数码宝贝第三部又名为《数码宝贝驯兽师》2000年代，故事发生在现实世界，数码兽存在于电子游戏、纸牌游戏还有动画系列。5年级的小学生松田启人设计出了一只数码兽，因为对真正数码兽的无比向往，令他的刷卡器变成了真正的对打机——“D-Ark”，之后又认识了李健良和牧野留姬，他们遇到了自己的数码兽拍档，与来到现实世界的数码兽战斗。最初的冒险在现实世界展开，然而数码世界四圣兽之一的朱雀兽为了保护他们的进化之光，不断派遣帝魔（十二只以中国生肖为原型的数码兽）来到现实世界，而后又把古乐兽带走，启人他们为了救它，带了博和、树莉以及健太，决定进入数码世界。在数码世界中，启人一行人又遇到了传说中的驯兽师——阿辽。而后又遇到了被传送至数码世界的建良的妹妹——小春。他们8个人在得到了四圣兽的认可后，带着古乐兽回到现实世界，拯救两个世界的危机。