湄洲岛妈祖祖庙山分为妈祖祖庙（西轴线）、新建殿筑群（南轴线）、妈祖文化园三大部分。
妈祖祖庙建筑群是以前殿为中轴线进行总体规划布局，依山势而建，形成了纵深三百米，高差四十余米的主庙道。建筑群由大牌坊、山门、圣旨门、圣父母祠、钟鼓楼、寝殿、朝天阁（太子殿）、升天楼等建筑构成。
进入祖庙大牌坊是一条两边古树连荫的宽大上升石阶路，路的顶端是山门。
妈祖受到朝廷“天后”的褒封，在民间又被尊为圣母，是至高无上的女海神，所以祖庙的山门呈皇家的城阙型。
进入山门再登石级，抬头仰望凌空而建的悬挂“圣旨”二字竖匾的仪门牌坊，俗称“圣旨门”，“圣旨门”巍峨壮观，颇有威仪。妈祖一共受过历代帝王的36次敕封，这里是举行敕封仪式的地方。
从庄严的山门，高大的仪门到正殿，由寓意妈祖3月23日生日的323级台阶连缀两旁的各组建筑，气势不凡。
仪门与广场相连，继续往上行就来到挂满红灯笼的钟鼓楼。钟鼓楼是寺庙的标配，作为晨钟暮鼓报时之用。
天后宫（寝殿）
穿过东西对峙的钟鼓楼，左手边的殿堂是天后宫。祖庙天后宫本殿民间称为“寝殿”，本殿原为祖庙的正殿，是供奉妈祖的主要殿堂，也是举行祭祀的地方。
现存建筑是民国年间重修的，保持原建筑的明代布局和清代风格。寝殿神龛正中奉祀的妈祖是“妈祖金身”，金身为香樟木雕软身坐像，是祖庙的传世文物，正梁悬挂清雍正皇帝御笔匾额“神昭海表”。
寝殿门殿石柱上著名的对联“齐斋齐斋齐齐斋齐齐斋戒，朝潮朝潮朝朝潮朝朝潮音”为莆田明代才子戴大宾所写。上联的意思是朝拜妈祖的同时一起斋戒掉不良的行为和心念，下联暗含湄洲岛上著名的“湄屿潮音”。
寝殿门殿两边各有一幅壁画，讲述的是郑和下西洋和施琅收复台湾的故事。
天后宫是祖庙人流最拥挤的地方，挤进主殿都十分费劲，更别提拍照了。
出了天后宫，回到主庙道，抬头看到三层八角塔形建筑的朝天阁下面的砖墙上书有“湄洲妈祖祖庙朝天阁”几个字，这就是祖庙的正殿“太子殿”。
“太子殿”原为朝天阁，是为了纪念妈祖羽化升天，明永乐年间（1403年）建造的。1683年，福建总督加太子太保兵部尚书姚启圣把朝天阁改建为正殿，与其他建筑保持在同一轴线上。后人便将改建后的正殿称为“太子殿”。
正殿保持清初建筑风格，重檐歇山顶三开间一进深的抬梁式建筑结构。殿内供奉妈祖，设有光明灯让广大妈祖信众点灯祈福。
一层的观音像前有柄玉如意，“摸摸玉如意，事事都如意。”于是很多人排队去摸那根玉如意。
妈祖祖庙内有两尊红木妈祖，分别为：朝天阁的巴西花梨木妈祖和升天楼的缅甸花梨木妈祖。
朝天阁的巴西花梨木妈祖手持龙凤玉主，头戴冕旒、雍容典雅、裙袂飘逸。
升天楼在妈祖祖庙的最高处，升天楼的缅甸花梨木妈祖有“摸摸妈祖手，平安跟着走”之说，又是很多人排队和妈祖摸手。
朝天阁和升天楼都有很精致的藻井。朝天楼的藻井中心是金龙盘踞，升天楼藻井中心是太极图形。
妈祖文化园
升天楼边上便是“妈祖文化园”的入口，妈祖文化园里有：巨型妈祖石雕神像、妈祖故事群雕、妈祖文化馆及摩崖石刻等景点。
妈祖故事群雕，每组讲述一个妈祖故事，是一部形象的妈祖传说故事集。游览一遍能对妈祖文化有个大致的了解。
祖庙山顶14.35米高的巨型妈祖石雕神像，身披霞帔、脚踏波涛，手抱如意，面向海峡东岸，对着宝岛台湾，妈祖石雕神像已成为湄洲岛的标志性建筑。而在对岸的台湾北港朝天宫内，也有一尊与湄洲岛上一模一样的妈祖石雕神像，两尊神像隔海相望。
祖庙新殿建筑群
祖庙新殿建筑群是以巨型妈祖石雕神像为起点，依山就势向南伸展的五进仿宋建筑群。新殿包括大牌坊、宫门、钟鼓楼、顺济殿、天后殿、灵慈殿、天后广场、天后戏台等建筑。
一万平方米的天后广场是祖庙举行祭典仪式的地方，广场两旁观礼台及回廊能容纳上万人。
山不在高，有仙则名，岛不在大有神则灵。妈祖故里湄洲岛，地处东南形胜之地，湄洲岛妈祖祖庙是全世界5000多座妈祖庙的“祖庙”。一千多年来香火鼎盛，不愧为全世界两亿妈祖信众的朝圣中心。
