深圳海关直属中华人民共和国海关总署领导，并受广东分署的监督指导，总部位于深圳市，其业务管辖区域包括深圳市及惠州市。目前全关共有干部员工5800余人，设有48个处级以上机构，其中内设机构21个，隶属机构18个，派驻机构5个，其他机构4个。海、陆、空监管业务齐全。
深圳海关的职能是：依法对经深圳口岸进出境的货物、运输工具、行李邮递物品等进行监管;征收关税和其它法定由海关征收的税费;查缉走私;开展贸易统计并办理其他海关业务。
目前，深圳海关旅检业务占全国55%，加工贸易监管占全国1/5,快件监管业务占全国1/3，税收征管约占全国9%,运输工具监管约占全国70%。
深圳海关下属的海关有：深圳同乐海关，深圳沙湾海关，深圳南头海关，深圳布吉海 ， 深圳福田保税区海关，深圳机场海关，深圳梅林海关，深圳笋岗海关，深圳大鹏海关，深圳蛇口海关，深圳沙头角海关，深圳湾海关，深圳福田海关，深圳罗湖海关，深圳文锦渡海关，深圳大铲湾海关，惠州海关，惠州港海关，惠东海关，现场业务一处，驻经济特区办事处，驻出口加工区办事处，驻邮局办事处，驻三门岛办事处。