1、受理
申请人向国家移民管理局委托的县级以上公安机关出入境管理机构提交申请材料并按规定采集指纹信息。
2、审核
申请人的申请符合法定条件、标准的，同意初审意见；不符合法定条件、标准的提出“不同意”的初审意见。根据申请材料对本次申请进行核实。
3、审批
审批机构进行审核，作出批准或者不予批准的决定。批准的，签发证件；不予批准的，审批机构向申请人出具《不予批准决定书》。审核通过后再次进行核查比对确认无误后移交制证环节。
4、办结
往来港澳通行证的有效期分为5年和10年两种：有效期为5年的往来港澳通行证发给申请时未满16周岁的申请人；有效期为10年的往来港澳通行证发给申请时16周岁（含）以上的申请人。
审批通过后移交制证部门制作证件。
5、送达
可以通过邮寄、申请人自行领取、申请人委托他人领取送达申请人。