南普陀寺始建于唐末五代，初称泗洲院。北宋僧文翠改建称无尽岩。元废。明初复建，更名普照寺。明末诗僧觉光和尚迁建于山前，殿堂院舍齐备，住僧常达百余众，清初又废于兵祸。清康熙二十二年（1684年），靖海候施琅收复台湾后驻镇厦门，捐资修复寺院旧观，又增建大悲阁奉观音菩萨，并以之与浙江普陀山观音道场相类比，更名为南普陀寺，此后数百年来，经历代主持景峰、省己、喜参诸和尚多次重修扩建，至民国初年，已构成三殿七堂俱全的禅寺格局，成为近代闽南名刹。
建筑格局南普院寺坐北朝南，依山面海而建，规模宏大，气势庄严，中轴线主建筑为天王殿、大雄宝、乐途殿、大悲殿、藏经阁；其中，天王殿位于寺院中轴线的前端前殿正中供奉笑容可掬的弥勒佛，两侧立有怒目环视的四大天王，殿后有韦陀菩萨覆掌按杵而立，威武异常。殿阁依山层层升高，层次分明，俯仰相应。东西两侧依次升高的回廊，回护三殿两侧，使之成为一个整体。
大雄宝殿是整个寺院的中心，具有典型的闽南佛殿的特点，大殿正中供奉三世尊佛高大的塑像，殿后供奉西方三圣。大悲殿呈八角形三重飞檐，中间藻井由斗拱层层迭架而成，无一根铁钉，构造极其精巧；殿内正中奉祀观音菩萨，其余各面为48臂观音，造型优美、姿态多样；又因闽南信众均崇奉观音菩萨，所以此殿香火异常鼎盛。
天王殿前有广场，广场前为长宽均约30米的正方形放生池，和约百米长七八十米宽的莲花池。莲花池外围盖有琉璃瓦顶的矮墙，东西设对称重檐牌坊式山门，题额为“鹭岛名山”，系原中国佛教学会会长赵朴初所题。
寺内所有建筑，一律采用古代宫殿式的重檐飞脊大屋盖，饰以杏黄琉瓦，使之统一协调。再以石构围墙将全寺建筑群环抱起来，如散珠承盘，形成一个整体。藏经阁是中轴线上的最高层建筑，为歇山重檐式双层楼阁，一层为法堂，是僧人讲经说法的地方，二层为玉佛殿，内供28尊缅甸玉佛，并藏有数万卷古今中外的佛典经书及一些珍贵的文物。
主要建筑天王殿民国十四年（1925），会泉法师住南普陀方丈时重建，屹立于寺院中轴线前端，歇山式重檐飞脊，轩昂宏伟。为歇山顶重檐蹿角式单层砖石、木构建筑，阔为五间，前有红漆大门，后无墙。
天王殿供奉弥勒菩萨、韦驮和四大天王，两只威武的大石狮雄踞门廊东西两侧，跨门进殿，两侧四大天王怒目环视。正中弥勒菩萨坦腹露胸，殿后韦陀菩萨覆掌按杵而立，威武异常。
大悲殿大悲殿始建于明代，原为木结构，民国十九年（1930年）太虚法师重修，八角形三层飞檐蹿角式亭阁单层建筑。1962年，主体改用钢筋水泥，保持木构斗拱作装饰用。殿宇高20米，屹立在石砌台基上，八角三层飞檐。殿内祀奉观音菩萨，正面为双手观音，其余三面为48臂观音。殿内的穹形藻井全部用木料斗拱，不用一根铁钉，别致美观，为国内同类建筑之精华。
大悲殿是寺院的另一主殿，奉千手观音。清初施琅始建，称大悲阁为南普陀改称之由来。殿立于大雄宝殿后石砌多角形高台上，中隔两段石阶近三十级。主殿呈八角形三重飞檐，中间藻井由斗拱层层迭架而成，造型巧妙，结构严密，俗称蜘蛛结网。闽南信众崇奉观音菩萨，香火鼎盛。
藏经阁藏经阁建于民国25年（1936年），为二层小楼，楼下为法堂，楼上为玉佛宝殿。藏经阁位于中轴主体建筑最高层，歇山重檐式双层楼阁。上层藏经，下层法堂。阁楼上下层，三面台廊回护，圈以白石雕栏。
阁内藏着大量佛教典籍和文物字画，如明版《大藏经》、影印宋《碛砂藏经》、明崇祯年间(1628～1644年)血书的《妙法莲华经》、弘一法师手稿《佛说阿弥陀经》等，以及唐代铜佛、宋代铜钟、明代名匠石叟所造的如意观音和观音施甘露像、明代著名艺术家何朝宗创作的白瓷观音像和28尊缅甸玉佛，还有现代著名书法家、中国佛教协会会长赵朴初等人的墨宝。
大雄宝殿大雄宝殿建于民国15年（1926年），为歇山顶重檐蹿角式单层砖石、木构建筑，阔为八间，绿瓦石柱，雕梁画栋，集中体现闽南古建筑的传统工艺。殿前两座报恩塔是由妙湛法师监制的。大雄宝殿是寺院的主体中心，崇宏雄伟，殿前石庭平舒宽展，正中宝鼎香炉巍立，两侧白石宝塔高矗，更显广庭崇殿的庄严肃穆。大殿两侧罗汉堂朝拱主殿。主殿正中供奉三世尊佛高大塑像。殿后供奉西方三圣（阿弥陀佛、观音菩萨、大势至菩萨）。大殿是寺院僧众早晚课诵和法会朝拜参修的殿堂，也是佛门钟磬长鸣、法灯不灭的心脏。大雄宝殿石柱上有副对联"经始溯唐朝与开元而并古，普光被夏岛对太武以增辉。"这副对联将寺庙开基的年代和地理位置说得清清楚楚，那就是说寺庙在唐朝就有了。
其它建筑南普陀寺主殿双侧回廊内外，原分布着僧众修持生活的堂院楼舍，如钟鼓楼、客堂、五观堂（斋堂）、职事堂（库房）、僧舍楼房、学院院舍等建筑。八十年代以来，旧有堂院大都翻修一新，还新建多座楼堂。如东侧的海会楼、普照楼；西侧的方丈楼、学院教学楼、僧舍楼、太虚图书馆、佛教协会办公楼和西侧外的上客堂两座接待楼。一九九二年还在西侧般若池畔，新建一座恢宏雄伟的大禅堂。堂高三层，呈八角形重檐飞脊，覆以黄瓦皇冠式大屋盖，周围白石雕栏，造型新颖，结构精巧严密，既显其富丽堂皇，又不失其庄严肃穆。寺前新建两方石塔，如倚天双剑，高插蓝天。造型仿自泰缅佛塔，为闽南所仅见。
实用信息开放时间外山门：3:00～20:00；内山门：3:00～18:00。
交通指南在市内坐45路、87路、1路、29路、47路等到达。
历史沿革南普陀寺始建于唐代末期，当时称为泗洲寺。
宋治平间（1064～1067）改今名。北宋时由僧人文翠改建，称为无尽岩。
元至元间（1264～1294）被废寺。
明洪武间（1368～1398），僧觉光复建。
明末清初，普照寺毁于兵乱。
清康熙二十二年（1683），靖海侯施琅收复台湾后驻厦门，就普照寺旧址复建殿宇，并增建大悲阁，辟为观音菩萨道场，与浙江普陀山观音道场相类比，改称为“南普陀寺”。
光绪二十一年（1895），已建成“三殿七堂”。
民国二十六年（1937），抗战爆发，南普陀寺一度被驻军占住。时战火日迫厦门。闽南佛学院遭日机轰炸，寺中住僧和学院师生纷纷避入内地或出国。
1958年，厦门市对佛教寺院进行合并，各寺僧众集居南普陀寺。
1966年“文化大革命”中，寺中宗教设施受到严重破坏，寺院住僧遭受猛烈冲击，纷纷离散，另谋生路。
1983年，南普陀寺被定为汉族地区佛教全国重点寺院。
1988年，妙湛和尚升座，妥善安置十年流散来归的僧众，重整禅林法规，主持翻修扩建寺宇，复办闽南佛学院。
1993年以来，建造了大禅堂、班首察、慈善大楼等建筑，以白石筑成东西两山门，1000多米石构围墙将全寺环抱，形成气势宏伟、布局严谨的寺院整体。
2005年，南普陀寺被福建省人民政府认定为福建省第六批省级文物保护单位。