宋咸平四年（1001）属万岁乡；宋宣和二年（1120）万岁乡改名永寿乡。
宣统二年（1910），永宁、永寿合为宁寿镇。
1928年属第三区。
1932年设立巍山镇（称巍山第一镇、第二镇、第三镇）。
1935年，为十九都乡。
1944年，调整为巍山镇。
1958年9月称巍山人民公社。
1959年6月13日复称巍山镇。
1988年1月1日巍屏、古光、象岗、胡村乡并入。
1990年2月巍屏、古光、象岗、胡村4个办事处恢复乡建制（由巍山镇代管）。
1992年5月，巍屏、古光、象岗、胡村乡撤销后复并入巍山镇，撤销罗山、怀鲁乡并建怀鲁镇。
2003年10月8日撤销巍山镇、怀鲁镇，合并建立巍山镇。
2004年5月27日裘家岭、广东坞两个村委托六石街道管辖（2006年4月正式划出）。
2005年6月6日歌山镇金鑫村委托巍山镇管辖。
2006年，善部坑村从三单乡整村迁移划入，属巍屏社区。