梵净山是云贵高原向湘西丘陵过渡斜坡上的第一高峰（山脚到山顶落差达2000米），是乌江与沅江的分水岭，也是横亘于贵州、重庆、湖南、湖北四省（区）的武陵山脉的最高主峰。
梵净山是西南一座具有2000多年历史的文化名山，早在春秋战国时期，梵净山就属楚国“黔中地”，秦朝属“黔中郡”，汉代属“武陵郡”，以后一直是“武陵蛮”崇拜的神山、圣山。
明隆庆年间至明万历中叶（1567年—1588年），明政府镇压梵净山以东的“腊尔山苗族大起义”后，在该地区开始修建“南方长城”，并对被破坏的梵净山佛教进行第一次重建：除重修西岩古寺、天马古寺外，另据（道光）《印江县志》载，又新建孝慈寺、天庆寺、天池寺；此外还修复了梵净山老金顶的金顶古茶殿，以及新金顶的释迦殿、弥勒殿等，同时拓宽天池寺-薄刀岭-剪刀峡-金顶古茶殿-新金顶释迦殿、弥勒殿的西朝山大道。明万历元年（1573年），金顶《院道碑》详细记载印江知县雷学皋重建情况。
明万历二十七年（1599年），贵州播州土司杨应龙叛乱，祸及梵净。万历四十六年（1618年），梵净高僧妙玄和尚奏请明神宗重建梵净。此次重建五寺六殿：承恩寺、天池寺、三清殿、释迦殿、通明殿等，《敕赐碑》立于通明殿旁，成为梵净山“镇山之碑”。此次重建，使梵净山形成了“一大正殿、四大皇庵、六大脚庵，环山四大古寺”的格局。各寺厘定寺产，招纳僧户，修藏经塔。梵净山因惠沾皇恩，遂名震宇内，香火盛极一时。
明万历（1563年—1620年）、清康熙年间（1654年—1722年），两次敕封梵净山，要求官府保护梵净山“一大正殿、四大皇庵、48大脚庵”，清末又设“都司衙门”加以保护。
清康熙年间（1654年—1722年），梵净山重新敕封并重建，皇庵天池寺被敕名为“护国寺”，成为梵净山最大寺庙。梵净山佛教重新鼎盛，与西南佛教名山峨眉山、鸡足山成三足鼎立之势。
康乾之世，梵净山除扩建明代“一大正殿、四大皇庵”，另将“六大脚庵”增建至“四十八大脚庵”。
嘉庆元年（1795年），松桃苗民首领石柳邓与湘西吴八月进行“乾嘉起义”，石柳邓死后，义军余部在梵净山地区坚持达12年之久。道光年间，梵净山第四次重建：改接引殿为天恩寺（1822年），改通明殿为报恩寺（1832年）。又扩建孝慈寺（1832年），重塑金顶弥勒、观音铜佛像等。
咸丰五年（1855年），贵州爆发“咸同大起义”，铜仁“红号军”首领赵子隆在梵净山三角庄建立根据地。光绪元年（1875年），太平天国军余部刘胜扮清军，持枪入山，赶杀僧尼，四处劫掠。光绪五年（1880年），梵净山环山五属团练合编为“松桃协左营练军”，新任贵州巡抚岑毓英亲往率军督剿刘胜，次年（1881年）肃清刘胜。镇压“红号军”及刘胜后，梵净山遭到严重破坏，满目疮痍。为加强防范，巡抚岑毓英奏请于皇庵护国寺建“都司衙门”，称“护国营署”，对梵净山实行长达30年的军管。“两县一都司”的设立与调整，有效防止祸乱再起，保证了梵净山正常的朝拜活动。
光绪六年（1881年）起，在严密军管下，岑毓英令隆参和尚主持重建梵净。皇庵承恩寺重修一新，寺内供奉云贵总督岑毓英“长生福禄牌位”一方。
光绪二十二年（1896年）前后，梵净山第五次重建结束。