金佛山喀斯特高海拔洞穴系统错综复杂，目前已测量长度约25千米，尚未完全探明。通过岩溶所专家多年调查研究，洞穴系统主要分布于海拔1700~2000米之间，以北坡的古佛洞、西坡的金佛洞和南坡的观音洞为代表，其中金佛洞最为复杂和典型，已测量长度12千米，由宽大主洞、迷宫状支洞网络和天井构成通道系统，并分布了由多期次地下河流水沉积、崩塌堆积和通过地表落水洞突入的洪积物构成的洞穴堆积序列。
研究人员表示，金佛山喀斯特洞穴形成年代十分古老。由新西兰核子研究所和美国普度大学加速器质谱中心联合测试结果显示, 洞内卵砾石层形成时间介于距今480万年~730万年，即形成于中新世或上新世，这个年龄数据已经达到该测年技术的测试上限。
研究人员表示，洞穴的形成年代要早于这些卵砾石。这个结果表明，金佛山高海拔洞穴系统是我国乃至亚洲具有实际测年结果的最古老洞穴，对研究长江三峡地区地貌演化乃至中国南方喀斯特的发育史和新构造运动具有极其重要的价值，值得进一步开展深入研究。
前不久，国际岩溶研究中心岩溶与洞穴监测试验站在金佛山正式成立。岩溶所副所长蒋忠诚介绍，监测站将对金佛山高山洞穴系统进行全方位的监测，包括水、空气、岩土等，来进行空气变化、洞穴演变的研究和分析，并将其与国际其他岩溶洞穴进行对比研究，为金佛山喀斯特展示、培训、监测、开发利用和保护提供技术支持。