千年一次的彗星之夜里，愿望将会实现…
立志成为出色的宝可梦训练家的小智、小遥和小胜，带著皮卡丘展开了新的旅程。
为了观看千年彗星出现的刹那，来到法恩斯游乐场，并认识魔术师巴特勒与黛安。
在魔术表演中，小胜听到一阵细微的呼唤声…。
那是在“沉眠之茧”中沉睡了千年，可帮助人类达成愿望的神奇宝贝─基拉祈。
在千年彗星出现的夜晚，如果遇到拥有纯真心灵的伙伴便会苏醒。
为了让基拉祈醒来，巴特勒请小胜当基拉祈的伙伴，果然，基拉祈从万花镜般的光芒中苏醒过来。
虽然基拉祈只能停留短暂的7日就会再消失，但是头一次拥有属于自己的神奇宝贝的小胜，对基拉祈却非常宠爱。
充满野心的魔术师巴特勒，因为知道基拉祈具有神奇的力量，便把基拉祈给抢走，并且想利用他来完成愿望。
不怀好意的巴特勒，他的愿望是什么呢？
小智与小胜要如何克服困难，成功救出同伴呢？
小胜与基拉祈又会面临怎样的生离死别呢？