融水县境古为百越地。
秦属桂林郡。
汉元鼎六年(公元前111年)为潭中县地，属郁林郡。
南齐建元三年(公元481年)置齐熙县，兼置齐熙郡，郡县治所均在今融水镇。
南梁大同元年(公元535年)在今县城水东置东宁州。
隋初撤销齐熙郡。文帝开皇十八年(公元598年)东宁州改为融州，齐熙县改为义熙县。炀帝大业二年(公元606年)撤融州，将义熙县并入始安郡。
唐武德四年(621年)复设融州，辖义熙、武阳、黄水、安修四县。武德六年(623年)，改义熙县为融水县(此为融水得名之始)。天宝元年(742年)改融水县为融水郡，乾元元年(758年)复为融州。
五代时期仍设融州，辖融水县。
宋至道三年(997年)为融州融水郡，崇宁初置清远军节度。大观元年(1107年)为黔南路帅府；大观三年(1110年)为下都督府。
元朝置安抚司。至元十六年(1279年)置融州路总管府。二十二年(1285年)降为散州。
明洪武二年(1369年)撤融水县并入融州。十年(1377年)，降州为县(称融县)，属柳州府。
清朝，融县名称不变，属柳州府。
民国时期，仍称融县，先后隶属柳州府(1912年)；柳江道(1913年)、柳江区行政督察委员会(1926年)、柳州民团区(1930年)、柳州行政监督区(1934年)、第四行政区(1940年)、第二行政区(1942年)、第十五行政区(1949年)。
中华人民共和国时期：1949年至1952年7月融县属柳州专区。1951年7月，融县人民政府从融水镇迁至长安镇。1952年9月成立融安县。
1952年11月，以原融县中区为主，从罗城县划出今中寨、杆洞、三防、汪洞、滚贝；从三江县划出今大浪、白云、红水、拱洞，成立大苗山苗族自治区(县级)，属宜山专区。1953年从贵州从江县划出大年乡、安里乡和融安县的和睦、永乐乡归属大苗山苗族自治区。
1955年改称大苗山苗族自治县，属宜山专区。(1958年后属柳州地区。)
1965年改称融水苗族自治县(属柳州地区)。
2002年11月，融水苗族自治县划归柳州市管辖。