旅检大厅设置有 合作自助通道、 传统人工通道、 合作人工通道三种通关通道，通关时间大幅缩短。例如走自助通道，旅客只需过闸机的三道门（刷证件、按指纹、取凭条）即可实现通关，每名旅客的平均通关查验时间 仅需30秒左右，可谓又便捷又快速。
横琴口岸“一站式”换乘
横琴口岸通过多层面、立体化的交通体系建设，无缝接驳公交站、出租车、长途巴士、旅游大巴、城际轨道、自驾等多种交通形式， 实现“一站式”换乘。
位于联检通关大楼负一层的 横琴口岸汽车客运站，有班车通达广东省内各大中城市，而且客运站与珠海机场直接接驳， 从其他城市过来也非常方便！
负二层可搭乘 珠机城轨，旅客可通过“中国铁路12306”APP购票，票价在7元至11元之间，从珠海站（拱北口岸）到横琴站（横琴口岸） 仅需22分钟！未来澳门轻轨延长线也将在横琴口岸与珠机城轨形成有机衔接~
横琴口岸还设置了 地下停车场，方便自驾的旅客。此外，珠海市也有 多条公交线路经停横琴口岸、横琴口岸东和广珠城轨横琴站。
不同的交通方式，口岸内均有清晰的指引。同时口岸内及周边也有大量商业设施，购物就餐十分方便。
交通便捷
直达澳门不同景点
从横琴通关后是澳门的路氹区，澳门口岸区就有 公共巴士站、 的士站以及 大型度假村的免费穿梭巴士，可以到达不同澳门景点，真的不要太方便了！
其中，“横琴澳方口岸站”的三条巴士路线分别为：现有巴士的延伸服务线，以及新增的二十四小时运行的接驳巴士线701X（往返横琴澳方口岸站至莲花大桥站及莲花路停车场站）。具体交通安排可参考以下长图（图源：澳门交通事务局）：
横琴澳方口岸巴士转乘贴士
从横琴澳方口岸前往澳门市区：
路线A： “横琴澳方口岸”站乘搭25B，往关闸方向；路线B： “横琴澳方口岸”站乘搭50，往石排湾方向；路线C： “横琴澳方口岸”站乘搭701X到达“莲花大桥”站，同站转乘15、21A、25、26、26A、50、MT4及N3往市区。另外也附上交通事务局的文章