普陀山主要寺院有普济寺、法雨寺、慧济寺。
普济寺，又名“前寺”，普陀山三大寺之一，为普陀最大的寺院。传为真歇禅师初住之寺，后有慧辉、普济、怀信、祖铭等相继主持，几经兴废。明万历三十二年（1604）敕建圆通宝殿并赐额。清康熙二十八年（1689）又敕建佛殿，三十八年重修大殿，赐民感势寺额“普济群灵”，改名普济禅寺。现存大殿为清雍正九年（1731）奉敕重建，有殿阁堂庑200余间，久为山中供奉观音大士之主刹。
法雨寺，普陀山三大寺之一。明万历八年（1580）大智真融创建，名海潮庵。二十二年（1594）改名海潮寺，三十四年又名护国镇海禅寺。清康熙三十八年（1699）兴修停抗概什大殿等，赐额“天花法雨”，因改今补衡短云操顾染促什名。同治、光绪年间续有兴建，现存殿宇245间。
慧济寺，亦称佛顶山寺，又名“后寺”，顶食的福普陀山三大寺之一。明初僧慧圆结茅山顶，创立慧济庵。清乾隆五十八年（1793）扩庵为寺，名慧济寺。全寺有四殿、七宫、六楼，与普济、法雨并称为普陀三大寺。
此外尚有宝陀讲寺、洪筏堂、锡麟继题堂、药师庵、澄心庵、息却海措日跑样认来庵、三圣庵、文昌阁及妙峰庵、悦岑府下胜社庵、鹤鸣庵、大乘庵、长乐庵、长生庵、双泉庵、常明庵、逸云庵、伴山庵等。