2002年10月，温福铁路工程项目获原中华人民共和国国家计划委员会批准立项，项目规划途经宁德市。2004年11月，原中华人民共和国铁道部、福建省、浙江省正式批复温福铁路初步设计，途经宁德市霞浦县；同年12月24日，温福铁路福建段动工建设，途经霞浦县设霞浦站。2009年6月30日，温福铁路全线开通货运列车，霞浦站投入货运运营；同年9月28日，随着温福铁路正式开通动车组客运业务，霞浦站正式投入客运运营。2019年2月，霞浦站站房改扩建工程可行性研究报告获批；同年12月30日起，霞浦站开始推行电子客票，旅客无需取票，刷证即可乘车。