崇明区由崇明、长兴、横沙三岛及附近其它沙洲和水域组成，陆域总面积1413平方公里。崇明岛位于中国东部海岸线中点位置，地理方位东经121°09′30″至121°54′00″，北纬31°27′00″至31°51′15″，地处中国最大河流长江入海口，是世界最大的河口冲积沙洲，也是仅次于台湾岛、海南岛的中国第三大岛。全岛三面环江，一面临海，素有“长江门户”“东海瀛洲”之称。西接长江，东濒黄海、东海交界处，南与上海市浦东新区、宝山区、嘉定区及江苏省太仓市隔江相望，北与江苏省海门市、启东市一衣带水。崇明岛面积1370平方公里，东西长约100公里，南北宽13～18公里。全岛地势平坦，无山岗丘陵，西北部和中部稍高，西南部和东部略低。90%以上的土地标高（以吴淞标高0米为参照）在3.21米至4.20米之间。地处北亚热带，气候温和湿润，年平均气温15.2℃，日照充足，雨水充沛，四季分明。崇明区水土洁净，空气清新，生态环境优良。
长兴岛位于吴淞口外长江南水道，东邻横沙岛，北伴崇明岛。岛呈带状，东西长26.8公里，南北宽2～4公里。总面积约100平方公里，其中滩涂面积8.5平方公里，可耕地面积26.2平方公里（不包括前卫农场）。南沿有深水岸线近20公里，一般水深 -12米至 -16米，最深处 -22米，可停靠30万吨级轮船。
横沙岛位于长江入海口东端，三面环江，一面临海。西邻长兴岛，北与崇明岛东部遥相呼应，南与浦东新区隔江相望。岛呈海螺形，南北长约12公里，东西宽约8公里。平均海拔2.8米。总面积60平方公里，其中可耕地面积26.8平方公里。尚有滩涂资源0米以上13333.33公顷、-5米以上44666.67公顷。周边岸线30余公里，其中南端约有2公里深水岸线，水深 -12米左右。
建置沿革崇明岛（沙洲）形成有1400年历史，唐武德年间（618～626），长江口胡逗洲（今南通）东南方向涨出两座沙洲，相隔70余里，史称西沙、东沙。据说武则天万岁通天年间（696～697），始有渔民、樵夫在西沙迁居。五代十国时期，杨吴于天祚三年（937）在西沙设立崇明镇，辖于静海都镇遏使（今南通），这是崇明地区有建置的开始。公元938年，崇明镇归属于南唐。之后南唐中宗李璟时期，崇明镇辖于静海都镇制置院。显德五年（958），后周军队攻取南唐在江北的所有领地，暂时废除崇明镇建置，由后周静海军辖制西沙、东沙。北宋初又恢复崇明镇，隶属于通州海门县。北宋天圣三年（1025），续涨出姚刘沙，后来逐渐与东沙接壤。建中靖国元年（1101），于姚刘沙西北50余里处涨出三沙。南宋嘉定十五年（1222），将姚刘沙废弃的韩侂胄庄园设为天赐盐场，隶属于淮东制置司。宝庆元年（1225），天赐盐场划归淮东总领所。至宋代，在西沙逐渐形成平等、道安、释乐3个村，之后渐有坍塌。
元朝至元十四年（1277），崇明镇升为州，隶属扬州路。首任崇明知州薛文虎，在姚刘沙天赐盐场提督所旧址建立州城。改崇明镇为西沙巡检司，仅存的道安村改为道安乡。元代后期，东沙与姚刘沙相连，并不断南坍北涨。元至正十二年（1352），旧城坍没，州城一迁于原址北15里处。元末明初，东沙坍没大半。
明洪武二年（1369），崇明降州为县，仍隶扬州路，州城变为县城。洪武八年（1375），改隶苏州府。建文年间（1399～1402），在三沙西南30余里处涨起平洋沙。永乐十八年（1420），城南为海潮坍迫，县城二迁于北10里处秦家符(村)。弘治十年（1497），兼隶太仓州。正德年间（1506～1521），长沙露出水面，在平洋沙东南，此沙洲成陆后位置基本未产生迁移。在此期间，姚刘沙与西北三沙连成一片，而西沙坍塌仅剩一个道安乡。嘉靖八年（1529），秦家符（村）旧城坍没于海，县城三迁于三沙马家浜，该城存在20多年就坍塌。嘉靖二十九年（1550）左右，姚刘沙坍没，三沙始坍。嘉靖三十四年（1555），县城四迁于平洋沙，存在近30年。万历十一年（1583），平洋沙始坍，后来坍存部分渐与长沙接壤。万历十六年（1588），县城五迁于长沙，城周方圆4里7分，之后一直延续至今。明代嘉靖至万历年间，崇明县持续抗倭斗争，涌现出民族英雄知县唐一岑的事迹。明末清初，倭寇基本平息，长沙开始持续涨积。
清顺治年间，南明御史沈廷扬、将领张名振、郑成功都来反攻过崇明岛。顺治十六年（1659）农历八月，为“反清复明”的旗号，郑成功率领福建水师进攻崇明县城（今城桥镇），被清军顽强击退。清康熙元年（1662），随江流变化，三沙大半坍没，留下东三沙和西三沙的残余。雍正二年（1724），崇明县专隶于太仓州。明清时期，又有大安沙、高明沙、享沙、日隆沙、富民沙等许多小沙洲时东时西、忽南忽北涨坍变化。至晚清时，以长沙与平洋沙相互连接后为主体形成现今崇明岛形状。这两个沙洲的连接处在现今绿华镇形成明潭，即后来的明珠湖。长兴岛形成于清咸丰年间（1851～1861），至今约170年。横沙岛形成于清光绪年间（1875～1908），有140年历史。
1911年，沪军都督派遣民军赶走崇明镇台，建立民国崇明县政府，隶属于江苏省管辖。1914年，崇明县隶属沪海道管辖。1926年9月，陆铁强、俞甫才建立崇明县最早的中共党组织。1927年，崇明县又划归江苏省；1928年，崇明县外沙10个乡划出另建江苏省启东县。1933年，崇明县隶属于江苏省第七区；1934年，隶属于江苏省第四区（南通）。1939年，崇明特别区公署隶属上海特别市（汪伪政权）。1945年抗战胜利后，崇明县再次隶属江苏省管辖；1946年，隶属江苏省第三区（松江）；1949年初，隶属江苏省南通专员公署。1949年2月，蒋介石钦点萧政之出任崇明县长，成为民国政府在崇明岛的最后一任县长，任职4个月，1949年6月随桂永清兵舰败退台湾。
1949年6月2日，崇明县解放，隶属江苏省南通专区。1958年12月1日，改隶上海直辖市。1950—1980年代对崇明岛北部滩涂的围垦，有了东风农场、长江农场、跃进农场、前哨农场等十多个农场的规模。1980、1990年代又对团结沙、东旺沙进行大围垦，形成后来的东滩。2005年5月18日，原属上海市宝山区的长兴乡、横沙乡划入崇明县。2009年11月18日，长兴撤乡建镇。至2016年6月，崇明县是上海市16个区县中唯一的县。2016年7月，崇明撤县设区。从2017年开始，崇明区启动全面建设世界级生态岛的历程，生态农业、文化旅游、环保轻工业、新时代农村建设各项事业蓬勃发展。至2019年底，崇明区辖有16个镇和2个乡，区政府所在地城桥镇是全区政治、经济和文化中心。
建设历程上海市政府批准《崇明三岛总体规划（2005-2020）》，将崇明本岛定位为综合生态岛，进一步明确要在崇明、长兴、横沙三岛联动发展中，推进崇明本岛的生态建设。
联合国环境规划署在上海发布《崇明生态岛国际评估报告》，把崇明生态岛建设作为典型案例，编入其绿色经济教材。
上海市政府原则同意《上海市崇明区总体规划暨土地利用总体规划（2017-2035）》，到2035年，崇明将建设成为具有全球引领示范作用的世界级生态岛。
1月20日，上海市政府公布《崇明生态岛建设纲要（2010—2020）》 ，提出了崇明生态岛建设指标体系及分阶段目标，力争到2020 年形成崇明现代化生态岛建设的初步框架。
上海市政府公布《崇明世界级生态岛发展“十三五”规划》，以更高标准、更开阔视野、更高水平和质量推进崇明生态岛建设。
规划定位根据《上海市崇明区总体规划暨土地利用总体规划（2017-2035）》，到2035年，崇明将建设成为在生态环境、资源利用、经济社会发展、人居品质等方面具有引领示范作用的世界级生态岛，成为世界自然资源多样性的重要保护地、鸟类的重要栖息地,成为长江生态环境大保护的示范区、国家生态文明发展的先行区。
未来的崇明，生态地区是和谐自然的，“沙静明月虫雀归”；乡村是舒朗有序的，“榆柳荫后檐，桃李罗堂前”；城镇是紧凑集约的，“小而适宜，素雅精致”。城镇与乡村之间，人类与自然之间，生态保护与建设之间都将呈现最有机的融合与和谐。
发展战略以“+生态”战略厚植生态基础：+生态底线、+生态资源、+生态网络、+生态节点、+生态修复。
以“生态+”战略提升生态价值：生态+活力、生态+动力、生态+魅力。
2021中国花博会
2021年5月21日至7月2日 ，第十届中国花卉博览会将在崇明举办，主题是“花开中国梦”。花博会选址东平国家森林公园及周边地区，规划范围总面积约为 10 平方公里，包括花博园主展区、东平国家森林公园拓展区、配套服务区（北部东平小镇及南部服务区）。未来，花博园地区将建设成为崇明中部崛起的重要功能区、面向世界服务全国的花卉创艺博览区、低碳环保持续发展的绿色经济承载区、尊重自然启迪未来的生态文明先行区，助推崇明建成“海上花岛”。
生态格局规划形成“五源多廊”的总体生态空间结构。
五源：包括崇明东滩、西沙、北湖、东平国家森林公园、长兴青草沙湿地等五个重要生态源地。
上海崇明东滩鸟类国家级自然保护区
东滩鸟类国家级自然保护区位于崇明岛最东端，总面积241.55平方公里，属长江口典型的河口湿地，列入国际重要湿地名录。保护区拥有丰富的底栖动物和植被资源，是中国规模最大、最为典型的河口型潮汐滩涂湿地之一，在候鸟迁徙网络中具有重要地位，也是我国水鸟的重要中途停歇地和越冬地。东滩记录到的鸟类多达290种，国家一级保护的鸟类有东方白鹳、黑鹳、白头鹤、白尾海雕4种，国家二级保护动物35种，如黑脸琵鹭、小天鹅、灰鹤、鸳鸯、小杓鹬、小青脚鹬等，每年近100万只迁徙水鸟在此栖息或过境。
上海市长江口中华鲟自然保护区
中华鲟，国家一级保护动物，被誉为“水中熊猫”和“爱国鱼”。上海市长江口中华鲟自然保护区位于崇明岛东端，总面积约696平方公里，主要保护对象是长江口以中华鲟为主的水生野生生物及其栖息生态环境，是中华鲟唯一的“幼儿园”，特有的“待产房”，又是重要的“产后护理场所”；是中华鲟生命周期中唯一的、数量最集中、栖息时间最长、顺利完成各项生理调整，同时又最易受到侵害的天然集中栖息场所；也是其他鱼类洄游的重要通道和索饵产卵的重要场所，有着很高的保护价值。
西沙•明珠湖
位于崇明岛西南端，西沙湿地和明珠湖公园以江堤相隔，以彩虹桥相连。西沙国家湿地公园总面积约4500亩，是崇明岛国家地质公园的核心组成部分，是上海目前唯一具有自然潮汐现象和成片滩涂林地的自然湿地。明珠湖公园占地面积为6500亩，其中水域面积达3000亩，是崇明最大的天然淡水湖泊。明珠湖公园有潭深水清的湖泊、曲径通幽的森林，园林与湖泊交相辉映。明珠湖丰富的水产资源孕育了独特的鱼文化，路亚钓吸引了国内外垂钓爱好者。
东平国家森林公园
东平国家森林公园位于崇明岛中北部，总面积5400亩，是华东地区最大的人造平原森林。园内森林繁茂、湖水澄碧、百鸟鸣唱、野趣浓郁，以“幽、静、秀、野”为特色。根据《崇明世界级生态岛发展“十三五”规划》，公园拟打造植物多元化发展的“海上森林花岛”大地景观，并融合科技文明的元素，形成集景观、科研科普、生态旅游和“互联网+”花卉交易模式的智能型的森林植物花卉园。
青草沙水库
青草沙水库位于长兴岛西北侧、长江口南支下段南北港分流口水域，是目前亚洲最大的河口浅滩型水库，是上海市的主要水库。青草沙水库2011年6月8日正式建成通水投入运行，供应的原水总量占全市原水总量比重超过50%，受益人口1300万人。
长兴郊野公园
长兴岛郊野公园位于万里长江入海口处，一期面积5.56平方公里，是上海一期规划建设中规模最大的郊野公园。公园分为综合配套区、休闲运动区、农事体验区、橘园风情区、森林涵养区五大区域，均以生态杉林、河流溪岸、橘园果林和农田菜地等为基底改造而成，具有“自然、生态、野趣”的特色。
多廊：包括1条市级生态走廊和10条区级生态走廊，串接生态基本片区及重要生态源地，构建崇明区生态骨干网络
空间结构规划形成“三区、两带、两片”的全域空间结构
“三区”
崇西、崇北和崇东是代表崇明区旅游特色与品牌资源的三大空间片区。
崇西生态旅游发展片重点整合西沙、明珠湖及农场资源，拓展度假疗养、运动休闲、农业科创功能。
崇北生态旅游发展片重点挖掘东平森林公园及北部连绵农场，发展高效生态农业，传承垦拓文化，拓展文化创意、休闲旅游、森林度假等功能。
崇东生态发展片重点加强东滩及周边地区生态保育，建设国家级鸟类自然保护区和中华鲟自然保护区，适度拓展智慧创新、健康疗养、生态教育等功能。优化提升片区内部传统城镇空间，构建特色小镇功能节点，引导组团化、风景化的用地布局。
“两带”
崇南和崇中是代表崇明区本地城镇特色和乡村特色的两条空间带。
崇南滨江城镇带重点将吸引人口和建设活动向此集中，提升公共服务水平，形成集约化、组团化的活力滨江城镇格局。
崇中乡村野趣带重点彰显特色风貌与田园风景，打造以特色村及特色村区为依托的乡村野趣区域，留存和延续乡愁。
“两片”
长兴和横沙是代表崇明区战略性功能板块和留白的两个片区。
长兴作为崇明区最主要的智能制造功能板块，重点发展海洋装备产业，完善配套城市功能，加强环境保护。
横沙作为战略储备和预留空间，是建设崇明世界级生态岛先行示范区，以保护保留为主，塑造“原味横沙”。
城乡体系构建“核心镇-中心镇-一般镇-小集镇-村落”五级城乡体系，规划五个城镇圈，制定差别化的发展策略。
规划至2035年形成“1-7-10-20-X”的城乡空间体系，即1个核心镇镇区，7个中心镇镇区，10个一般镇镇区，20个左右的小集镇社区，X个自然村落。
以五大城镇圈为抓手统筹三岛资源要素，挖掘空间发展潜力。包括两个综合发展型城镇圈，分别为城桥城镇圈、长兴城镇圈；三个生态主导型城镇圈，分别为东滩（陈家镇）城镇圈、西沙（三星）城镇圈、东平-海永-启隆城镇圈。
特色村区
规划至2035年，依托干线公路和以轨道交通为主体的骨干交通系统，构建60分钟交通圈，其中崇明重点地区至上海主城区60分钟可达，城桥核心镇至区内中心镇45分钟互通，城镇圈内30分钟覆盖。优化对外跨江通道布局，形成东、西对外双通道格局。其中，东线通道由G40沪陕高速和轨道交通崇明线组成，主要承担陈家镇、长兴岛等东部乡镇的对外联系功能；西线通道由S7沪崇高速和轨道交通沪崇线组成，主要承担城桥镇等西部乡镇的对外联系功能。
生态农业
坚持以全球视野为导向、世界水平为标杆，推动生态农业实现高科技、高品质、高附加值发展。目前，全区绿色食品认证率已达到85%，到2020年实现绿色食品全域覆盖，将生态岛打造成为“我国绿色有机农业高地”。