1. 基层治理综合指挥室。负责基层治理综合指挥日常工作。负责一体化治理智治平台日常运行监测、分析研判、协同流转、应急指挥、督查考核等职责。负责机关综合协调、文电、机要保密、会务接待、后勤保障等日常事务。完成镇党委、政府交办的其他任务。
2. 党的建设办公室。负责党的政治建设、思想建设、组织建设、作风建设、纪律建设、制度建设和反腐败斗争，以及民主法治、意识形态、统一战线、群众团体等领域的工作，加强党的全面领导，全面加强党的建设，落实全面从严治党要求。负责人大、政协有关工作。完成镇党委、政府交办的其他任务。
3. 经济发展办公室。负责经济发展、村镇建设、生态环境、农业农村和乡村振兴、财政管理、经济社会统计等领域的工作，制定和执行经济社会发展计划，强化产业引导，落实区域发展规划、专项规划、国土空间规划。完成镇党委、政府交办的其他任务。
4. 民生服务办公室。负责教育、文化、卫生健康、体育、劳动就业等领域的工作，推动社会事业发展，落实社会保险、社会救助、社会福利、优抚安置、扶贫济困等社会保障政策，优化基本公共服务资源配置，统筹公共服务设施空间布局，提供优质高效的便民服务。完成镇党委、政府交办的其他任务。
5. 平安法治办公室。负责平安综治、应急管理、综合执法、信访稳定、人民武装等领域的工作，健全应急管理和除险清患排查治理体系，完善执法协调、矛盾纠纷化解调处、公共法律服务、普法依法治理、网上网下联动化解网络舆情风险等机制，推动平安法治和社会治理工作落细落实。完成镇党委、政府交办的其他任务。
6. 重庆市江津区石门镇便民服务中心（挂重庆市江津区石门镇退役军人服务站牌子）。承担便民服务、退役军人服务相关工作。承担劳动就业和社会保障服务、公共服务等服务工作。完成镇党委、政府交办的其他任务。
7. 重庆市江津区石门镇综合行政执法大队。按照有关规定以镇人民政府名义统一行使行政处罚权及与之相关的行政检查、行政强制权。完成镇党委、政府交办的其他任务。
8. 重庆市江津区石门镇产业发展服务中心。承担产业发展相关服务工作。承担农业农村、乡村振兴、巩固拓展脱贫攻坚成果、畜牧、水利、林业、企业、商贸等服务工作。完成镇党委、政府交办的其他任务。
9. 重庆市江津区石门镇新时代文明实践服务中心。承担新时代文明实践相关服务工作。承担社会工作、文化旅游、体育、广播电视等服务工作。完成镇党委、政府交办的其他任务。
10. 重庆市江津区石门镇村镇建设服务中心。承担村镇规划建设环保管理相关服务工作。承担市政园林、物业管理、村社区事务等服务工作。完成镇党委、政府交办的其他任务。