“巧家”系初开辟巧家的彝族头领“曲古都家”的简称“曲家”而来。一说因巧家汛而得名。西汉建元六年（前135）置堂琅县，属犍为郡；武帝置三降县，属越嶲郡。东汉置堂狼县，属犍为属国都尉。三国蜀汉为堂琅县，属益州朱提郡。西晋至南朝梁为宁州堂狼县地。北朝周属南宁州。隋开皇年间属南宁州总管府；大业年间为东爨地。唐初置唐兴县，唐南诏属拓东节度辖地。宋大理国为东川郡乌蒙闷畔部地。
元为东川路辖地。元宪宗年间置闷畔万户，至元十五年（1278）置东川军民府，二十八年（1291）升东川路。至元十一年（1274）置邓州、川州、赵州、姚州。至元二十一年（1284）置乌撒乌蒙军民宣抚司，至元二十四年（1287）改置乌撒乌蒙宣慰司管军万户府，东川路均属之。至元二十八年（1291），以上邓、川、赵姚4州省入东川路。大德四年（1300）置淄都县、乌撒县，后省。明为东川府辖地。洪武十五年（1382），东川路改置东川府，属云南布政司，洪武十七年（1384）改置东川军民府，改属四川布政司；洪武二十一年（1388）废，洪武二十六年（1393）复置东川军民府，寻自府西南马鞍山徙治万额山南。
清初沿明制，为东川军民府，属四川省。雍正四年（1726）4月，四川省属之东川军民府划归云南省，改置为东川府。雍正五年（1727）7月，于巧家汛地置会泽县，属东川府。雍正七年（1729）4月，徙会泽县治于府城。雍正八年（1730）7月，东川府属迤东道（治曲靖府）。嘉庆十六年（1811）3月，于原会泽县旧址置巧家抚彝府同知（后改设巧家厅），属东川府。民国2年（1913），巧家厅改为巧家县，属滇中道。民国18年（1929），裁道直属省。民国31年（1942），属第一行政督察区（驻昭通县）。1950年，巧家县属昭通专区。1970年，昭通专区改为昭通地区，巧家县属昭通地区。2001年8月，昭通撤地设市，巧家县属昭通市。
1951年12月8日，内务部【内民字第219号】函复：云南省巧家县第二区（淌塘区）金沙江左岸上段的虐姑、新山、松坪、老口、黄坪、铁厂、淌塘7个乡和云河乡的两个村划归西康省会理县。上述地方共计52个自然村，9111户，45377人，总面积628平方千米。巧家县第一区的大同乡、景兴乡和骑骡沟自治区划归西康省宁南县。上述地方共计6个自然村，1326户，5820人，总面积565平方千米（1951年11月24日，西南军政委员会批准）。
1996年，巧家县辖1个镇、18个乡：新华镇、红山乡、东坪乡、茂租乡、大寨乡、小河乡、六合乡、新店乡、巧家营乡、荞麦地乡、包谷垴乡、老店乡、铅厂乡、中寨乡、崇溪乡、金塘乡、马树乡、炉房乡、蒙姑乡。县府驻新华镇。
2000年第五次人口普查，巧家县常住总人口总人口461034人，其中：新华镇61314人，茂租乡17188人，东坪乡24765人，红山乡18539人，大寨乡31208人，小河乡25274人，六合乡12613人，新店乡22413人，巧家营乡25481人，荞麦地乡39669人，苞谷垴乡19840人，铅厂乡20000人，老店乡25581人，中寨乡11112人，崇溪乡29984人，金塘乡14412人，马树乡27808人，炉房乡17987人，蒙姑乡15846人。
2001年，全县辖1个镇、18个乡：新华镇、大寨乡、小河乡、马树乡、茂租乡、东坪乡、红山乡、六合乡、新店乡、巧家营乡、荞麦地乡、包谷垴乡、铅厂乡、老店乡、中寨乡、崇溪乡、金塘乡、炉房乡、蒙姑乡。
2002年，小河乡、荞麦地乡撤乡设镇（省政府2002年8月20日批准）；马树乡、大寨乡撤乡设镇（省政府2002年9月8日批准）。2002年末，巧家县总人口12.09万户50.8万人，其中农业人口11.2万户47.20万人。辖19个乡镇、180个村委会。
2003年，荞麦地镇更名为药山镇（省政府2003年3月20日批准）。2006年，撤销巧家营乡和新华镇，设立白鹤滩镇，新设立的白鹤滩镇管辖原巧家营乡和新华镇管辖的行政区域范围，镇政府驻原新华镇政府驻地；撤销铝厂乡和老店乡，设立老店镇，新设立的老店镇管辖原老店乡和铅厂乡管辖的行政区域范围，镇政府驻原老店乡政府驻地；撤销六合乡，其所辖六合、坝统、木厂、马店4个村委会划归小河镇管辖，所辖水井、碉楼2个村委会划归新店乡管辖（省政府2006年1月20日批准）。
2006年，巧家县总人口51.13万人。辖6个镇、10个乡：白鹤滩镇、大寨镇、小河镇、药山镇、马树镇、老店镇、茂租乡、东坪乡、红山乡、新店乡、苞谷垴乡、中寨乡、崇溪乡、金塘乡、炉房乡、蒙姑乡。共有4个居委会、179个行政村。县政府驻白鹤滩镇。
2010年第六次人口普查，巧家县常住总人口516349人，其中：白鹤滩镇101175人，大寨镇33866人，小河镇40240人，药山镇43231人，马树镇32220人，老店镇53576人，茂租乡18029人，东坪乡28149人，红山乡18568人，新店乡29297人，包谷垴乡22512人，中寨乡10658人，崇溪乡32998人，金塘乡15065人，炉房乡19353人，蒙姑乡17412人。
2012年9月19日，省政府批复同意撤销巧家县蒙姑乡、金塘乡、新店乡、茂租乡、崇溪乡、东坪乡，设立蒙姑镇、金塘镇、新店镇、茂租镇、崇溪镇、东坪镇（云政复[2012]77号）。
2014年，马树镇、蒙姑镇被列为全国重点镇。
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