攷教堂与修院之第三次重建工程，大部分由贾华奴神甫(Valentim de Carvalho)主持。从一六零二年起，至一六三七年止，历时三十余载，始克竣工。其取名为“圣保禄”，盖用作纪念圣保禄，因他迺东方传教之首者。此教堂虽被称为圣保禄，但教堂内所供奉者，却是圣母无原罪，据谓，澳葡王约翰，极寄信于此神者，故立圣母。圣保禄教堂和修院，扩建完成后，其建筑之雄伟，修饬之华丽，设备之完善，皆堪称为远东教堂之冠。相传谓只前门之石壁，即大三巴牌坊，其价值为三万両银云。因此，凡东来之传教士，皆驻足于此。而东方各地之修道生，亦皆来此求学。当时之圣保禄教堂，实已成为天主教之东方总枢纽，经常与中国内地、日本、朝鲜、安南、吕宋之教会联系。闻当一六四零年，日本仇杀天主教徒时，澳门派去之传教士，及日本信徒，共有六十一人受刑而死，圣保禄教堂曾为之鸣钟致哀，凡二十天始罢。在明末清初时期，中国名诗画家吴渔山，亦尝于他五十岁时(一六八一年)，来澳加入耶稣会，在圣保禄修院学道，甚一六八八年迺升为司铎。其在澳时，曾著有《三巴集》诗稿，有澳门杂咏三十首。其中有云：“第二层楼三面听，无风海浪似雷霆，去来毕竟输鸥鸟，长保羣飞入画屏”，其自注谓：“楼房概有三层，余眠食第二层楼上。”由此看来，重建后之圣保禄修院，是一所三层高洋楼也。圣保禄修院，是一座三层大洋楼，在圣保禄教堂之左侧，与教堂相联系，位于大炮台山麓。大炮台，保名为圣保禄炮台，本来亦属耶稣会士所有。山上设有祭坛，下有隧道，可与圣保禄教堂相通。修院之前门，原在教堂之前方，即今之穷里口处，亦有石级可登。院内尽为修道生宿舍及研习室，一如今日之三巴仔修院焉。在圣保禄教堂门前之石阶上，其左右两傍，原来竖立围杆一对，与中国之衙署或祠堂庙宇门前所竖立者无异，盖中国旧日规例，要有高官显爵，才准许在门前建坚围杆，以炫耀其勋禄。圣保禄教堂亦然，因当时耶稣会之神甫，及其修院之毕业生等，多曾受到明清朝廷封官，到北京任钦天监之职。按照例规，圣保禄教堂门前，亦得竖立围杆也。所以现在仍可看到其阶前右方，尚遗留有一个石围杆夹，但其左方之一个，则毁灭久矣。耶稣会士利玛窦(Mateus Ricci)于一五八一年来到澳门，是时圣保禄教堂，尚未建筑完成。只得暂住一时，便前往北京，将西方之天文，历法，物理、数学，音乐，绘画等学术，介绍与中国。嗣后，明臣礼部尚书徐光启，采用其历法，开局任用洋人，繙绎西洋学术。因而圣保禄之教士及毕业生等，迺得承袭中国钦天监职。如明末清初之汤若望(Joannes Adam Schall von Bell)，南怀仁(Ferdinandus Verbi-est)等，计数十人，皆曾荣膺中国官职。直至圣保禄再遭焚烧毁后三年(一八三八年)，中国才停止征用保禄修院教士充当钦天监官职。攷当年天主教之来华传教者，计有四个教会，属耶稣会、多明我会、方济各会及奥斯定会。澳门之圣保禄教堂和修院，即属于耶稣会所办者。盖耶稣会士，最能了解中国人习惯，传教工作无孔不入，如利玛窦、汤若望等，改穿汉服儒冠，广交文士大夫辈，故其传教工作，得以深入内地。至于多明我会，及方济各会等，在神学上，与耶稣会各存异见，常常发生争执，互诉于罗马教廷。但罗马教廷不同意耶稣会，后来更谓其参加政治，遂被葡国政府解散。据“圣保禄”特刊(A Fachada de St. Paulo)载称：“邦波卢侯爵 (Marques de Pombal)于一七五九年一月十九日及九月三日，命令将耶稣会解散，及将其在葡属之物业财产没收。当时澳门兵头李欧尔(António Corte Real)，亦奉到葡属印度总督沙丹拿(Manvel da Saldanha)命令，暂守秘密，直至一七六二年七月五日，葡国军队抵达澳门后，始将圣保禄教堂及修院封闭。及逮捕所有耶稣会士，交与多明我会看管。常时三巴仔之同伙、赤同様受到拘留、交与方済各会看管。待至同年十一月五日，才由葡舰圣路义士号(St. Luis)载返葡国。尽囚于圣朱利亚(St.Julivs)塔内。嗣是，圣保禄修院便没归澳门议事公局掌管。至于耶稣会士之财产，则或没入国库，或分拨与主教，议事局员，及果亚之执政人等。”嗣后，圣保禄教堂，遂由主教委派其他神甫管理，曾有一个时期，作为法国之神甫修养所。当时法王路易第十四世(Louis XIV)，曾赠送一个堂皇华丽大钟，历来相沿用着。又当一七九八年时，该堂及修院，因闲置无用，遂被葡国王子骑兵团部徴作扎营所。不久该团部虽迁移到奥斯定堂去(The Covent of St. Augustine)。但至一八三一年四月十三日，经施路华神甫(Inacio da Silva)宣称，奥斯定堂已残旧不堪用矣。据传谓：“圣保禄教堂及修院，自从没收为政府产业后，将来用作驻扎军队，是最好不过者。”直到一八三五年一月二十六日。因军队在圣保禄修院厨内，存入大量柴薪，致使教堂及修院，又招来第三次之大火灾，按海外殖民局(The Maritime and Colonial Office)曽记载称：“时近黄昏，时钟正报六点，火灾便开始爆发。火势非常迅速，仅至八时一刻，整座圣保禄教堂及修院，已荡然尽毁无存矣。”又据《中西交通史》称：“所谓三巴寺，即圣保禄教堂。兴建于万历三十年(一六零二)、一八三五年一月二十六日毁于火。但其门坊、至今犹屹然独存。按起火之日为道光十四年十二月二十七日。不知与旧历过年，是否有关。”但据某英文禁本曾详纪其事，据谓：圣保禄教堂之后方，多为农民田亩。当军队驻扎该堂时，难免有逸马伤田事，故农民恨之。适岁晚该堂积薪，致得机以泄愤，效楚人一炬云云。所以梁哲士先生乃有“攷证于今阙禁书，烬余凭吊认僧居”及“当年教祸属强梁”等吟句也。攷此次大三巴火灾，是在耶稣会士被逮离开澳门后七十余年，正是军队驻扎修院作为兵营之时，于一八三五年一月二十六日(即道光十四年十二月二十七日)下午六点正，初由修院近厨房贮柴处起火。当时隆冬傍晚，猛吹东北风。因此风高物燥，一起火就烈焰冲霄，非常迅速延烧及左傍之教堂。今试研究牌坊上各窗户，其门框上左方之石阵，尚斑烂剥蚀，足证当年风挟火势，由东北方扑来者。因古时之教堂皆属木材建筑，易招火患。且救火设备简陋，故焚烧仅两个钟头，至八点十五分，就将整座巍峨大教堂付诸一炬，只賸前门残关，徒供后人凭吊耳，闻当时抢救所得，只是一些“圣人”遗骨。盖信徒视之如至宝。故将之移供于花王庙及大庙顶内，而圣方济各沙勿略之遗骨，初则暂存花王庙，后再移置三巴仔教堂内云。至于现时里巷讹传，有谓大三巴火灾是天灾节源始，与旧日澳门之一场大风灾有关，均属无据失实者。盖澳门当年之一场大风灾，妈祖阁与莲溪庙皆受摧残。庙碑皆有载明，按重修妈祖阁碑志云：“迨至同治甲戌十三年八月，忽遭风飓为灾。海水泛溢，门头既已倾跌，牌坊亦复摧残，瓦石飘零，旅杆断折”。又按重修莲溪庙碑志云：“同治甲戌之秋八月，台风陡作，沙石狂飞，庭楹为之而圯，里祀莫得而陈”。准此推计，大风灾是在同治十三年八月，即阳历一八七四年九月。而大三巴火灾是在一八三五年一月二十六日下午六点，即道光十四年十二月十七日，相差四十年。且在隆冬岁晚，安来飓风电火。足见天灾节是另一件事，不能相混。深恐以讹传讹，致失事实，故在此略作辩证。