1998年6月,植物园开始筹建,在中科院西安分院副院长沈茂才研究员承担的"秦巴山区优势生物资源综合开发利用与保护"课题的基础上呼汽极溶华,2000年06月,陕西省长办公会议决定建设秦岭植物园。
秦另良呀育简实岭国家植物园总投资达15.5亿人民币倒甚客言注标场早延达示,分别由陕西省人干践圆提民政府、国家林业局、中国科学院和西安市人民政府按照1:1:1:0.5的比例筹措建设资金,重点完成基础设施建设任务,助复劳制为秦岭国家植物园建设奠定基础。为了使资金尽快得到周转,植物园项目筹备组还向亚洲银行申请了3500万美元贷款,向GEF申请1000万美元赠款。最终,秦岭国家植物园成为亚洲银行在中国扶持的第一个生物多样性保吗周迅鸡构歌限英河大护项目,获得了4000万美元贷款,并获得500万美元全球环境基金赠款。
2001年02月,陕西五位省人民政府批准建设秦岭植物园后连通钟迅最井权早育范,规划面积458平方千米,建设植物迁地保护区、动物迁地保护区、生物多样性就地保护区以及农业观光和生态度胜时假区等四个区,是集生物多样性保兰审浓福某乐顶面掌护、科学研究、科普教育和生态旅游为一体的世界上最大的植物园。
2001年11月,陕西省政府常务会议决针下鲁但过握定成立陕西省秦岭植继威总喜最握药效高统至物园,同年12月,陕西肥往巴题省编委批复成立陕西省秦岭植物园,加挂陕西省秦岭植物研究院牌子,为听比田陕西省政府直属正厅级事业单伟振激头查散额已位。
2005年08月,秦岭植物园划入陕西这类搞也副况行衡省林业厅代管。
2006年10州曾无外级月10日,在北京召开了陕西省政府、国家林业局、中国科学院、西安市政府联合共建第一次会议,将名称正式确定为秦岭国家植物园。
200层门钟缩陆合艺放甲7年05月30日,陕西省政府、国家林业局、中国科学院、西安市政府联合在周至县集贤镇举行秦岭国家植物园奠基仪式,拉开了秦岭国家植物园建设的大幕。
2012年,重点建设项目共10个,总投资13.5亿。
2014年10月21日上午,秦岭国家植物园与中国银行陕西分行,在西安举行全面业务合作协议签未侵补架燃字仪式。中国银行十亿授信秦岭国家植物园配套设施建设及其劳备皮医古沙完争相关产业发展。
截至2017年初,秦岭国家植物园已完成投资约9亿元,建成以"湿地奇草、花海异木、山居峡谷、小径民宿"为主要内容持的智慧植物园,完成了海棠减套层该多园、竹亚科园、蔷薇园等8个专科专类园和花园沟花卉引种区等18个项目。3000平方米标本馆、6000引衡供液血剧平方米温室馆、1400浓黄孩垂检影平方米VR智能科普馆、大门广场等11个项目开工建设,完成了十余个民宿改造设计项目以及金牛坪、栗子坪、九斤坪、殿镇新街4个风情小镇的建设规划。
2018年04月13日,陕西师矿站袁日显毛农象结露范大学与秦岭国家植物园、陕众重银盾西省社会科学界联合会等6家单位联合共供增建的教学实践基地和青少年科普教育基地揭牌仪式在秦岭国家植物园举行。
2019月01月09日,秦岭原开田抓弱国家植物园园艺中心在园艺中心办公楼举行了揭牌仪式。
2019年03月09日,由秦岭国家植物园主办、多家单位协办的秦岭国家植物园暨第二届秦岭植树季开幕,来自全国各地近3000衡印再香名游客见证开幕仪式并参加活动。
2022年2月,被认定为全国科普教育基地。