传说的宝可梦是指在精灵宝可梦世界各地所流传的古老传说里提到的关键宝可梦，它们往往拥有非常强大的力量，并且存在十分稀少。在神话传说里，它们有的被奉为神明或神使、有的被认为是世间某物的创造者或管理者、有的甚至曾经在过去引起了巨大的灾害。还有部分传说的宝可梦是人类为了某些目的而制造的强大宝可梦，其中不乏以其他传说的宝可梦为范本所制成的宝可梦。
三圣鸟（传说的鸟宝可梦）
传说的鸟宝可梦是指急冻鸟、闪电鸟和火焰鸟。它们栖息于关都地区，并分别代表一个季节（秋季除外）。
在游戏中，传说的鸟宝可梦除第二世代都可在关都地区收服。 急冻鸟占据着南方，居住在双子岛；闪电鸟占据着东方，居住在无人发电厂（在心金魂银版中则居住在无人发电厂旁边）；火焰鸟出现在不同的地方，如冠军之路、白银山或灯火山，取决于所在世代。在白金版，他们还游走于神奥地区。
在动画中，传说的鸟宝可梦最早出现在幻之宝可梦 洛奇亚爆诞，居住在亚西亚岛周围。如果他们感到不安，只有海之神洛奇亚可以阻止它们，但是除非出现优秀的控制者，世界的毁灭依然无法防止。
在特别篇漫画中，传说的鸟宝可梦曾经被火箭队使用特殊装置合为一体，后来被克服了鸟类恐惧症的小蓝收服。
超梦、梦幻
超梦有着与梦幻相似的遗传结构，而超梦的意思则是在克隆梦幻的基础上超越梦幻。被认为是最强大的宝可梦之一。
超梦的体形与梦幻相去甚远：其形象类似于双足猫科动物，通体银灰，尾巴和腹部呈现紫色，由背部中心伸出的体外神经束一直延伸到后脖颈。身高和人类相当。是非常凶暴的，据说是因为多次的基因重组造成的。
梦幻外表像一只粉红色小猫，尾长约为身高的两倍，尾尖为橄榄形。眼睛呈三角形。拥有所有宝可梦的基因，几乎所有宝可梦的招式它都会，因此很多人都认为它就是宝可梦的始祖。梦幻是幻兽而不是神兽！
电影中梦幻的表现证明，梦幻富有智慧、好奇心、童心和无私奉献的精神。同时梦幻具有难以置信的适应力，能够在水中自由穿梭，在空中任意翱翔。梦幻没有固定的栖息地，终日都在世界各地游走，但一般人们都是见不到它的。
无印 第二世代 城都地区
三圣兽
三圣兽设计的原型派生于虎、狮、狼，涵盖了陆上食肉动物。传说很久以前，祭拜洛奇亚的钟之塔由于电光而着起了大火，在这场火灾中，有三只普通的宝可梦被火烧死了。此时，凤王现身，让它们重生，成为了凤王观察人类的使者 。并赋予它们强大的力量。当主角在烧焦塔下将它们解放后，它们将游走于城都各地，有的还到了临近城都地区的关都地区去。就是三只传说神奇宝贝——水君、炎帝、雷公。
洛奇亚、凤王（传说的大型鸟宝可梦）
传说中凤王与洛奇亚分别栖息于铃铛塔和钟之塔上受人朝拜，但自从钟之塔大火后，它们因为对人类的失望而离开了圆朱市。洛奇亚从此居住于漩涡列岛的深处，被当地人称为海神。在传说中漩涡列岛便是被洛奇亚用电光将其劈成4块的。凤王则不知去向，它派出传说的三圣兽来观察人类。传说直到一天人类重新得到它的信任时，它就会回到铃铛塔上。
AG超世代 第三世代 芳缘地区
大地及海洋精灵（超古代宝可梦）
第三世代出现了直接代表天空，陆地和海洋的三只传说的宝可梦：烈空坐，固拉多和盖欧卡。固拉多和盖欧卡的原型从样貌来看，像是甲龙和虎鲸，分别代表陆地和海洋。烈空坐的原型是传说中的生物飞龙，代表天空，也代表调和。相传当陆地与海洋相互碰撞之时，碧绿色的光芒将从天而降，平息海洋与陆地的愤怒。愤怒被平息后，固拉多便会沉睡于火山之底，盖欧卡会沉睡于深海之渊，而烈空坐则歇息于天空之柱。
三神柱（永恒的宝可梦）
永恒的宝可梦是指雷吉洛克、雷吉艾斯和雷吉斯奇鲁。传说中它们由雷吉奇卡斯所分别用岩石、寒冰、钢铁模仿自己的样子而创造。三只宝可梦守候着雷吉奇卡斯的沉睡。 它们的原型来自希伯来传说中的魔像，分别象征着史前三大时代的石器时代、冰河时期和铁器时代，身体上的不明的圆形点状图案或许是它们的眼睛，这可能与盲文有关。它们在电影版中最早登场于梦幻与波导的勇者 路卡利欧中的世界初始之树。
在特别篇漫画中，它们曾经被大吾等人用来控制丰缘地区的危机，后来落入了神代手中。
红蓝水都（无限宝可梦）
指的是拉帝亚斯、拉帝欧斯
尽管至今为止没有什么关于无限宝可梦的传说出现。不过它们的出现率绝对不逊色于其它传说中宝可梦。
在游戏中，在红宝石蓝宝石绿宝石版中主角只能遇到其中一只，另一只则是需要通过官方活动赠送的无限船票前往南方孤岛才能相遇。而终极红宝石始源蓝宝石中主角在大吾的带领下来到南方孤岛可以让其中之一加入队伍，而另一只也需要通过官方活动赠送的无限船票前往南方孤岛才能相遇。并且主角可以通过无限之笛召唤他们飞上太空。
在水都的守护神 拉帝亚斯和拉帝欧斯中，他们是水都奥多马雷的守护神。
在特别篇漫画中，拉帝亚斯和拉帝欧斯是米拉特等人的朋友，后来在Ω红宝石·α蓝宝石篇也有过重要出场。拉帝亚斯可以化身成为女孩子的形态。
DP珍珠钻石 第四世代 神奥地区：
湖中的传说宝可梦(三圣菇)
湖中的传说宝可梦指的是由克希、艾姆利多、亚克诺姆。它们分别栖息在睿智湖、心齐湖和立志湖。根据传说，它们分别代表知识、情感和意志。
在精灵宝可梦 钻石＆珍珠中，它们分别选择了小刚，小光和小智，使他们分别在三个湖中看到了自己的灵魂。
在特别篇漫画中，它们则分别是普兰汀娜、戴亚蒙德和帕尔试图拯救的宝可梦。
时空神话的宝可梦
神话的宝可梦是传说的宝可梦帝牙卢卡、帕路奇亚和骑拉帝纳的统称。传说中它们由阿尔宙斯所创造，从浑沌的蛋中诞生。帝牙卢卡据说是学会时间的宝可梦，被称作时间之神。当帝牙卢卡的心脏跳动时，时间就会流逝。帕路奇亚据说是学会空间的宝可梦，是操控空间的神。随着帕路奇亚的每一次呼吸，空间变得更加安定。骑拉帝纳据说是掌管反物质的宝可梦，它从毁坏的世界来到精灵宝可梦世界时，会从起源形态改变为别种形态。
帝牙卢卡和帕路奇亚居住于时空的裂缝之中，而骑拉帝纳则被驱逐于毁坏的世界之中，在那里静静地凝视着原来的世界。在电影版的神之战三部曲中登场。在决战时空之塔 帝牙卢卡VS帕路奇亚VS达克莱伊中提到，传说时间与空间相遇时将会互相残杀，世界将会崩坏，唯有播放时空之歌奥拉席翁才能阻止它们。
神话的宝可梦也是特别篇钻石·珍珠篇、白金篇和心金·魂银篇故事中的主要宝可梦。
第四世代还有以下几只神兽：
席多蓝恩
传说中帝牙卢卡与帕路奇亚曾有过一次大战，战斗时迸出的碎片落下来诞生了席多蓝恩。
在特别篇漫画中，席多蓝恩是冥王在第八章捕获的宝可梦之一。
圣柱王雷吉奇卡斯
据说雷吉奇卡斯是拖动了大陆的宝可梦，用特殊的冰山、岩石和熔岩制作出了永恒的宝可梦们。在特别篇漫画中，雷吉奇卡斯加入了戴亚蒙德的队伍，昵称为“阿奇
BW超级愿望 第五世代 合众地区：
道之三龙（黑白双龙：捷克罗姆、雷希拉姆和最强之龙酋雷姆）
道之三龙是捷克罗姆、莱希拉姆和酋雷姆的统称。动画中，酋雷姆能自如运用捷克罗姆和莱希拉姆的能力，被称为史上最强的龙属性宝可梦。捷克罗姆将力量借给相信理想的人；莱希拉姆将力量借给相信真实的人。捷克罗姆在电影版精灵宝可梦电影中登场；莱希拉姆在电影版精灵宝可梦电影中登场；酋雷姆在电影版酋雷姆VS圣剑士 凯路迪欧中登场。
在特别篇漫画中，布莱克和Ｎ借助莱希拉姆和捷克罗姆展开决战。酋雷姆在黑2·白2篇开始被人所知。
圣剑士
三羊开泰贺新春：勾帕路翁、代拉基翁、毕力吉翁
圣剑士是勾帕路翁、代拉基翁、毕力吉翁以及幻之宝可梦凯路迪欧的统称。勾帕路翁是圣剑士中的队长，据说心是用铁做的。它们在酋雷姆VS圣剑士 凯路迪欧登场。
在特别篇漫画中，勾帕路翁、代拉基翁和毕力吉翁被黑暗三人组冰冻，并沉入海底。
传说的三云神（这三个超级喜感）
传说的三云神是龙卷云、雷电云和土地云的统称。
在特别篇漫画中，传说的三云神成为了等离子队的秘密武器
XY 第六世代 卡洛斯地区：
传说的气场宝可梦（xy神：哲尔尼亚斯、伊裴尔塔尔、z神小软基格尔德）
传说的气场宝可梦是哲尔尼亚斯、伊裴尔塔尔和基格尔德的统称。
哲尔尼亚斯是生命宝可梦，当头上的角闪着七色光时就会分享永恒的生命，所经之处将会生出花草。伊裴尔塔尔是破坏宝可梦，闪着红色光芒时就会吸取生物的生命，化为一个茧沉睡在隐秘的地方。它们在破坏之茧与蒂安希中登场。基格尔德在Z爆炸诞生！卡洛斯的潜伏者!!首次登场。它能随意转换为五种形态：细胞、核心、10%形态、50%形态以及完全体形态。其中核心分为两种：一种为红色核心；另一种为蓝色核心。它拥有特性气场破坏，能够破坏哲尔尼亚斯和伊裴尔塔尔产生的气场。
在特别篇漫画中，哲尔尼亚斯加入了华依的队伍，昵称为“哲哲”。闪焰队干部帕琦拉控制了伊裴尔塔尔。小茂来到卡洛斯地区调查基格尔德，后来基格尔德被艾丝普莉给捕获，随后被弗拉达利控制。
SM日月 第七世代 阿罗拉地区
空和银伴战兽
属性：空（注意是三个字名字）是为了要对抗究极异兽，在以太乐园的秘密实验室A以神话中流传下来的宝可梦之力量为目标而被创造出来的。创造之初的代号是Ｂ（Beast）Ｋ（Killer），它由人工设计的生物骨骼作为骨骼原型，全属性细胞作为遗传基因原型，并加载了由神奥地区水脉图书馆回收的资料开发出的ＡＲ系统，此时的暂定名为属性：满。但在进行3次原型测试后，3只个体都与ＡＲ系统发生排斥反应，开发者为其装上了用来缓和ＡＲ系统排斥反应的控制面罩，同时也使ＡＲ系统无法启动。开发者冻结所有个体，并将名字更改为属性：空。
当属性：空遇到值得信赖的同伴后，依靠自己的意志力破坏了束缚的面具，进化成为了银伴战兽，这个名字是由第一个让“属性：空”进化成这个样子的少年来取的。银伴战兽从沉重面具的束缚中得到解放，速度因此显著提升；它还可启动“ＡＲ系统”，通过存储碟来改变自己的属性。
阿罗拉岛屿守护神：卡璞鸣鸣、卡璞蝶蝶、卡璞哞哞和卡璞鳍鳍
守护神是指阿罗拉地区的四个岛屿中被称为守护神的四只宝可梦：卡璞鸣鸣、卡璞蝶蝶、卡璞哞哞和卡璞鳍鳍。被守护神选中的人，被称为岛屿之王或岛屿女王，负责管治阿罗拉地区的各个岛屿。
传说的宇宙宝可梦
索尔迦雷欧 露奈雅拉
究极异兽
奈克洛兹玛
传说的宇宙宝可梦是从究极空间里到来的宝可梦科斯莫古、科斯莫姆、索尔迦雷欧、露奈雅拉和奈克洛兹玛的统称。科斯莫古在古代时被称为星之子，由古至今只有极少数人知道它的存在，非常弱小。科斯莫姆是科斯莫古进化后的样子，在古代时被称为星之茧，阿罗拉的国王出于对它的崇拜而建造了祭坛。在祭坛上为科斯莫姆献上太阳之笛或月亮之笛所奏响的美乐，就会启动仪式让它进化为索尔迦雷欧或露奈雅拉。
传说中索尔迦雷欧和露奈雅拉从天空中的空洞里来到阿罗拉地区，赐予岛屿守护神Ｚ力量，令守护神臣服于它们。索尔迦雷欧自远古时代起，作为太阳之使者备受崇拜，古人以敬畏的心称之为“吞噬太阳之兽”。露奈雅拉自远古时代起，作为月亮之使者备受崇拜，古人以敬畏的心称之为“邀引月亮之兽”。而奈克洛兹玛拥有可以控制光的能力，光是他的能量源，性格非常粗暴，只要有人接近就会用激光进行攻击。它曾经从天空上出现，夺走了索尔迦雷欧／露奈雅拉的光，致使世界被黑暗包围。
剑盾 第八世代 伽勒尔地区
强者宝可梦
苍响拥有常态和剑之王两种形态
藏玛然特拥有常态和盾之王两种形态
苍响是一只充满谜团的宝可梦，即使是在伽勒尔地区，也没有人知道它的存在。它拥有斩断一切事物的闪耀之剑，能够使出连对手也会为之著迷的华丽攻击。口中叼著像剑一样的东西。
剑版：被称为传说中的英雄。能够吸收金属，将之转化为武器来战斗。
盾版：这只宝可梦被认为是沉睡已久的藏玛然特的姐姐，也有人认为它们之间是劲敌关系。
藏玛然特是一只充满谜团的宝可梦，即使是在伽勒尔地区，也没有人知道它的存在。它拥有反弹一切攻击的辉煌之盾，能够以威风凛凛的举止压倒对手。身体被像是盾牌一样的物体覆盖著。
剑版：与众人之王协力拯救了伽勒尔的宝可梦。吸收金属来进行战斗。
盾版：以石像般的姿态陷入长久沉眠的宝可梦。几乎就要被人们所遗忘。
无极汰那是首只毒属性的传说宝可梦，拥有常态和无极巨化两种形态
剑版：会用胸部的核心吸收伽勒尔地区涌出的能量，借以保持自己的活力。
盾版：来自于2万年前坠落到地上的陨石之中。似乎与极巨化之谜有所关联。
此外还有幻之宝可梦和究极异兽
幻之宝可梦幻之宝可梦是指一类十分稀有的传说的宝可梦，在主系列游戏里，它们通常不能够在游玩时遇见，只有通过活动事件才能获得它们或者与它们相遇。例如吉拉祈 玛纳霏 比克提尼等
究极异兽
究极异兽是指居住于异次元究极空间的宝可梦，它们拥有强大的力量，会对这个精灵宝可梦世界的生灵构成威胁。究极异兽有时也会被认为属于传说的宝可梦。例如弗洛美螂 铁火辉夜 纸御剑等。