2018年05月26日，绵阳公交新辟99路，起讫站为万鸿生态颐养园 东辰宜家美。
2020年11月11日，因绵兴东路半幅封闭施工，为缓解交通压力，绵阳公交临时调整80路、99路：开往荷花西街口宜家美家居装饰城方向：原线路行驶至临园路西段绵阳市妇幼保健院后，经花园路、花园南街至终点站荷花西街口，临时取消火车客站（临园路西段）。返程不变。
2022年11月11日，为合理高效利用公共交通资源，降低线路重复系数，扩大公交覆盖范围，解决多年以来新桥镇瓦子、雅化、铜华村等区域群众出行难问题，结合游仙区乡村旅游环线正式通车，经报请行业主管部门批准，绵阳公交99路对部分运行路线及站点作优化调整：99路：富乐汽车站 万鸿生态颐养院上行：富乐汽车站、富乐汽车站（仙海大道）、公汽司修理厂、芙蓉金城招呼站、良居生态园、游仙路中段、吴家村三组、立宇国际家居广场、吴家村招呼站、石板垭、新桥路口、梨儿园招呼站、桩子村一组、新桥中学、铜华村四组、胜利桥、铜华村一组、铜华村、女儿堰、锦屏山、新民村二组、瓦子、黄金桥、扁挑坡、扁挑坡招呼站、大屋基、新民村六组、万鸿生态颐养园。下行：万鸿生态颐养园、新民村六组、大屋基、扁挑坡招呼站、扁挑坡、黄金桥、瓦子、新民村二组、锦屏山、女儿堰、铜华村、铜华村一组、胜利桥、铜华村四组、新桥中学、桩子村一组、梨儿园招呼站、新桥路口、石板垭、吴家村招呼站、立宇国际家居广场、吴家村三组、游仙路中段、良居生态园、面粉厂、龙家嘴、六里村、富乐汽车站。
2023年05月16日，绵阳公交优化调整99路为火车客站广场 万鸿生态颐养园，由火车客站始发，经临园路、顺河街、东街、富乐大桥、游仙保险公司、芙蓉汉城、游仙东路、绵梓路、胜黎路、新桥中学、中环线、新桥镇新民村（瓦子）、瓦凤路至万鸿生态颐养园。
2023年09月01日，为方便乘客出行，绵阳公交调整99路，增设新民村二组、新桥中学站点。往返一致。
2024年05月11日，为方便乘客出行，绵阳公交调整99路首末班时间：火车客站广场提前至06:30发车，末班时间不变。公汽司修理厂首末班时间不变。万宏生态颐养园首末班时间调整为07:20-19:40。