１９５０年５月１９日，普陀山解放，政府妥善保护普陀山寺院和名胜古迹，佛教维持原状。１９５１年，全山尚有僧众３１６人，１９５２年土地改革，寺院在朱家尖等处土地３１００余亩由政府无偿征收，僧人每人得地８分，山地１亩多。此间，部分庵院被当地渔民、农民、机关和驻军占居，多数庵院僧俗共住。１９５６年，全山有僧２５７人，推选尘空法师负责日常事务。翌年纪念释迦牟尼佛涅槃２５００周年，国内１３个省市２７４４名僧尼和信徒参加法会，由尘空法师主持传授三坛大戒。６月，东南亚３个华侨进香团先后到山，设千僧斋供众。接着，开展“反右派”运动，有几位高僧被错划为“右派”。人民公社化时，设普陀山管理区，推行“政社合一”。同时，大办钢铁，拆全山历代祖师坟塔砖、棺木筑“小高炉”。成立“佛教工作组”，对僧众进行社会主义教育。１９５９年初，建立“僧众黄沙副业队”，筹划发展畜牧业，采取“生产自救”。是年二月十九日香期，朝山仅百余人，比上年同期下降４０%。
1966年７月１０日，舟山地区社会主义教育运动工作组数十人进山，其中１０余人进驻佛协僧尼大队，分住“三大寺”，对僧尼展开社会主义教育运动，批判对党对政府不满思想行为，解决思想上、政治上、经济上、组织上“四不清”问题，对分居在８个寺庵的１７８名僧尼进行逐个排查。８月初，以“文化大革命”为中心带动“四清”工作，号召僧尼破“四旧”，立“四新”。９月，深日等执事僧遭挂牌批斗。９月１７日，定海部分学生“红卫兵”到山和当地“造反派”一起横扫“四旧”，数日内，所有寺院庵篷中泥塑、木刻、玉雕佛像砸毁殆尽，岩壁上浮雕石佛和摩崖石刻被铲平；所有金质、银质或珠宝串成佛像遭散失或盗窃；当地渔农民将各自所居庵堂大殿内大佛锯断，瓜分做家具。全山被毁大小佛像１７０００余尊；三大寺历代帝皇御赐龙藏及经典古籍３４０００余卷遭焚毁；明、清两代敕立汉白玉御碑被砸碎，有的僧尼被迫还俗。僧尼们感到难以生存，纷纷要求回原籍谋生。工作组对来自６省１市５０多个县、１２０多个生产社队的１７８名僧尼作出认真安置，其中４５名老弱病残者和无家可归者集中到梅福庵，靠政府救济养活（每人每月发给生活费５～８元，１９７３年增至１２元）。
此后，寺院荒芜，殿宇倾圮，佛事全部停止。虾峙、台州等地渔民和本山原为寺院雇用的茶房、轿夫以及各企事业单位陆续占居庵、篷，部分庵宇和大批茅篷被当地居民拆毁，占居面积达全山寺院总面积８６%。“三大寺”、杨枝、悦岭、鹤鸣、双泉等庵由驻军居住，文物馆内珍贵文物由政府转移到定海保管。
自１９５８年始，２０余年中，全山在“开山吃饭、靠沙用钱”思想鼓动下，毁林垦荒，挖沙损景，紫竹林变成一片番薯地，望海亭当作养猪场，后岙沙被挖一空，飞沙岙被蚕食殆尽，许多名胜古迹被毁和废弃。法雨寺九龙殿。摄影E.Boeschmann, 1906
九龙殿围栏上二十四孝图之一，子路负米。摄影，同上
