外砂王厝人至此搭寮，围地垦荒，捕鱼为生。
清同治年间因避兵祸，外砂及洲畔咸塭村民迁此聚居而渐成村落。
原属外砂乡。
1934年属坝头乡。
1949年属上蓬区。
1951年称南港乡，属海滨区。
1953年属八区。
1958年9月成立澄海县人民公社，属第三支队310团。
1959年设南港生产大队，属坝头人民公社。
1983年11月设区建乡，设南港乡，属坝头区。
1986年11月撤区置镇，设南港村，属坝头镇。
1990年9月设南港管理区。
1998年9月设南港村。
2002年1月坝头镇并入凤翔街道，设南港社区，沿用至今。