、港澳通行证俗称双程证，是由中华人民共和国公安部出入境管理局签发给中国内地居民因私往来香港或澳门地区旅游、探亲、从事商务、培训、就业、留学等非公务活动的旅行证件。
2、来港澳前，必须取得内地公安部门签发有关来港澳目的签注（如团队旅游、个人旅游、商务或其他签注等）。
3、持中国公桐埋民有效护照经香港前往其它国家或地区的过境旅客如梁碰能符合一般的入境规定，包括持有前往目的地的有效入境证件及供海外旅游并已经确认的续程车/船/机票，可在每次入境时获准在港逗留7天而无需事先领有进入认可。