中南海俯视图
到了清代，统治者又对三海大加拓建，现在建筑就多属清代遗物，中南海被列为了皇家专用的禁苑。康熙皇帝时，一些政务开始在离宫别苑处理，中南海也逐渐成为了清王朝的政治中心，并且每年都要在这里举行许多盛大的活动。如阴历七月十五的盂兰盆会，每到这一天的夜晚，宫女们会兴高采烈地把成千上万盏荷花彩灯放在水面上，看上去流光逐波，颇为壮观；中秋节前三天的时候，召集上三族大臣侍卫在紫光阁前校射，而且皇帝也要搭弓射箭，以示王威；每科殿试武进士，皇帝也要亲临紫光阁检视骑射；冬天的时候，湖水封冻，则命八旗禁旅在池中习冰戏、练技艺，有时候乾隆来了兴致也会亲乘冰床游湖。
民国初年，中南海依然是国家的政治中心，袁世凯、黎元洪、曹锟的总统府，张作霖的大元帅府，北洋军阀政府的国务院、摄政内阁都曾设置在这里。北伐战争之后一段时间，中南海一度被辟为公园，供人游览。国民党时期，何应钦的“北平军分会”、李宗仁的“北平行辕”也曾设在中南海里。
新中国成立后，中南海一直是中共中央和国务院所在地，许多重要的历史性会议都曾在这里召开。毛泽东、周恩来、刘少奇、朱德等老一辈革命家也曾在此居住和办公，从此中南海作为全国的最高权力中心而闻名于海内外，也成为世人目光关注的焦点。