方舟计划启动后，旧数码世界由于X程序的污染而化为死亡世界并被严密封锁。
然而经过数十年时间，X抗体的浓度已经稀薄到不至于立刻影响到数码兽身体的水平，因此世界树命令皇家骑士去调查旧数码世界的现状。
随后颅骨兽和斯雷普兽从世界树那里获得X抗体，以万全的状态前往了旧数码世界。
第2章「荒废」颅骨兽和斯雷普兽调查旧数码世界后回归，他们在众皇家骑士面前将自己所看到的旧数码世界现状报告给了世界树。
现状就是失去管理者的旧数码世界陷入无秩序状态，意欲称霸旧数码世界的数码兽们在各地引起纷争，陷入战斗不绝的混乱状态。
颅骨兽和斯雷普兽觉得凭借自己的能力还不足以恢复混乱不堪旧数码世界的秩序，提议再派一名皇家骑士新加入调查队。
第3章「引导者」一席话后，颅骨兽和斯雷普兽的提议被接受，被指名的杰斯兽也欣然承诺，于是被托付X抗体后参加了颅骨兽和斯雷普兽的旧数码世界再突入任务，与他们一起突入旧数码世界。
那里正如颅骨兽他们所言，到处都是纷争席卷的景象。见到这般惨状的杰斯兽为了结束这场混乱想出了一个妙计。
第4章「全新秩序」结束这场混乱妙计就是给旧数码世界的这场争霸设置规则。
规则就是与统治各个区域的数码兽一对一胜利之后，就能扩大自己的区域。然后不断胜利扩大区域，赢得最后区域的数码兽就被赐予决定旧数码世界未来的权利。
该方案最初被斯雷普兽认为「是危险方案」而放弃，但杰斯兽进一步提出「为了不让恶人赢到最后，我们也统治旧数码世界的一部分区域参与进来」。武人气质的斯雷普兽大为赞同。
就这样，杰斯兽提议的规则被告示在整个旧数码世界。
如今，赌上旧数码世界未来的最大一战打响了。
第5章「大德拉库兽」企图让全部数码兽死之X进化（Death-X-evolution）的大德拉库兽出现在旧数码世界，将倒下的数码兽死之X进化并传送到黑暗区域。
大德拉库兽想利用大混战（Battle Royal）将强大的数码兽纳入麾下并进攻，虽然拥有不死之身，但被最后获胜的数码兽抵抗并封印在了黑暗区域。
然而诞生出黑暗区域的大德拉库兽出现在旧数码世界并到处行动，对旧数码世界和黑暗区域的边界线带来了影响。
察觉到这是绝佳机会的部分七大魔王为了各自的目的展开了行动。
第6章「黑暗区域」在数码世界，寿终正寝的数码兽和战败消亡的数码兽会被传送到名为「黑暗区域」的冥界区域。黑暗区域不同于文件岛和文件夹大陆所在的数码世界表面上区域，它存在于别的层（Layer）。因此，方舟计划发动后所散布的「X程序」没有达到黑暗区域，也就没有造成太大影响。
在黑暗区域，守护和监督这里的数码兽——阿努比兽会判断被传送来的数码兽的善恶。邪恶数码兽的数据会封印在黑暗区域，只让善良数码兽的数据还原成数码蛋。
但是，被封印在黑暗区域的邪恶数码兽中，还存在着以黑暗区域为据点，力量强大到连阿努比兽都无法出手的数码兽。其中被称为七大魔王的数码兽们，以黑暗区域的最下层（Cocytus）为根据地。
以杰斯兽的宣告开始的决定未来的大混战决出胜负之际，旧数码世界恢复了平静。然而这样的平静并没有维持太久，就在大混战胜利者即将宣布获胜的瞬间，远方发生大爆炸，冲击波穿透整个旧数码世界。
感受到异变并前往爆炸中心地区的杰斯兽所看到的光景是被封印在黑暗区域的邪恶数码兽们正展开一场凄惨的战斗。
第7章「被开启的黑暗之门」与此同时，在新数码世界待命的艾可萨兽探知到黑暗区域的险恶动向，在接到阿努比兽的救援请求后独断专行紧急出动前往黑暗区域。
抵达黑暗区域入口后发现被封印的大量邪恶数码兽们打算突破大门。艾可萨兽为了维持旧数码世界与黑暗区域的平衡，开始清除从冥界摆脱过来的邪恶数码兽们。
面对打败皇家骑士的好机会邪恶数码兽们一鼓作气，不过艾可萨兽面对数量上的劣势并不当一回事儿，他以皇家骑士在力量级上的绝对碾压将敌人一波一波清理。
邪恶数码兽们在艾可萨兽压倒性的实力面前失势了，但他们突然一起开始发起无惧死亡的特攻。面对超乎寻常的阵势艾可萨兽开始被压制。
操控这上千上万邪恶数码兽阵势的幕后黑手是……在这场混乱中完成X-进化的莉莉丝兽X。
浮现出愉悦笑容的莉莉丝兽X自己也加入了战斗并压倒艾可萨兽，最终邪恶数码兽们突破黑暗区域。
这件事瞬间在黑暗区域传播开来。完成全新X-进化的七大魔王竟压制住了皇家骑士的一角，这无疑助涨了其他邪恶数码兽们的嚣张气焰。
第8章「扩大的威胁」在莉莉丝兽X诞生的里侧，黑暗骑士兽与七大魔王巴尔巴兽展开了小规模竞争。黑暗骑士兽是由于残暴性而被封印在了黑暗区域，以前就盯上了七大魔王宝座和财宝，向巴尔巴兽发起了挑战。
后来巴尔巴兽和黑暗骑士兽意识到旧数码世界和新数码世界要连接起来了，为了抢夺沉睡在新数码世界的财宝，他们争先恐后地突破黑暗区域的大门。
接着，因缘纠葛的两人由于互相得到的X抗体而完成X-进化。周围没有任何数码兽能阻止两个X抗体数码兽，他们在畏惧着激斗余波的同时只能等待皇家骑士的到来。
邪恶数码兽势力正在不断壮大，又有一位七大魔王出动了，他就是魔神兽。
魔神兽由于获得X抗体而完成X-进化，获得了等同于过去自己企图复活的「超究极体数码兽」的力量。随后魔神兽X乘着黑暗区域与旧数码世界的混乱，为了试验自己的力量开始极尽残暴行径。然而这只不过是为了自己的终极目的——向善良一方复仇的准备期间。
魔神兽X一边渴望着迎击善良一方中可谓最强的皇家骑士，一边持续在旧数码世界的蹂躏，并积蓄力量。
第9章「阴谋」由于七大魔王相继完成X-进化，在黑暗区域内蠢蠢欲动的邪恶数码兽们一起出动想要突破黑暗区域。而光明兽：堕落形态浮现出目中无人的笑容，轻蔑地看待这幅景象。
这次黑暗区域的混乱对于光明兽而言，只不过是一场带来愉悦的宴会。他考虑的则是乘着这次混乱是否能达成破坏整个数码世界这一夙愿。
因此，光明兽感觉要让这次混乱扩大以及七大魔王全体X-进化，于是自己完成了X-进化并谋取下一阶段计划。那就是别西卜兽X加入战况，以及如今还在沉睡的七大魔王贝尔菲兽和利维亚兽的觉醒。
由于在黑暗区域入口处阻止邪恶数码兽入侵的艾可萨兽被莉莉丝兽X无力化，对旧数码世界侵略的邪恶势力只增不减。
颅骨兽X和斯雷普兽X稍晚前往爆炸中心地带，在他们面前出现黑暗区域的大门，被光明兽X觉醒并X-进化的利维亚兽X和贝尔菲兽X从中飞出。再加上在那里发现皇家骑士并乱入的魔神兽X，七大魔王们展现出压倒性的力量。
陷入苦战的颅骨兽X他们眼睁睁看着邪恶数码兽们接二连三地突破。
第10章「最后的七大魔王」黑暗区域最下层伫立着一位七大魔王的身影……光明兽X派出使魔对他提议「已准备好可以尽情狂欢的地方。可否共赴战场？」。虽然是非常讨厌的光明兽X的邀请，但正好那位数码兽觉得无聊，于是决定敢于接受这一提议。
就这样，七大魔王中最后一位别西卜兽X从黑暗区域最下层赶赴旧数码世界的战场。
第11章「激战」杰斯兽X拼死抵抗想阻止从黑暗区域飞出的无数邪恶数码兽。数量庞大的邪恶数码兽们覆盖住了天空，周围好像被黑暗吞没了一样。
然而更令人绝望的是别西卜兽X和光明兽X出现在了杰斯兽X面前。以两位七大魔王做对手的杰斯兽X处于劣势。
此时，杰斯兽X的师父顽固兽前来援助。光明兽X与顽固兽、别西卜兽X与杰斯兽X的战斗一触即发。
事态按光明兽X的策略发展，所有的七大魔王终于悉数出动。
就像被X-进化的七大魔王触发了一样，突破黑暗区域的邪恶数码兽们的士气空前高涨。他们的气势不仅威胁旧数码世界甚至威胁到新数码世界，危机即将造访整个数码世界。
现在，七大魔王的最强入侵开始了！
第12章「决死」目前为止事态都按照光明兽X谋划的剧本推进，但入侵被突然参战的顽固兽所阻止。焦急的光明兽X为了除掉顽固兽，从黑暗区域召唤座天使兽：堕落形态X和智天使兽（恶）X到身边，让他们负责攻击顽固兽。
面对两位生力军的攻击，顽固兽拼命抵抗。让两位缠住顽固兽后，光明兽决定趁机攻击杰斯兽X。
「对付区区新人皇家骑士，看来也很费工夫啊，别西卜兽。看，我来帮你了。」光明兽X开始攻击在与别西卜兽X的战斗中处于平衡状态的杰斯兽X。
「唔啊啊！」被两位七大魔王的攻击压制，杰斯兽X状态崩溃。这时别西卜兽X和光明兽X分别向杰斯兽X放出了「七之全集束」和「七之神圣十字架」。
束手无策。
两位七大魔王的必杀技直击引发大爆炸。但不可思议的是杰斯兽X并没有受到伤害，当他疑惑地抬头望前方……
「师父！？」
眼前站立的是摆脱座天使兽：堕落形态X和智天使兽（恶）X两位，在千钧一发之际挺身而出袒护爱徒的顽固兽！
另一方面就在不久前，世界树命令皇家骑士全员出击以平息事态。
然而奥米加兽X、公爵兽X、阿尔法兽的去向却无人知晓。剩下的皇家骑士玛格纳兽X、君主兽X、究极V龙兽X、芳香兽X紧急出动。
第13章「反击的预兆」两位七大魔王大招的直击伤害很深，顽固兽当场无力地倒下。
「师父！师父！！」面对杰斯兽X的呼喊顽固兽仍不省人事。
光明兽认为这是个好机会，唆使座天使兽：堕落形态X和智天使兽（恶）X立刻展开追击。
「哼！这种状况下！」
杰斯兽X想尽快救顽固兽，但对手是两位七大魔王再加两个究极体。如何摆脱这场危机状况，杰斯兽找不到头绪，而此时座天使兽：堕落形态X和智天使兽（恶）X却要展开攻击了。
「坚持到这一步辛苦了，杰斯兽。现在开始就交给我们吧。」阻挡敌人攻击的三个影子——玛格纳兽X、芳香兽X，以及君主兽X出现了。
「伤害同伴的报应就由你们亲自偿还吧。我们上！」
第14章「骑士王与V」在光明兽X和别西卜兽X面前出现三位皇家骑士的同时，在别的地方皇家骑士也接踵而至。
黑暗骑士兽X与巴尔巴兽X的战斗激化，对周围造成了巨大损害。在此期间，骑士领主兽X强行介入般出现。
「贪婪之徒们啊，可认得你们面前的骑士王。双方若不放下武器，就将你们化为我蔷薇细剑上的锈斑。」
邪恶之间的激斗，由于领主骑士兽的介入，意欲发展成三足鼎立之势。
而在别的地方——
「这样下去每况愈下，至少再来一个人的话。」
「斯雷普兽，勿要倒苦水，仅凭我们便可以阻止他们！」
在贝尔菲兽X、利维亚兽X、魔神兽X这巨大的三位七大魔王面前，颅骨兽X和斯雷普兽X陷入了苦战。
此时，究极V龙兽X赶到，挡在魔神兽X面前。
「抱歉，我来晚了！就由我来做魔神兽的对手吧。来，现在开始就是三对三了。」
就这样分散在各地的皇家骑士们，投身到了各自的战斗中。
第15章「配对」芳香兽X、君主兽X VS 光明兽X、座天使兽：堕落形态X、智天使兽（恶）X
玛格纳兽X VS 别西卜兽X
领主骑士兽X VS 黑暗骑士兽X VS 巴尔巴兽X
艾可萨兽 VS 莉莉丝兽X
颅骨兽X VS 贝尔菲兽X
斯雷普兽X VS 利维亚兽X
究极V龙兽X VS 魔神兽X
皇家骑士与七大魔王的冲突拉开了帷幕。幸亏留在新数码世界的皇家骑士全部参战，七大魔王的入侵被拖延了。
但是，还做不到阻止大量邪恶数码兽突破黑暗区域，邪恶势力在旧数码世界还在一步步扩大。
第16章「救世主」两位七大魔王的必杀技给予顽固兽的伤害比想象中的要严重，倒下的顽固兽生命灯火眼看就要熄灭了。
而且希望打倒皇家骑士并提高声望的邪恶数码兽们刺探到了顽固兽的危机，纷纷来袭企图给予致命一击。
杰斯兽X在守护师父的同时还要拼命抵抗大量来袭的数码兽。
君主兽X等也因为各自的战斗爱莫能助，终于没能被杰斯兽X打倒的大军趁机袭击顽固兽。
「胜利枪击！」就在此时，随着从高空传来的一个声音，袭击顽固兽的数码兽被一扫而光。此时出现的救世主是公爵兽X。
杰斯兽X和公爵兽X在胆怯的大军中找到突破口，接着二人开始肃清邪恶数码兽们。
「多谢相助，公爵兽！但是你之前一直行踪不明，之前到底去哪里了？」
「与开拓X抗体未来的他们一起行动着，这个暂且放下，还是首先考虑拯救顽固兽吧。」
公爵兽X将受伤的顽固兽托在手里。
「给予顽固兽X抗体，在X进化的同时促进回复。目前要救他只有这个办法了。」杰斯兽X对公爵兽X的话点头表示赞同，即将X抗体注入到顽固兽体内。顽固兽的身体被激荡的光包围，然后在光收束之际，完成X进化后成为顽固兽X，伤也得到回复。
「机会来了吗……」看到公爵兽X的参战、顽固兽的X-进化，光明兽X脸上露出目中无人的笑容并消失了。
「马上奥米加高吼兽和跃升暴龙兽他们的援军就要赶到了，去引导他们吧。芳香兽啊，希望你率领他们迈向另一个战局。」公爵兽叫道。
芳香兽X强烈点头同意，将现场交给了玛格纳兽X和君主兽X后，急忙赶往领主骑士兽X那里。
第17章「克服」艾可萨兽被莉莉丝兽X操纵的大量X数码兽袭击后，以超乎寻常的速度被X程序感染。
虽说艾可萨兽拥有强韧的肉体，但仍无法抵抗X抗体侵袭全身带来的疼痛，不久便满身疮痍。
「我差不多也厌倦了，这就给你致命一击吧！」莉莉丝兽X以必杀技「娜扎尔之爪」逼近伤痕累累的艾可萨兽。
但是，被不知从哪里放出的火焰突然袭击，莉莉丝兽停了下来。
「皇家骑士是他们的希望之光……为了他们的心愿我不会让其消失！」
凤凰兽X现身了。她张开金色之翼，为了保护艾可萨兽对抗莉莉丝兽X。
凤凰兽X虽然通过突袭让莉莉丝兽X停了下来，但与七大魔王的正面对决处于劣势，受到了无数次攻击。
「身为皇家骑士……我太丢人了！」无论受到多少次攻击都不放弃对抗到底，艾可萨兽被凤凰兽X的英姿鼓舞了。
「喔哦——！」随后他自己产生X抗体，完成了X-进化。
「感谢你勇敢的行动！」
「我也是被『他们』刺激到而不得不做出行动吧。」
「之前你提到的他们是？虽然不知道是什么，但总之该开始反击了！与我共同行动吧，凤凰兽！」
就像与艾可萨兽X的声音同步一样，凤凰兽X站到了他旁边。于是两位组队，一起对抗莉莉丝兽X和邪恶数码兽军团。
第18章「来自异世界的勇气」皇家骑士在各地与邪恶军团展开激斗时，从黑暗区域冒出的大量数码兽以旧数码世界为舞台进行破坏活动。尚且年幼的数码兽以及对战斗没有自信的数码兽各自结帮成伙，前往安全场所避难，在骚乱平息前一直隐忍。
「没事的，这里一定很安全。」为了让避难班颤抖不已的数码兽们安心，迪路兽X对他们说出了这样的话语。然而……
「你们藏在这里对吧？」邪恶数码兽之一——吸血魔兽X突破防屏障出现。
迪路兽X从吸血魔兽X身上感受到邪恶力量，在胆怯的同时尝试进攻，但被轻易弹了回来。就在感觉这样下去要全灭的时候，吸血魔兽背后突然发生爆炸。吸血魔兽X回头看，避难的数码兽和迪路兽X也一起注视，出现了一位数码兽。
「我是巫师兽。为了守护同胞居住的世界，从威彻尔尼赶来！既然要保护大家，就要做好觉悟战斗！」巫师兽X自报名字后勇敢地对吸血魔兽X发动了攻击。
被巫师兽X身姿吸引的迪路兽X自己决定要守护数码兽们，于是进化成天女兽X。然后与巫师兽X并肩对抗吸血魔兽X。
第19章「正义的旋风」在数码兽避难的另外其他地方，梅菲斯兽X正极尽残暴之能事。而在反复杀戮无力数码兽的梅菲斯兽X面前，两位数码兽随风现身。
「难得在享受快乐的时光，你们找人家有何贵干？」
当梅菲斯兽X歪着头时，一位数码兽以招牌台词严厉斥责他。
「拯救弱小，惩奸除恶！正义的数码兽——正义兽造访！」
「啊，我只是普通的数码兽，风狮兽！」
随着一声爆炸摆出招牌动作的正义兽X和对其发出无可奈何声音的风狮兽X，随即向梅菲斯兽X发起挑战。
「真是的，你们开玩笑的吧，到底从哪里来的？」
「当然是，来自新数码世界！」
「你说皇家骑士之外的数码兽在新数码世界？」
「没错。我们被勇敢『旅人』的话语感动，一起前来拯救旧数码世界的危机！」
「不仅仅是依靠皇家骑士，为了守护数码世界我们必须也要出一份力。」
正义兽X和风狮兽X以漂亮的配合压制住了梅菲斯兽X。
「对，不能老是逃避，我们也要站起来！」
然后，被正义兽X他们的英姿所鼓舞的避难所数码兽开始陆续反抗邪恶数码兽军团。
第20章「两道光、进一步的黑暗计划」君主兽X以座天使兽：堕落形态X和智天使兽（恶）X两位究极体为对手摸索突破口，在他面前出现了自称来自新数码世界援军的新数码兽。
「我们愿以微薄之力协助圣骑士阁下。」出现的是座天使兽X和智天使兽（善）X。
「两位三大天使过谦了，有你们在就放心了。」
「圣骑士请去对付那边的七大魔王，这里两位由我们来应付吧。」这样就座天使兽X对座天使兽：堕落形态X，智天使兽（善）X对智天使兽（恶）X，仿佛镜像中对立的数码兽之间的激斗拉开了序幕。
「不胜感激。」向两位数码兽道谢后，君主兽X驰援与别西卜兽X交战的玛格纳兽X。
「那么，别西卜兽。到现在为止一直都被你们以多欺少。事到如今就不要再说2打1卑鄙啊！」
「哈哈哈！有意思，正好觉得只跟这个金闪闪打很无聊！我接受了！」
就这样，敌我双方掺杂的大混战越来越激烈了。
不仅皇家骑士，新数码世界都不约而同地出现在各地。然后，所有数码兽最大限度发挥所拥有的力量，力图恢复数码世界的和平。
各地展开激烈的战斗。而背地里光明兽X独自悄悄返回了黑暗区域深处。
在静寂的空间，除了光明兽X还有另一个数码兽伫立着——凝视着虚空一动不动的哈哈兽X。
光明兽X站在哈哈兽X面前，脸上浮现出得意与邪恶的笑容。「计划进行到最终阶段了。哼哼，哼哼哼哼。」
暗中活动的光明兽X的计划究竟是？穷极混沌的数码世界，由于光明兽X的魔掌要被黑暗包围了。
第21章「光太和勇治」在旧数码世界各地出现的通过黑暗区域打开的无数大门突然开始融合，变化成了一扇巨大之门。
由于出入口变得巨大，之前被压制在黑暗区域的数码兽成群结队一起要突破大门。
以庞大数量攻入的邪恶数码兽们简直就像在宣告世界要终结。为数码世界和平而战的数码兽们看到恶梦般的景象绝望了。
「不要放弃！有我们在！！」
不知从哪里传来的声音，数码兽们仰望天空。飞在奥米加兽X前面的阿尔法兽和王龙兽背上载着两位少年。
他们正是过去开拓X抗体未来的人类——光太和勇治。
而且飞来的不仅是奥米加兽X他们，大量数码兽都来驰援这场危机，他们并不亚于从黑暗区域飞出来的邪恶数码兽的数量。
「要上了哦，阿尔法兽！奥米加兽！」「继续吧！王龙兽！」
听到光太和勇治的号令，奥米加兽X他们开始加速，打先锋突击敌人大军。三数码兽以压倒性的力量击败了很多数码兽。看到他们的英姿，很多绝望的数码兽再次站了起来。
光与暗的全面战争爆发了。
第22章「给聚集的孩子们的力量」时间稍微回溯一下。
消失很长时间的奥米加兽X、阿尔法兽、王龙兽以及公爵兽X立于新数码世界的大地，光太和勇治也在他们身旁。
他们在与死X兽战斗后，就悄悄地在新数码世界三个终端（兀儿德终端、薇儿丹蒂终端、斯库尔德终端）甚至数码世界的核心「神之领域」等所有地方巡游旅行。
这次旅行的目的是呼吁不要再歧视拥有X抗体的数码兽们。旅行并没有停在一轮，而是重复了几轮几十轮。在此期间，越来越多数码兽都感受到了他们巡游的意义并互相消除了隔阂。
在旅行最热闹时，光太他们听到了要解除对旧数码世界封锁的消息。于是，他们为了以更好的形式让旧数码世界恢复开始行动了。
当决定由皇家骑士中沟通能力最强的杰斯兽继颅骨兽和斯雷普兽后同行，他们确定旧数码世界会以理想的形式回来。
大家都认为就这样解除旧数码世界的封锁指日可待。
然而事与愿违，奥米加兽X他们在新数码世界，察觉感知到了来自黑暗区域的险恶。
公爵兽X也推测这股漂浮的邪恶气息是七大魔王要来了。这样下去可能不仅是旧数码世界，而是整个数码世界将迎来危机。光太他们紧急集结在旅行中相识的新数码世界的数码兽们，受到光太他们的号召很多数码兽都聚集起来把他们围了起来。
「各位，很抱歉突然召集大家。」光太发言了，他将并非仅限旧数码世界的危机要逼近的消息告诉了大家。
听了光太讲的事情，数码兽们似乎都已经理解了接下来他要说的话，都浮现了笑容。
「去帮忙吧。不管是新数码世界还是旧数码世界，不能再失去生命了！我们的未来！大家一起去开拓吧！」
围在周围的数码兽们一起呐喊。其中，看到了正义兽X、风狮兽X和凤凰兽X的身影。
三大天使从神之领域看到这幅景象，又对光太他们的话语表示赞同。在将神之领域的守护工作托付给炽天使兽后，座天使兽X和智天使兽（善）X与光太他们汇合了。
于是，他们结成大军一起向旧数码世界进发。
第23章「无止尽的结局」「可恨，老夫竟然不敌区区皇家骑士……」巴尔巴兽X被领主骑士兽X和芳香兽X合力击败。黑暗骑士兽X见状顿时觉得对己不利，于是悄悄撤退。
「究极V龙兽，你这混蛋竟屡屡坏我好事……哼！」「只要有我在就不会让你为所欲为的，魔神兽！」另一方面，究极V龙兽X在死斗过后削弱了魔神兽X。
另外，玛格纳兽X在君主兽X的协助下击退了别西卜兽X，其他皇家骑士也在周围数码兽的协助下陆续成功让七大魔王莉莉丝兽X、贝尔菲兽X、利维亚兽X无力化。
然而，当每个七大魔王无力化的瞬间，他们身体就像被传送到其他地方一样，被吸入了黑暗区域的大门。
与七大魔王交手的皇家骑士们都只能预感到要发生什么不好的事情。
第24章「七体之迪亚波罗兽X」无力化的七大魔王的肉体被传送到的地方是光明兽X所在的黑暗区域最下层Cocytus。
「哈哈哈哈！时机来了」就像回应光明兽X笑声一样，哈哈兽X完了向迪亚波罗兽X进化。复制分裂成七个的迪亚波罗兽X陆续吸入七大魔王的力量。
「为了获得迪亚波罗兽X的数据，将样品送进那个大混战是正确的。七大魔王庞大的数据不也漂亮地承受住并吸收了嘛！既如此，那我的肉体也……呼呼，哈哈哈！」随着大笑，光明兽X自愿被第七个迪亚波罗兽X吸收掉。
所有七大魔王被完全吸收，分裂成七个的迪亚波罗兽X开始浮上地面，在聚集一堂的皇家骑士面前现身。
第25章「死力」七个迪亚波罗兽X各自都溢出惊人的能量，皇家骑士们都感觉如果置之不理必将引发不好的事情。但是与七大魔王展开战斗让斯雷普兽X他们非常疲惫，还在回复途中的顽固兽X以及照看他的杰斯兽X也不能动弹。
阿尔法兽与王龙兽突风进化成阿尔法兽：王龙剑，与奥米加兽X、公爵兽X一起，三位皇家骑士开始攻击迪亚波罗兽X。
奥米加兽挑战融合了七大魔王力量的迪亚波罗兽X，但他的动作没有统一性，面对不能预测的战斗风格，奥米加兽的「最后获得之力（Omega Gain Force）」也行不通，陷入了苦战。
这时，完全回复的顽固兽X和杰斯兽X回归。「给大家添麻烦了，失去的就从这里夺回来吧！」凭借顽固兽X非比寻常的力量与杰斯兽X的协作，一口气将多个迪亚波罗兽作为对手推上的战线。
一个迪亚波罗兽X觉得这种状况无聊，后退观察战况后大叫，就像对此产生共鸣一样七个迪亚波罗兽再次融为一体，变化成了一个超巨大的数码兽。
这个数码兽的名字是——奥古杜兽X。
终极黑暗君临旧数码世界。
第26章「全新的X-进化·最终决战」超巨大奥古杜兽X一出现，世界开始渐渐崩溃。大地爆裂，覆盖天空的纹理剥落，整个世界不断被线框的黑暗所包围。
由于奥古杜兽X所拥有的力量过于庞大，其存在本身就会破坏世界，是个危险的存在。这就是光明兽X的目的，通过自己成为奥古杜兽X，妄图破坏数码世界的一切。再这样下去，数码世界将完全毁灭，新数码世界可能也会受到崩溃侵蚀。
为了让整个数码世界渡过这场危机，所有的数码兽开始发起对奥古杜兽X的总攻击。此刻邪恶数码兽们也担心自己的栖息地会消失而参加了总攻击，讨伐奥古杜兽X让他们放下以前的敌我关系，成为了一个整体。
然而，每个数码兽的力量都不足以打倒奥古杜兽X。使出全力站出来的皇家骑士发出决死的攻击也对奥古杜兽X不起作用，奥米加兽X、公爵兽X、阿尔法兽：王龙剑也相继倒下。
「我一个人不行……」顽固兽X攻击奥古杜兽X的同时一个人感叹着。他清楚虽然自己尚有余力，但凭借自己的力量无论如何也无法打破这种状况。
这样的话……顽固兽X跑到杰斯兽X身边，「我的弟子杰斯兽啊！现在开始我将自己皇家骑士的力量，以及X抗体的力量全部托付给你了！」「师、师父！？」「本来，我就打算把自己的皇家骑士称号让你继承下去的。如今是时候了，连同我那份X抗体的力量也一起收下吧，去阻止那家伙！以后皇家骑士就由你来背负了！」
对于这番话，杰斯兽X没有回应只是默默地点了头。随后，顽固兽X接触杰斯兽X，化为一道光的数据急速流入他的身体。
「唔哦——！」继承了顽固兽X力量的杰斯兽X完成了超越X-进化的进一步进化。杰斯兽GX——杰斯兽全新觉醒的姿态。
最终，杰斯兽GX能讨伐奥古杜兽X，恢复数码世界的和平吗！？
最终章杰斯兽GX的力量变得强大起来，一时间凌驾于奥古杜兽X。然而奥古杜兽X深不可测的黑暗力量再次开始压制住杰斯兽X，杰斯兽GX变成单方面的防御战。
「该怎么办！」杰斯兽GX陷入苦战之时，倒下的皇家骑士们再次站了起来。「将我们的力量集中给杰斯兽吧！」全体皇家骑士向杰斯兽举起手。每位都竭尽全力将所剩的力量，不断汇集在一起输送给杰斯兽GX。
「我感受到了大家的力量。这样的话，能行的！」去吧，杰斯兽。就像被周围的声音推动自己后背一样，汇集了皇家骑士力量的杰斯兽GX使出了「骑士侵入者」。
「这样一切就结束了！」杰斯兽GX的攻击漂亮地将奥古杜兽X劈成两半。奥古杜兽X停止了活动并开始消失，世界瞬间恢复了和平。从逐渐消失的奥古杜兽X体内被解放出来的七大魔王，用尽剩余力量再次返回到了冰狱科赛特斯。
- 数日后 -
世界树倾听了大混战胜者的愿望「让数码兽在旧数码世界和新数码世界之间自由往来」，对数码世界进行了升级，新旧数码世界之间隔阂被解除并开始统合。今后，皇家骑士会一直守护全新的数码世界吧。
作为方舟计划起源，「数码兽的数据量巨大化使数码世界面临崩溃的危机」，面对这种担忧光太和勇治约定「我们会在现实世界努力使得数码世界得到扩容。」他们在临走时又留下一句话，「世界树，你要注意对数码兽们的过分干涉。虽然当数码世界再次遇到危机时，我们一定会赶来的，但还是祈祷这种事情不要发生。」同时，他们促使皇家骑士对世界树的注意。在告别了皇家骑士和王龙兽后，光太他们便离去了。在确认光太他们离开后，阿尔法兽再次消失踪影。
由于光太和勇治的工作，世界树再次认识到X抗体的有用性。X-进化作为「数码兽所拥有的隐藏的进化的可能性」之一而被世界树承认。该决定瞬间传播了到整个数码世界。