相比而言，现代学者对于凤凰寺宋代始建的说法是有比较确实的论证的，因此持这一看法的学者也有不少。其中论证最为详实的是古建筑学家刘致平先生，他在《中国伊斯兰教建筑》中说“礼堂后即是砖窑殿三大间，这三大间还是元明时代的建筑被保存下来的。正中部分可能是宋代的遗存。”[⑪]具体论证之后又说“此砖无梁殿是北宋时已有，元初重修。”也就是说他要论证的是凤凰寺现存主要的历史遗迹——窑殿的年代要早到宋代。具体的论证，可以归纳为三个方面：
第一，“最初创始据许多碑记文献谓创自宋元，主要是因为唐、宋、元以来，杭州是我国大都市之一。南宋经杭州作为首都，更是繁荣富盛。穆民们聚居在杭州经商的很多，有建寺的必要。”这一方面的论证简要的说来就是宋代建寺有条件，当然，即便论证成功也不能直接说现有遗迹是宋代的，也只能是一种可能性的论证——既然宋代已经建寺，现有的古建筑窑殿有可能是宋代的。这方面的论证，他是从两个小的方面来入手的，一是文献记载，他所谓“许多碑记文献谓创自宋元”注释中引用的是《西湖游览志》元延祐间回回大师建的说法，只能用来论证创自元，不能用来论证创自宋。也引了清康熙九年（1670年）的碑，此碑碑文已经前引。如果依照此碑“创于唐，毁于季宋”的说法，其实不利于论证窑殿是宋代的。一是杭州有回回人聚居因此需要建寺的理论上的推测，这一论证也是缺乏力度的。
第二，“在解放前后，又发现原来明代大殿内有阿拉伯文方砖六块半，尺寸为42×42.5×4.7厘米，雕砖的侧面发现‘宋杭州定造京砖’戳记。不过笔者在杭州调查时，仔细观察字迹感到‘宋’字可能有问题。不太象‘宋’字。”所引阿拉伯文方砖材料出自纪思《杭州的伊斯兰教建筑凤凰寺》（《文物》1960年第1期）。这一方面的论证似乎是用来支持宋代说的，但作者又明确表示了怀疑。首先，我认为刘致平先生的怀疑是有道理的，杭州为南宋都城（行在）时，并不称杭州，而称临安。郭成美先生也就此表示过怀疑。[⑫]其次，这些砖是在明代的大殿内发现的，不能直接用来论证整个凤凰寺或者其窑殿的年代。总之，这第二方面的论证也是缺乏力度的。
第三，则是引述范祖述《杭俗遗风》中的一段文字：“回回堂在南大街文锦坊地方，系回回教门聚众礼拜之所，故一名礼拜寺。其堂四方壁立，高五六仞，迎面彩画，有回教寺匾额，中间圆门，上造鸡笼顶，两旁列石栏。”刘致平先生分析道：“这段记载，明确地说明了回回堂是‘四方壁立，高五六仞的鸡笼顶’（即半圆拱顶）建筑，即相当于今天存在的三大间后窑殿的正中一间，而这间的面宽达8.84米，约合普通民房两间半大小，这已是一个相当大的砖圆拱顶的礼拜殿了。由现存实物的另一证明，即是这三间后窑不是同一时期的建筑。正中一间是早年的建筑，而左右两间则是后来添建的。由现存大小位置即可断定与正中一间是全然不同时代的建筑。范祖述为北宋时人，所著‘杭俗遗闻’是南宋初年的见闻。回回堂之情况至少是南宋初年乃至北宋即已建成，毁于南宋末年。估计砖无梁殿建筑不易全毁，可能顶部有的破坏，而阿老丁‘为鼎新之举’，但是‘鼎新’到什么程度则不易判断。现有后窑殿内外墙全用白灰抹饰，根本看不到砖的尺寸砌法等，所以根据现有材料，只能谓现存的后窑殿正中部分为宋建，元重修之物（即宋时已有此砖砌无梁殿，而元代予以重修，可能大部分重修）。而左右而较小的砖窑殿则为元或明（十五世纪后半纪）所建之物。”刘致平先生认为范祖述为北宋时人，所以所引范祖述《杭俗遗风》的文字就成为他论证凤凰寺窑殿为北宋时所建的最关键的依据。按北宋有一位范祖述，而著《杭俗遗风》之范祖述则为清代后期人，其《杭俗遗风》自序署“同治二年岁次癸亥孟秋之月钱塘范祖述月桥氏著于闽省之与宜阁”，跋署“同治二年岁次癸亥仲冬望日钱塘范祖述月桥氏著竣于闽省与宜阁”。杨新平先生已经指出刘致平先生此误。[⑬]而原书“内造鸡笼顶”一句后还有“远见犹如自鸣钟一座”一句，[⑭]刘致平先生所引遗漏了。[⑮]根据此句，也便不会将此书当作是宋代人的著作了。至于元代“鼎新”云云，出自清康熙九年（1670年）碑，明代的记载中并不见。这么看来，第三方面的论证更是不可信据的了。
此外，还有建筑史的学者论及凤凰寺现存古建筑的时代问题，认为“窑殿部分的历史较一般认为的是元代遗构可能更早些”。[⑯]礼拜殿内后墙各间现存的石刻经台三座的须弥座形制，有学者认为“元代以后所少见”，[⑰]有学者认为“当时元代以前的作品”。[⑱]也有学者据此论证凤凰寺为宋代所建。寺内现存的石柱础，也有认为是宋代的，于是也有学者认为有助于说明寺为宋建。至于其他一些同样持宋代说的学者，则大都不做进一步的论证。[⑲]建筑风格的断代，本有一定的模糊度，据某一建筑构件断代则更容易有所偏差。而元代南方地区的建筑承袭南宋的情况则更为突出。建筑史家傅熹年先生即指出：“在元代，北方的元官式和南方江浙地区由南宋官式转化的江浙地方传统是两个并行的建筑系统。元虽统一了全国，但在文化上包括建筑，却没有能像隋唐和北宋初那样在统一基础上令南北交融，出现新风。”[⑳]
总之，要论证凤凰寺现存主体建筑为宋代所建，文献方面没有任何可靠的证据，遗存方面则缺乏明确的断代结论。
泉州清净寺大殿，通过考古发掘，明确了最早有宋代的地层，[21]并且可以和元代碑刻文献中的记载互相印证，明确了始建于宋代的结论，广为学界所接受。如果有可供考古发掘的机缘，或许可以由此而彻底解决凤凰寺始建年代的争议。
以上讨论了学术界关于凤凰寺创建于唐、宋时期的说法，以下讨论凤凰寺创建于元代的说法。
现存有关凤凰寺始建的叙述明确且时代较早的文献记载有两条，均指向元代。其一是明景泰四年（1453年）郑厚撰《杭郡重修礼拜寺记》所载：
寺创于前元世祖至元辛巳。[22]
其二是明嘉靖间田汝成《西湖游览志》所云：
元延祐间，回回大师阿老丁建。[23]
两种记载在元代建寺方面是完全一致的，只是建寺的具体年代有所不同，一作“至元辛巳”，一作“延祐间”。明碑所载时代更早，又出自教内的说法，并且还有年代上的准确计算——碑文称“寺创于前元世祖至元辛巳，回辉氏世守之，迄今二百一十余年如一日也”，立碑之弘治六年（1493年）至至元辛巳（十八年，1281年），相距212年。明碑还明确地用了“创”字。
至于文献中创于唐或宋的说法，则要晚出很久。其中最早的当属清康熙九年（1670年）丁澎撰《真教寺碑记》所云：
元辛巳年有大师阿老丁者，来自西域，息足于杭。眺遗趾而慨然捐金，为鼎新之举。表以崇闳，缭以修庑，焕然盛矣。
把元代看成是重修的时期，但是其中的“元辛巳年”，就出自明碑《杭郡重修礼拜寺记》。《真教寺碑记》似乎综合了《杭郡重修礼拜寺记》和《西湖游览志》两者的记载。其实大约同时期（成书于雍正年间）的杭州地方文献《郭西小志》，也仍是持元代始建说的：
杭城有礼拜寺，回人礼拜处也。在猫儿桥之西南。相传起于元时，明成化中重建，拓地加宏焉。[24]
除了历史文献，凤凰寺现有历史遗存的主体部分——大殿的建筑风格，总体也支持元代说。当然，正如前文已经讨论的，这个问题也仍没有明确的最后意见。甚至关于大殿的建筑风格的判断，也有不同意见。一般认为大殿保持了域外建筑的风格,但是美国学者夏南悉（Nancy S. Steinhard）认为凤凰寺的主体建筑有着东亚本土的来源，她将主体建筑的三个藻井和平面上的凤凰造型追溯到唐代的建筑空间造型。[25]
综上，可以认为凤凰寺创建于元代是有明确的历史文献的支持、比较切实的看法。
二、元代杭州回回闻人阿老丁
明嘉靖年间成书的《西湖游览志》所载元代杭州回回宗教人士阿老丁（‘Ala al-Dīn），又见于清康熙九年（1670年）丁澎撰《真教寺碑记》，均见前文所引。《真教寺碑记》所谓“元辛巳年”似乎出自明景泰四年（1453年）郑厚撰《杭郡重修礼拜寺记》，但这一碑记没有提到阿老丁。
阿老丁是一个常见的回回人名，因此元代以阿老丁为名的回回人很多。除了建寺之阿老丁，现在所知的元代杭州名为阿老丁的回回人还有三位。那么有没有可能和建寺之阿老丁是同一人呢？
第一位是葬在杭州的舍剌甫丁的长孙。《两浙金石志》关于舍剌甫丁墓碣的题跋中，认为舍剌甫丁长孙阿老丁就是建真教寺之阿老丁，[26]舍剌甫丁生于大蒙古国庚戌年（1250年），卒于至治三年（1323年），他的长孙，时间上不合至元间已经建寺之阿老丁，即使取延祐年间，年龄也偏小了。对此，田坂兴道已作辨析。[27]以往学者还有猜测与凤凰寺有关的阿老丁是元末明初著名的回回文士丁鹤年的曾祖父阿老丁，刘迎胜老师已予否定。[28]他的意见是对的，丁鹤年家族本不居住在杭州，直到元末丁鹤年才徙居于杭州。
第二位是凤凰寺第4号阿拉伯文-波斯文墓碑的墓主火者·阿老丁·宾·火者·赡思丁·亦思法杭（Khawāja ‘Ala al-Dīn b. Khawāja Shams al-Dīn al-Iṣfahānī），此人卒于伊斯兰历727年6月23日（公元1327年5月16日）。[29]从时间来看，与建寺之阿老丁一致，因此有学者认为与建寺之阿老丁为同一个人。[30]不过碑文中完全没有墓主是一位宗教职业者的身份的痕迹，使人怀疑有可能也仅仅是同名而已。
第三位是凤凰寺明景泰三年（1452年）明代波斯文-阿拉伯文碑提到的立碑者法忽鲁丁（Fakhru’d-Din）的祖父阿老丁·迭里迷（ʻAla’ud’d-Din of Tirmith）。[31]这一位阿老丁的家乡是迭里迷，[32]和上述墓碑的阿老丁为亦思法杭人不同，不可能是同一个人。这方明代的碑刻显示的这一位阿老丁家族和凤凰寺关系非常密切。从元初至元十八年（1281年）到明景泰三年（1452年），相去一百七十年，假设阿老丁创寺在他的青年，法忽鲁丁立碑在他的老年，一共有三代人，如果都比较长寿，也不是没有可能。如果阿老丁是延祐时（1314-1320年）人，则可能性更大一点。
总体权衡，我倾向于建寺的阿老丁为第三位阿老丁。
《西湖游览志》记阿老丁的身份是回回大师，那么回回大师是怎样的一种身份呢？
《元典章》记载的一个案例，出现了回回大师，很可以说明在司法环节中回回大师的作用：
至元六年三月，中书户部：
据大都路来申：“麻合马状告：‘至元二年正月内，凭媒人法都马等做媒，说合女阿赊与阿里男狗儿为妇。至去年七月内，有婿狗儿身死有，阿里道，交故狗儿弟收要。’勾责得媒人法都马状称：‘至元二年正月，说合麻合马女阿赊有阿里男狗儿为妇有。阿里下与讫麻合马金脚玉板环儿一对、红紸丝一个、绢二疋、盖头一个、羊二口、面一担、酒三十瓶。在后女婿身故，目今阿赊年二十岁，小叔骡骡一十五岁。’得此。就问得回回大师不鲁溪等称：‘回回体例，女孩儿不曾娶过、死了的孩儿，若小叔接续，女孩儿底爷娘肯交收呵，收者。不肯交收呵，下与的财钱回与一半。’这般体例。又照得：‘娶妻财毕未成者，男女丧，不追财。’欲便照依回回体例，不曾断过如此事理，诚恐违错，乞明降”事。省部得此。仰更为审问无差，依理回付一半财钱施行。[33]
回回体例，即是回回教法。至元二年大都路地方政府遇到有关回回人内部的案件时，要向回回大师咨询，回回大师则是援引回回体例给予回答，最后回回大师的意见在实际的司法活动中确实起到了关键的作用，成为司法的依据。由这一案件可见回回大师是兼管回回人的司法事务的。
这一案件，也不免使人联想到元代还有“哈的大师”的称号。[34]《元史》中记载：“诸哈的大师，止令掌教念经，回回人应有刑名、户婚、钱粮、词讼并从有司问之。”[35]《通制条格》所载一段至大四年十月四日的公文节文，引到圣旨说：“哈的大师每，只教他每掌教念经者。回回人应有的刑名、户婚、钱粮、词讼大小公事，哈的每休问者，教有司官依体例问者。外头设立来的衙门并委付来的人每，革罢了者。”[36]《元典章》所载皇庆三年三月的一段公文，引及至大四年的公文，也包括其中的圣旨内容。[37]《元史》中的记载应该由此圣旨而来。“哈的”，阿拉伯文宗教法官的意思，而“大师”则是佛教僧侣的称号，常见“西番大师”指藏僧。“哈的大师”应是两个词汇拼合而成的。由此可知“回回大师”，也就是“哈的大师”。《元典章》前引案件，正在元朝皇帝圣旨“哈的大师每，只教他每掌教念经者。回回人应有的刑名、户婚、钱粮、词讼大小公事，哈的每休问者，教有司官依体例问者”颁布之前。
那么，延祐年间真教寺的回回大师，其职能就只是“掌教念经”了。
成化《杭州府志》则载：“礼拜寺，在西文锦坊之南。元回回大师叫佛之所。”[38]说明“回回大师”的宗教职能是“叫佛”。“叫佛”是汉语语境中指称伊斯兰教宗教职业者对着安拉祈祷的状态。如郑思肖《心史》记一事云：“回回事佛，创叫佛楼，甚高峻。时有一人，发重誓，登楼上，大声叫佛不绝。”[39]明代类书《刘氏鸿书》摘引《原始秘书》“回鹘”条云：“其国之人所奉者，止知有一天，其它神佛皆不奉。虽曰神曰佛，谓皆是天生他也，拜天求天求道，方得为神为佛，天不教他做，他如何得做？是知生我养我皆是天，万物皆是天生，故所奉者天也。若别再奉神佛，是有二心，如人不忠不孝一般。其教门只知奉天，故每岁自正旦日起晨昏叫福。以面背其壁，曰目不视邪色；以指掩其耳，曰耳不听淫声；方举首叫天，谓之求福；两手捧之，曰接福；以手如得物状揣入怀内，曰天赐福矣；然后拜谢，是为叫福。世俗以叫佛传之，谬矣。故有叫福楼是也。”[40]可见通常还是称作“叫佛”的。元代剧作家吴昌龄的杂剧《唐三藏西天取经》，天一阁本《录鬼簿》题作“西天取经”，注其正名为“老回回东楼叫佛，唐三藏西天取经”。[41]此剧全本已不存，现存一套《狮蛮国直指前程》（《升平宝筏》第十八出），主题就是老回回迎接唐僧，戏文中频频出现“叫佛”字样。[42]
此外，元代医学家王珪《泰定养生主论》载：“余闻《回回大师经》云：其国有伏法重囚，对主者曰：‘吾死无词，但令吾母一见，死而无憾。’即令见之。囚曰：‘我生时食母乳，我今死也，亦欲食母乳，全我始终。’既食其乳，即啮死其母。官责其故。囚曰：‘我今死于不法，是母教我也。我未会言语时，母即教我骂人。及其能行也，教我瞒人。我取取得物归家，则爱我喜我。我渐至于今日，所以恨之也。’”[43]提到的《回回大师经》，应该是回回文的经典吧。明代初年翻译《天文书》的马沙亦黑，他的身份也是“回回大师”。[44]
总之，元代真教寺的回回大师阿老丁，是一位宗教职业人员。阿老丁最初有可能在宗教事务之外，还主管回回人的法律事务，是回回社区的核心人物。后来则仅仅负责掌教念经事宜。
三、元代回回人在杭州的聚居——人口数量问题
元代回回人在杭州的聚居，首先表现在有一定数量的人口。
元初杭州文士周密在他的笔记《癸辛杂识》中说：“今回回皆以中原为家，江南尤多，宜乎不复回首故国也。”[45]周密心目中的“江南尤多”，恐怕主要就是根据他在杭州生活的所见所闻得来的，《癸辛杂识》中就有多条关于杭州回回的细致的记载。周密的话有两层意思：第一层是在江南的回回侨民很多，在入居中国的回回人中占明显的份额。这其实很难证实，元代回回人的聚居地很多，根据日本学者田坂兴道和中国学者杨志玖先生、邱树森老师的研究以及笔者在杨志玖先生基础上所作补充研究，可以说是遍布大江南北。[46]但是根据杨志玖先生所列有关各地回回人数量的史料，明确知道有较多回回人口的聚居地似乎基本上在北方。第二层是这些回回人已经定居下来，所谓“宜乎”，是顺承“江南”往下的，应该是说“中原”特别是“江南”的条件好，所以他们不愿意再回到母国了。上引《癸辛杂识》中的一句话，是在针对回回国来华路程艰难而言的。对于旅途的苦难，其原文可谓极尽渲染之能事：“回回国所经道中，有沙碛数千里，不生草木，亦无水泉，尘沙眯目，凡一月方能过此。每以盐和面作大脔，置橐驼口中，仍系其口，勿令噬嗑，使盐面之气沾濡，庶不致饿死。人则以面作饼，各贮水一榼于腰间，（或牛羊浑脱皮盛水置车中。）每日略食饵饼，濡之以水。或迷路水竭，太渴，则饮马溺，或压马粪汁而饮之。其国人亦以为如登天之难。”元初江南回回多，是周密的观感，有助于说明元初杭州回回人具有一定的数量，但是并不太确凿，反倒使人相信南宋时期杭州回回人即便有也是数量很少的，不然周密的回回人多的印象便没有着落了。
有关元代杭州回回人口数量的另外一类材料是元代回回墓葬及墓碑的数量。回回墓碑的真切情况，已经随着回回墓地的完全破坏，基本上不能够说得很明白了。大致的情况是，民国年间发现的穆斯林墓碑，多的说是有百件以上。1953年政府组织的迁坟，据估计有2000多座，一挖有10000多座，下面还有但是没有再挖。至于现在保存下来的墓碑，只有20方；发现10000余方墓碑的说法，是不可信的。[47]需要说明的是，1953年迁坟时发现的墓葬是一层一层的，有三、四层甚至