元代至正元年（公元1341年），惟则禅师来到苏州。惟则是狮子林开山祖师，俗姓谭，庐陵（今江西）永新人，号称天如禅师，是元末著名禅师。他20岁入天目山，参中峰和尚。18年后，遁迹松江九峰。第二年弟子们“相率出资，买地结屋，以居其师”。惟则因师傅明本得道于浙江天目山狮子岩，为纪念佛徒衣钵关系，取佛经中佛陀说法称“狮子吼”（狮与师通用），故名“狮子林”，又称菩提正宗寺。它离拙政园仅两百米左右。由于前寺后园，亦称“狮子寺”。园内万竹丛生，又多怪石，最高的假山上，有奇峰形如舞狮，称为“狮子峰”。狮子林原具元代风格，以假山叠石见称，有“假山王国”的誉称。叠石模拟自然界的石林，不同于一般园林中的假山。石峰玲珑峻秀，假山有上、中、下三层，并有水旱之分。建筑有禅窝（方丈室）、卧云室（禅房）、立雪堂（法堂），又在宋代遗留的梅树与柏树旁分别建了向梅阁（客舍）与指柏轩（僧堂），还有玉鉴池与小飞虹，共十二景。康熙、乾隆南巡都曾驾临该园。乾隆五游，题诗十首与匾三块，其中“真趣”匾至今悬挂园中石亭，《游狮子林》诗碑现存御碑亭。
清末该园年久失修，荒草断垣。1917年富商贝润生以9900银元买下荒园，又购得园东房宅，增其旧址，周筑高墙，改大门在园东。园周环以长廊，廊墙上置听雨楼藏帖、乾隆御碑、文天祥诗碑等碑刻71块，增建燕誉堂、九狮峰、瀑布等景点。贝氏还在园东建祠堂与义庄，园北建族校。贝润生花了9年时间重修狮子林。峰石依旧，亭榭厅堂则掺糅了西洋手法新建。共有九条路线、21个洞口，占地1.73亩，高低俯仰，上下内外，峰回路转。
贝润生自幼丧父，由母亲教养成人，发迹后，为纪念父亲梅村公，捐建苏州平门外的梅村桥；而在狮子林园北所建族校，则为秉承母亲的遗训。为建族校，他捐助10万银元、1400多亩地，族校建造在“承训义庄” 内，另还有祠堂。贝氏是个大家族，贝润生的长兄贝理泰是著名的金融家。早在1915年贝理泰在苏州筹备成立了上海商业银行苏州分行，担任经理，并被选为总行董事。他一生兼职甚多，曾任苏州商会会长，以及救火会、市民公社、红十字会、市公所等社会团体的领导职务，为苏州做了许多公益之事，深为后人称赞。三子贝祖诒赴上海发展事业，曾任中国银行董事、总行业务部经理，1932年晋升中国银行副行长。抗战胜利后曾任中央银行总裁。国民党政府垮台后，贝祖诒举家离境，赴美国任纽约斯泰公司顾问及香港上海商业银行办事董事。其子贝聿铭为贝氏第15世孙，1940年毕业于美国麻省理工学院建筑系，后又进入哈佛大学继续深造，并留校在该院建筑设计研究院任教。1955年贝聿铭与人合伙成立建筑事务所，设计了华盛顿国家艺术馆东厅、纽约会议中心、巴黎玻璃金字塔、柏林博物馆、中国银行香港分行等世界著名建筑。1986年美国总统里根在纽约市自由女神像100年纪念庆典上颁发给贝聿铭“自由奖章”。中华人民共和国成立后，贝氏家族把祖先留下的狮子林捐献给人民政府。贝聿铭1974年回到苏州老家寻根，到祖父母、曾祖父母坟地祭扫，并在苏州郊区东山重建祖坟。他把所获普利兹克尔建筑奖金10万美元捐献出来成立奖学金基金会。他曾这样说过：“我在中国度过吸收能力最强的少年时代，因此有一种‘中国气质’ 深深地留在我的身上，无论如何也难改变。” 他对家乡历史悠久的古迹和园林艺术倍加赞叹。他认为苏州古典园林艺术妙在“曲”字，欲露先藏；占地虽少，却变幻无穷；迂回曲折的景色随着观赏路线的移动而变化，十分耐人寻味。2002年，85岁高龄的贝聿铭接受了设计苏州市新博物馆的任务。该馆地处狮子林、拙政园的三角地区，被称为“最难的挑战之一”。如今,贝聿铭最喜欢的这个最小的“女儿”——苏州博物馆新馆已经落成。