皇岗口岸和福田口岸虽然都位于福田区，但其实是两个完全不同的口岸，二者地址不在一起，而且皇岗口岸是全天24小时开放的，而福田口岸则是早上6:30到晚上22:30开放，而且二者的功能范围也不一样。
皇岗口岸和福田口岸的区别开放时间不同：皇岗口岸全天开放;福田口岸6:30-22:30开放
口岸地址不同：皇岗口岸位于福田区南端，与香港新界落马洲隔河相望;福田口岸位于福田区裕亨路(福田保税区东侧)
主要功能不同：皇岗口岸是客货综合性口岸，可以承担客运与货运;而福田口岸的主要功能是旅客出入境。
皇岗口岸简介皇岗口岸是目前我国规模最大的客货综合性公路口岸。位于深圳市福田区南端，与香港新界落马洲隔河相望，口岸南面的皇岗—落马洲大桥横跨深圳河连接深港两地。
皇岗口岸是配合广深高速公路建设新开设的口岸。1985年5月开始建设，1989年12月29日货运部分启用通车，1991年8月8日客运部分开通使用。1994年11月3日起，开辟两条货检通道试行24小时通关。1997年3月20日开通了皇岗—落马洲(港方口岸)穿梭巴士服务。1999年10月，实行车辆自然分流通关，即除部分货物、车辆按照有关规定维持现行做法从指定口岸进出境外，其他行走文锦渡、沙头角口岸的货车在原行走口岸晚上关闸以后，可行走皇岗口岸24小时通关的货车通道。2003年1月27日零时起，皇岗口岸实行旅检通道24小时通关。2003年10月8日始，允许持有文锦渡、沙头角口岸两地牌的私家车、公务车和商务车在零时至6：30时从皇岗口岸出入境。2019年6月正式启动皇岗口岸重建项目，目前已经拆除老旅检区，建成临时旅检楼。临时旅检口岸楼占地面积51483平方米，总建筑面积约 1.4万平方米，首层为出入境旅客查验大厅，首层夹层及二层为服务用房;场地面积约6万平方米。查验通道共58条，分为旅客查验通道40条，客车查验通道16条。
福田口岸简介福田口岸是旅客出入境的陆路口岸，位于福田区裕亨路(福田保税区东侧)。总用地面积62962平方米，总建筑面积82035.85平方米，设入出境大厅各一层，出入境通道共146条。出境大厅内设有边检通道78条(自助式通道20条、人工验放通道58条)，入境大厅内设有边检通道68条(自助式通道20条、人工验放通道48条)，设计日过境旅客通过能力为25万人次。
人行通道桥工程连接福田口岸联检大楼和香港九广铁路落马洲管制站，是连接深圳地铁4号线和香港轻铁东部支线的口岸枢纽工程。桥长240米，深方116米，港方124米，桥宽16.5米，上下两层，单向行走，桥内有自动步行梯(深圳一方每层有一部长80.5米的自动步行梯)，分别供深港出入境旅客使用(上层为出境，下层为入境)。口岸查验机构有海关、边检、检验检疫局，服务机构有省公安厅驻深签证处，经营单位有银行、免税店服务等。口岸每日6:30时开闸,22:30时关闸，口岸运行16小时。出入境旅客主要乘坐深圳地铁4号线和香港轻铁东部支线。