1.幻影忍者和他们的师父吴大师击败了加满都魔王，避免了四把黄金武器落入邪恶之手！但现在，加满都的儿子劳埃德将一股更加危险的力量解放了出来……快加入幻影忍者来一场拯救世界的刺激冒险吧！
2.毒牙派蛇怪把杰的父母变成了蛇怪！幻影忍者们只有发挥出黄金武器的真正力量才能战胜蛇怪，让他们恢复原状。他们能否成功？之后又有什么更可怕的敌人在等着他们呢？
3.派梭将所有狂蟒部落集合到了一起，而且还找到了可以复活吞噬魔的失落之城乌洛波洛斯！除了蛇怪，还有一个大问题困扰着幻影忍者们——神秘的武士X 到底是谁！
4.赞终于发现了自己的身世——原来他是一个机器忍者！解开心结的他第一个释放了潜力！下一个释放潜力的幻影忍者会是谁呢？
5.为了阻止派梭复活吞噬魔，幻影忍者们必须在他前面拿到银光毒牙剑！现在，为了拿到第一把毒牙剑，幻影忍者们必须开始……唱歌跳舞?!
6.派梭只要再拿到一把银光毒牙剑，就可以复活吞噬魔了！此时，幻影忍者也发现了蛇怪们在地下的新巢穴，这将是他们拯救幻影忍者世界最后的机会。一场大战一触即发！
7.吞噬魔最终还是复活了！它强大的破坏力让幻影忍者几乎无能为力，连命运赏赐号都被它彻底毁掉了。好在忍者们还有最后的希望——杰父母的废品站！
8.幻影忍者世界在吞噬魔被消灭后看似恢复了和平，但加满都魔王和蛇怪仍在暗地里策划着邪恶的阴谋。不过现在摆在幻影忍者面前的难题并不是他们，而是要找个住的地方……
9.加满都魔王穿梭时空，来到了凯还没有成为幻影忍者之前。他想要改变历史，让劳埃德永远不可能成为绿色忍者！紧随加满都魔王回到过去的幻影忍者们发现，过去的凯好像并不想成为了忍者……
10.四位幻影忍者都被加满都魔王变成了小孩子！这一次，拯救幻影忍者的责任落在了劳埃德的身上！绿色忍者终于要迎来改变命运的一刻了！
11.加满都魔王想出了一个新的计划来对付幻影忍者，他发现了海盗船长留下来的日志，里面提到了一座传说中的黑暗之岛……斯卡勒当上了蛇族的新领袖, 当即下令在城市地下挖掘地道，妄想将所有人都埋葬在地下，消灭整个幻影忍者之城。
12.黑暗之岛已经出现，赞派出神鹰去岛上进行查看。杰和妮雅正在修理飞船，但是飞船的破损情况远远超出妮雅的预料……
13.正邪之间最后一战的时刻就要到了，加满都魔王既高兴又伤感，因为他必须要跟自己的儿子劳埃德决斗……
14.妮雅被黑暗物质洗脑，对幻影忍者们展开了攻击。加满都魔王开着战车来到幻影忍者王国，现在的他无人能敌……
15.电子黑暗之主从电子监狱里逃出，但是他失去了自己的躯体，只能躲在机器里等待复仇的机会, 他绑架了吴大师，试图读取吴大师的记忆来寻找黄金忍者的线索……
16.吴大师被电子黑暗之主改造成半人半机器， 现在的吴大师已经不认得幻影忍者们了。劳埃德被派梭绑架，伯格正在制造机器，他计划将幻影忍者们数码化，但是这样做有一定的风险，他们不知道在数码世界里会发生什么……
17.劳埃德将自己的黄金幻影忍者能量分给了其他幻影忍者，大家都获得了自己的元素力量。派梭派人在深海里打捞上来了一台机器，他要用这台机器来做什么呢？
18.新幻影忍者城即将遭受灭顶之灾，但幻影忍者们却被困在另外一个星球无法脱身。幻影忍者们要怎么做才能返回地球拯救新幻影忍者城呢？