1994年3月31日，台湾长风旅行社旅游团一行24人乘“海瑞号”游轮在浙皖交界处千岛湖游览时，吴黎宏、胡志瀚、余爱军三名歹徒登船抢劫并纵火焚船，致使该船24名台湾居民以及8名大陆居民（2名导游，6名船员）全部遇难，从而酿成一起特大抢劫纵火杀人案，即“千岛湖事件”。
事发后，党中央、国务院高度重视，责成公安部、浙江省委、省政府迅速破案，妥善处理。江泽民主席、李鹏总理发表讲话，对此事件表示关切。海协依照《两会联系与会谈制度协议》有关紧急联系的规定，及时快速地向台湾海基会通报情况，协调有关部门为遇难者家属来浙江处理善后提供方便，指定专门人员值班，建立了与台北、香港、上海、浙江的紧急联系。汪道涵会长就该事件发表谈话，对这次事件中遇难的海峡两岸同胞表示沉痛哀悼，并向遇难者家属表示深切慰问。海协副秘书长专程前往杭州看望、慰问遇难者家属，协调有关方面为台湾记者的采访提供方便，协助两岸遇难者家属妥善处理善后事宜。
浙江省公安机关调集300余名警力，克服种种困难，在当地群众的大力支持下，昼夜工作，案发后仅17天即侦破了此案。经有关方面授权，海协邀请台湾海基会人员和专家及台湾遇难者家属代表赴大陆，安排台方人员观看“海瑞号”游船出事水域、查获的凶器、赃物及与案情有关的幻灯、录相等资料；请办案专家介绍情况并回答台方人员问题，澄清事实，减少了台湾民众的误解。
事件发生后，李登辉及台湾当局某些人士蓄意发表攻击、污蔑祖国大陆，挑拨两岸人民感情，破坏两岸关系的言论。海协多次发表谈话，同台湾当局破坏两岸关系的言行进行坚决的斗争，维护两岸同胞的权益和两岸关系发展的大局。
6月10日，浙江省高级人民法院在杭州对千岛湖“海瑞号”游船抢劫纵火杀人案被告人吴黎宏、胡志瀚、余爱军进行了公开审理，依法严厉制裁了罪犯。在海协与浙江省有关方面的邀请下，台湾罹难者家属代表旁听了案件的审理。有关保险公司和旅行社给予遇难者家属保险赔偿。