故事发生于电影《ULTRAMAN》（又译《奈克斯特·奥特曼》）的5年后。THE ONE的碎片散到世界各地，化成不同的异生兽。为了应付异生兽，人类成立了TLT与之对抗。
奈克斯特奥特曼孤门一辉是TLT的新成员，正当孤门前往TLT的基地时，他遇上了异生兽袭击，被奈克赛斯·奥特曼相救，这便是孤门与奈克瑟斯的初次邂逅。当孤门正式上阵的时候，再次遇上奈克瑟斯，但西条凪副队长却认为他是异生兽，对他展开了攻击，且亦得到预知者优的认同，孤门对于这个举动感到不解，对工作感到迷失。
随后，异生兽们竟学会了进化，变得相当巨大，奈克瑟斯便变成青年形态，并展开亚空间“美塔领域”进行战斗，这个空间就连夜袭队的铬金切斯特战机也不能进入。就在世人一无所知的情况下，奈克赛斯把异生兽消灭。在一次战斗中，奈克赛斯腿部受伤，变回姬矢准后更受到西条及孤门的追捕，孤门见姬矢伤势便知道他是奈克赛斯。这时姬矢只好召唤适能者专用的飞行物体逃走，而孤门在触碰飞行物体时感到了姬矢准的过去充满悲伤。
浮士德奈克瑟斯奥特曼这次姬矢准又再次看到异生兽出现，正想变身之时竟遇到一个黑暗巨人袭击。这黑暗巨人不但与奈克赛斯奥特曼能力相同，还能轻松污染美塔领域，变成黑暗领域，令奈克赛斯陷入苦战。这黑暗巨人正是黑暗浮士德。此时夜袭队开发出突击合体的阵式，铬金切斯特战机合体成为强击切斯特便可突入“美塔领域”。对于奈克赛斯奥特曼而言可谓多了一个可靠的战友。
一天孤门去到女友斋田莉子家中，竟发现空无一物，而且荒废甚久，孤门觉得情况有异。追查下竟发现莉子与家人已在半年前车祸中死去。原来莉子被某人赐予了重生的力量，但其实只是变成一个傀儡，她会在不自觉的情况下变成黑暗浮士德。奈克赛斯与黑暗浮士德展开最终决战时，异生兽的利爪几乎击中孤门时，莉子突然觉醒过来，为孤门挡了这一击，黑暗浮士德顿时鲜血狂喷。当孤门回到真实空间时，莉子已经处于濒死状态，无奈的孤门只能抱着她、看着她化成光消失于眼前。
黑暗梅菲斯特出场奈克赛斯奥特曼红色青年形态浮士德事件的幕后黑手正是前TLT的副队长——沟吕木真也。数年前沟吕木真也在行动中与黑暗梅菲斯特邂逅，在黑暗力量的诱惑下，沟吕木便出卖灵魂，与黑暗梅菲斯特结合。
与奈克赛斯奥特曼的多次交手下，两人仍分不出胜负。这时黑暗梅菲斯特竟召唤姬矢准第一头对付的异生兽——“地狱三头犬”伽鲁贝洛斯。姬矢准悲伤的回忆和恐惧竟再次被唤起，被对方完全压制而陷入苦战。且经过多番的战斗后，姬矢准的身体已破损不堪，加上其随后被TLT捉拿进行实验，身体情况更是雪上加霜。
此时黑暗梅菲斯特派出异生兽库土拉引诱奈克赛斯奥特曼到临终之地决战。被奈克赛斯奥特曼多次所救的夜袭队也终于对奈克赛斯认同，更利用铬金切斯特战机的终极射线唤醒晕倒的奈克赛斯奥特曼。奈克赛斯奥特曼与黑暗梅菲斯特最终在火光中双双消失。在光芒之中孤门见到姬矢准，姬矢准预言光会被某人继承……
当异生兽再度出现的时候，新的奥特曼出现了。
姬矢准消失后，异生兽依然继续出现，这时一个蓝色的奈克赛斯站立于众人眼前。 战斗过后，孤门在附近一带搜查时，发现一个可疑的少年，于是便跟踪他。从伤势上，孤门可以肯定这少年便是适能者。孤门道明来意后，与少年千树怜成为了好友，并承诺会保守秘密。
TLT亦对千树怜起了疑心，派出MP的野野宫瑞生跟踪怜。不过瑞生不但跟踪失败，还与怜成为了朋友，甚至开始爱上了他。 在孤门和瑞生追查下，发现怜与“普罗米修斯之子计划”有关。在说明者的说明下得知这是一个优质因子婴儿的培育计划，怜是从美国逃出来的。
在临终之地之战后失踪的沟吕木真也再现于人前，但却失去了记忆。他更与一个父母被他间接杀害的小女孩为伴。 后来沟吕木真也被TLT捉拿了，在囚室间他恢复了记忆，更得知自己只是黑幕的傀儡，沟吕木真也决心在死前与那女孩再见面，于是胁持瑞生离开。在同一时间，黑暗梅菲斯托的力量已与MP的三泽广之结合。
孤门和西条凪在追捕沟吕木真也时，三泽突然变身成黑暗梅菲斯特二代攻击众人，幸好怜及时变身成奈克赛斯奥特曼阻止了黑暗梅菲斯托二代，不过却陷入苦战。恢复人性的沟吕木真也利用自己的意志和光再次变身成黑暗梅菲斯特，沟吕木舍命把黑暗梅菲斯特二代固定，奈克赛斯奥特曼只好无奈把两人一同消灭，沟吕木最终死在了西条风的怀里。
奈克瑟斯蓝色青年形态作为普罗米修斯之子计划的失败作，怜的身体日渐衰弱，变身而成的奈克赛斯奥特曼因此无法展开美塔领域，迫于无奈在真实世界作战。梅格福拉什及伽鲁贝洛斯都被打败后，未知之手利用过去所有异生兽合成强力异生兽依组麦鲁，怜亦只好冒死出战。奈克赛斯奥特曼一直陷于苦战，在危急关头下，幸得预知者鼓励，令奈克赛斯奥特曼再次站起来并打败依组麦鲁。事后怜已疲倦得倒下，幸好补完药物拉斐尔及时完成，怜才得以得到继续活下去的机会。
怜之后，下一个适能者竟是西条副队长，于此同时石堀队员露出了自己的真面目。原来石堀光彦的真实身份正是黑暗扎基，而杀死西条凪的父母、斋田莉子变成黑暗浮士德，沟吕真也木变成黑暗梅菲斯特都是他一手造成的，目的是强化光的力量，以及令西条凪心中充满仇恨。当西条凪变成奈克赛斯时，仇恨与忘川中人们恐惧的记忆同步，立即被忘川侵蚀，光芒转换成黑暗，被石堀光彦吸收，黑暗扎基因此完全复活。
孤门奋不顾身地进入忘川救回西条，而光之纽带亦于同时降临到了孤门身上。孤门联想起姬矢和怜的变身，大喊一声便立即变身。不过孤门完全不是黑暗扎基的对手，很快被打倒在地。
诺亚奥特曼这时突然姬矢、怜的声音出现于孤门的脑海中，奈克赛斯立即变成了成年形态反击，就在那时，人们突然想起当年的新宿事件，他们都纷纷为奈克赛斯打气。在人们的鼓励下，孤门终于解放出“第一来访者”的力量，变成了诺亚·奥特曼。诺亚以强大的实力轻松压制黑暗扎基，更以闪电·诺亚把黑暗扎基消灭。 光芒中，孤门的脑海里又一次响起了莉子的声音......
事后虽然异生兽仍继续出现，但是TLT已把灾害降至最低，并且放弃替目击者洗脑的做法。虽然我们失去了到昨日为止的和平，不得不直面恐惧，但是我们不会放弃或逃避，一定会怀着希望，为了明天而战斗。
NEXUS，那是被继承着的光的纽带。