在浩瀚无边的宇宙中，到处都是黑暗，只有数不尽的行星、恒星在发出耀眼的光芒，其中有个银河系，无数的陨石像流星一样闪过，有的互相碰撞，擦出火花。从来没有人可以看到宇宙的边缘。有没有尽头，这个迷题可能永远不会被人所知。
银河系外，距离地球300万光年就有着一个名为m78的星云。m78星云发出的光，也是宇宙的光点之一。m78星云中的奥特之星便存在着少为人知的奥特战士。
奥特战士是维护宇宙和平秩序的种族，奥特曼是一直守护人类的希望，不管遇到多强大的敌人都不曾后退过，一直制裁邪恶。但即使是奥特曼同样有宿敌，喜欢侵略的怪兽和外星人便一直是奥特战士的对手。
光之国到处都是像绿色玻璃一样的世界，同时到处都是光，维持着光之国存在的正是等离子火花塔。这是由几百万年前，皮特用等离子火花能量制造出来的，才有着如今的光之国。
光之国流传着一个关于奥特之神，“诺亚奥特曼”的传说。却几乎没人知道，这个传说中的光之战士有个黑暗面的分裂体，扎基。
关于诺亚的这个传说，事实也是存在的。
在银河系的某处，M80天蝎座球状星云超新星。
周围漂浮着无数的光点，残暴的异生兽在开始侵略这个美丽的星球，大量的异生兽肆无忌惮的到处破坏，而超新星上面的居民目前为止的科技虽然发达，但是并不足以与强大的异生兽抗衡。
在星球面临毁灭的最危机之时，一道光，一道神圣的光降临了。
光芒中绽放出一个巨大身影，背后的银翼闪闪发光，光之巨人屹立在这里。圣洁的光辉在他的周身徘徊。
自太古时代就开始守护着宇宙的传说中的战士，被称为“诺亚”奥特曼，他的双手摆成十字型，能够扭曲时空的强大光线。
『诺亚～闪电』
发出金辉色光芒的光线打中一个又一个的异生兽，余光之下，被击中的异生兽都纷纷身体发生爆裂，爆炸成一片片的碎块。
“来访者”们感谢诺亚的帮助，将诺亚奉为“神”一般。
这次被诺亚奥特曼所救，那下一次呢，超新星的居民开始模仿解救他们的光之巨人的样子制作出对付异生兽的终极兵器。
却意外获得了“黑暗破坏神”扎基身上分裂出来的黑暗之光，他们将那道光开始改造。
最后，成功做出的终极兵器与诺亚的样子极其相似。
有了“扎基”兵器之后，在面临异生兽的每一次进攻，都用着扎基强大的实力获得一次次的胜利。
但是，好事总不会太久，由于扎基的邪恶思想慢慢的觉醒，终有一天造成了失控，自行进化，而且还改造和复活了本该被消灭的异生兽。此刻的扎基被称为“黑暗扎基”
面临这次的危机，似乎已经是避无可避。超新星的“来访者”们为了抵御扎基的威胁，竟然是自己犯的错，那么有自己来解决。
他们决定毁灭亲自自己的母星来消灭扎基！这就是M80天蝎座球状星云超新星爆炸的真相。
而黑暗扎基为此并没有受伤，他靠着爆炸的力量穿越的来到了光之国，到了光之国之后为了寻找诺亚而大开杀戒，在此战中无人可以与黑暗扎基匹敌，就连当时在光之国最强的奥特之王皮特，与之对战，最终对败。
黑暗扎基实力之强，几乎是横扫光之国，终于在此时，诺亚奥特曼出现了。
与黑暗扎基并没有多余的对话，他们的心中想说的，对方都已知晓。
身为诺亚奥特曼的分裂体，又还是可以称得上“黑暗之神”的扎基与宇宙第一道光的“光之神”诺亚奥特曼对战。
扎基的力量与诺亚平等，而诺亚拥有着诺亚之翼，力量在与扎基之上。最后因无法消灭身为自己的分裂体“扎基”，最后扎基战败而消失逃跑。
最后诺亚拯救了光之国后消失，自此诺亚被光之国的人民说成是光之国的守护者。