“进水口→(水泵)→物理过滤→化学过滤→生物过滤→(水泵)→出水口”
需要注意的是，化学过滤中的大部分滤材，如软水树脂、草泥丸等，在使用的时候，要配合相应的检测仪器，才能较好地控制水质，才不至于调节过度，并不适合24小时长期使用。因此，对于一般玩家来说，可以省略这一级。
举例说明，外滤桶的滤材设置(按水流方向)：
1、粗滤棉(两层)，主要作用是进行物理预过滤，如果包在外滤桶的进水口外，则更便于清洗更换。
2、生化棉，主要作用是培养分解有机物的消化细菌及硝化细菌，在前级物理过滤不良的情况下，具有一定的吸附有机物的物理过滤作用，能提高水质澄清度，所以也需要定期清洗。
3、玻璃环，一般情况下，玻璃环体积要占全缸水体积的3～5%，主要作用是培养硝化细菌，以保证水质无毒性。
4、粗滤棉(一层)，主要作用是物理过滤，打散、吸附细菌的代谢废物。
其它种类的过滤设备可参照上述外滤桶进行设置，其它滤材可按实际情况摆放。
过滤系统的滤材所需体积如下：
玻璃环——至少占全缸水体积的1%，推荐3～5%；
陶瓷环——至少占全缸水体积的3%，推荐5～10%；
生物球——至少占全缸水体积的5%，推荐10%以上。一般仅适用于潮汐式及干式(滴流)过滤。如果完全浸泡在水中时，因溶氧量未能得到有效提高，生物处理能力会大幅下降。
生物过滤滤材的最终用量，要具体分析，一个常洗常换滤棉的物理过滤，能大大降低生物过滤滤材的用量。
注意事项：
过滤系统一定要24小时连续开着。硝化细菌为好氧细菌，在缺氧的状态下，会迅速死亡。对于非滴流式过滤系统，过滤关闭几个小时，就会造成硝化细菌大量死亡，甚至造成生物过滤系统的崩溃。另外，反硝化细菌在无氧的情况下，还会释放出硫化氢。
过滤器
在水族市场上我们可以见到许许多多不同形状的过滤器，但是将它们归集起来也不外乎上部过滤器、内置式过滤器、底部过滤器、外挂式过滤器和生化棉过滤器。虽然它们都有过滤水的功能，但是对于不同的水族箱和水族箱的用途有不同的选择，比如，小型的水族箱的空间都比较小，如果再配上内置式过滤器，水族箱的可利用空间会变得更小；如果水族箱中饲养的是非常小的红绿灯之类的超小型的鱼类，用大功率的过滤器会将小鱼吸进过滤器内，因此可以使用生物棉过滤器；再有种植水草，一般水流不能太急，可以使用底部过源器或内置式过滤器。过滤器的工作原理都通过一个水泵，在水泵上一头连接进水管，一头连接出水管。水泵分潜水式和离水式两种，潜水水泵最大的优点是声音轻，而且在工作时自身会发出热量，可以提高水温1～2℃，但夏天水温就会太高，最好改换外置式的水泵。在水泵选购时，要注意水泵的密封性是否良好，声音要轻。还有潜水泵的功率要和水族箱的容水量成正比，水族箱大，水泵的功率就要大。—股水泵的功率以每小时水族箱中的水循环2次才算达到要求。
1、上部循环过滤（上滤）
上部循环过滤是放在水族箱上面，整个过滤槽露在水族箱的外面，通过潜水泵将水抽出进入过滤槽，再由过滤槽底部的出水管流回到水族箱内，在过滤槽内可以放置过滤棉、活性炭、生化石等。上部过滤器的最大优点是清洗方便，在过滤材料污染时，可以很方便地取出进行清洗。最大的缺点是体积比较大，占的空间也相对要大。再有在鱼繁殖期间，由于水流比较急，再加上吸水管的吸水功率大，容易将小鱼吸进过滤器内，因此，在鱼的繁殖季节最好不要使用。另外，上部过滤器不适应于种植水草的水族箱，上部过滤器的水流会减少水族箱中二氧化碳的滞留时间，同时过滤器的水流还会将空气中的氧气大量带入水中，水中容氧量增加，会使喜好氧气的藻类大量生长，影响水族箱的观赏效果。
上滤3D图：
上滤实物：
多层上滤，可以说是滴流过滤，效果不错，但鱼缸需承受一定重量，所以做多层上滤时一定要考虑鱼缸的承受能力
2、内置式过滤(沉水式过滤器)
内置式过滤由潜水泵与过滤槽直接连接在一起，沉在水中，在过滤槽内有一块卷筒状的过滤棉缠绕在一个漏网的圆柱上，在圆柱的内部有许多生物球，便于硝化菌的附着。内置式过滤器的最大优点是声音轻，水流方向可以根据需要进行调节，适应以水草为主的水族箱用。内置式过滤器的出水口有下个连接二氧化碳的入气口，二氧化碳可以经过此口进入水中，二氧化碳经过水流的冲击，可以很均匀地分散到水族箱的每个角落，被水草吸收。但是，机械过滤杂质的效果不如上部过滤器，因为，过滤后的污物，附着在过滤棉上浸在水中，容易造成二次污染，最好配上硝化菌一起使用。内置式过滤器清洗也很方便，只要将内部的过滤棉取出清洗即可，由于内置式过滤器的表面与水的接触面比较大，它的单位面积的吸水功率小，最适宜饲养小型鱼类和鱼类繁殖期间使用
3、生化棉过滤/气举动式生化过滤器
生化棉过滤/气举动式生化过滤器属于内置式过滤(沉水式过滤器)，关于沉水式过滤器可以参见上面。
生化棉过滤/气举动式生化过滤器是过滤器中最简单的过滤器，它是通过增氧泵吹气到下个生化棉中来造成水流由生化棉的外部向生化棉的内部流动，同时通过气泵的不断吹气，为硝化细菌提供大量的氧分，在流动中将脏物留在生化棉上，再由水中或生化棉上的硝化菌来分解，形成一个生物过滤的环境。生化棉主要用于饲养超小型的鱼类，如红绿灯、金丝等，因为，超小型鱼类的体型一般较轻，容易被过滤器吸入过滤槽内，生化棉过滤器可以避免这个问题，但是，生化棉过滤器不适应在水草水族箱或饲养大型鱼中使用。
气举动式生化过滤器又可以分为水妖精和气举过滤器。气举过滤器是水妖精的改良型。
水妖精多为成品，而气举过滤器市面上很少见到成品，大多是鱼友根据水族箱的条件自己DIY制作。
小水妖精：
大水妖精：
气举过滤器与水妖精的共性与区别
相同之处：
1、都是利用气泵产生的气体在直立的管道内上升带动水流由下向上流动，而流动的水通过培育有有益菌的滤材，从而达到建立和维持水族箱内的生态平衡目的。
2、都兼有充氧功能。
3、两者主要功能是生化过滤作用。
4、都十分节能。带动一个气举的气泵，根据气举容量大小和水位高低，功率只需要2-5W即可，功效与耗电之比是任何过滤器都无法相比的。
5、噪声都较大。主要来源于气泵，可精心挑选噪声小的气泵，或将气泵移到晾台或室外。
不同之处：
1、滤材种类不同：水妖精一般是生化海绵，气举以玻璃环为主，也可放生化棉。玻璃环是硝化菌的最佳菌床，生化棉对培养矿化菌效果更佳。
2、滤材数量不同：气举可以容纳