一、警令部
负责市局文秘工作、公文管理、政务信息、政府信息公开工作，负责市局对外联络、重要会议活动组织协调；负责市局档案管理和史志编纂工作；起草、审核重要公文，指导全市公安机关理论调研，负责重庆警察协会工作；承担市局信访工作领导小组日常办事机构职责；受理公民或社会组织的信访事项，承办上级机关交办、领导同志批示的重要信访案件；指导全市公安机关信访工作，协调跨地区、跨部门信访案件的查处工作；组织指导全市公安机关绩效考评工作，负责公安统计工作，对上级机关重要决策部署及上级领导批示指示的重要工作进行督办；上级交办的其他工作。
二、政治部
负责指导全市公安队伍建设，按权限进行干部管理；负责全局机构编制、人事调配、工资福利、优待抚恤、警衔管理、教育培训、表彰奖励等工作；组织、指导全市公安宣传、公安文化建设；负责离退休人员、警务辅助人员日常管理工作。
三、警务保障部
负责公安经费资产管理、装备管理、机关事务管理、基本建设和应急保障等警务保障工作。
四、警务督察总队
负责对重庆市公安局所属单位和下级公安机关及其人民警察依法履行职责、行使职权和遵守纪律的情况进行监督；统筹协调、督促指导全市公安机关维护民警执法权威工作。
五、审计处
依照审计有关法律法规和内部审计规章制度，组织开展对全市公安机关贯彻落实重大经济政策措施、财政财务收支、领导干部经济责任、投资项目、执法活动财物、内部控制及风险管理等经济活动的审计工作，依法依规实施独立、客观的审计监督、评价和建议，促进公安机关完善治理、实现目标。同时，对全市公安机关内部审计工作进行业务指导和监督。
六、科技信息化总队
牵头拟定科技强警工作规划；组织研究、开发公安专用装备，制定全局公安科技信息化建设标准、制度；承担公安科技立项、科研开发、成果管理和技术推广等工作；完成上级交办的其他事项。
七、经济犯罪侦查总队
负责打击《刑法》规定的77种经济犯罪案件，主要包括妨害对公司、企业的管理秩序罪，破坏金融管理秩序罪，金融诈骗罪，危害税收征管罪，扰乱市场秩序罪等；负责对全市经侦工作的组织、指挥、指导和协调；负责办理上级交办以及其他情节严重的重大、复杂经济案件；负责经侦队伍业务培训。
八、治安管理总队
贯彻实施治安管理法律法规和政策规定，组织指导全市公安机关开展治安管理工作。依法组织指导社会治安防控体系建设和社会面治安巡逻防控；依法指导协调处置重大群体性事件和影响社会稳定的突出问题；依法组织指导监督查处治安案件和由治安部门负责办理的刑事案件，整治突出治安问题；依法组织指导监管枪支及危爆物品、娱乐服务场所、特种行业、保安服务业；依法指导管理集会、游行、示威和组织监督实施大型群众性活动、公共场所人员聚集活动治安保卫；依法组织指导监督开展国家机关、社会团体、企事业单位、重要基础设施、重点建设工程的内部安全保卫和客运汽车、出租车治安管理；依法组织指导开展公安派出所规范化建设、社区警务工作、群防群治队伍建设和监督管理户籍、流动人口；依法管理制发居民身份证、港澳台居民居住证；完成上级交办的其他事项。
九、刑事侦查局
掌握全市刑事犯罪动态，收集、通报、交流刑事犯罪信息，拟订预防、打击对策；组织、指导全市公安机关刑事侦查部门开展《公安部关于刑事案件管辖分工规定》所涉及刑事案件的侦查工作，直接办理省级事权和中央、市委、市政府及市局交办的重特大案件的侦查工作；规划刑事技术工作的发展，组织刑事技术的推广应用，对全市公安机关重大、疑难刑事案件提供技术支援和服务；为全市公安机关开展刑事侦查工作提供业务培训。
十、出入境管理局
承担境内持普通护照外国人居停留、签证管理工作，负责各类因私出入境证件的受理、审批和签发；承担国籍、外国人永久居留、口岸签证管理事务；负责移民事务服务相关工作；负责港澳台人员来内地居停留、相关证件签发管理工作；负责查处出入境违法犯罪活动，执行境外人员遣送出境任务；组织、指导、监督全市公安机关出入境管理机构开展出入境管理工作。
十一、网络安全保卫总队
组织、指导全市网安部门开展监督管理公共信息网络的安全保护和监察工作。组织开展全市计算机信息系统等级保护工作；承担网络与信息安全信息通报中心工作；侦办涉网违法犯罪案件；防范和查处其他危害公共信息、网络安全的违法犯罪行为等。
十二、监所管理总队
负责全市看守所、拘留所、强制隔离戒毒所等公安监所业务指导工作；制定全市公安监管工作制度、规范并负责监督检查；指导全市公安监所管理教育工作，依法保障被监管人员合法权益；指导全市公安监所安全防范工作，查处安全事故；规划和指导全市公安监所设施装备建设和信息化建设、应用工作；管理市局直属公安监所；完成上级交办的其他事项。
十三、交通管理局
负责起草道路交通安全管理方面的地方性法规草案、政府规章草案和规范性文件；指导、检查、监督全市公安交管部门履行管理交通职能；监督指导全市公安交管部门依法查处道路交通安全违法行为，预防和处理交通事故，维护道路交通秩序；组织实施和指导开展重要交通警保卫工作；组织指导全市交通安全宣传教育工作，交通科技信息化和道路交通设施管理工作；负责全市机动车和驾驶人管理及全市高速公路、城市快速道路交通安全管理等工作。
十四、法制总队
牵头市局执法规范化建设、法治政府建设等公安法制工作，具体承担地方公安立法、法律政策研究、内部执法监督、执法质量考评、刑事赔偿复议、案件指导协调、执法信息化建设等职责。
十五、禁毒总队
承担市禁毒委员会办公室日常工作；掌握全市毒情动态,收集分析全市禁毒工作情况；牵头负责全市涉毒案件侦办、禁吸戒毒、禁种铲毒、禁毒宣传、易制毒化学品管理、毒品突出问题和突出地区整治；牵头负责地方性禁毒法制建设和制定全市公安机关禁毒执法工作的规范性文件；负责毒品检验鉴定工作。
十六、特警总队
参与处置暴力恐怖犯罪事件；参与处置严重暴力性犯罪事件；参与处置暴乱骚乱事件；参与处置大规模聚众滋事等重大治安事件；参与重大活动的安全保卫任务；担负特定的巡逻执勤任务；参与重大自然灾害的抢险救援；组织、指导全市特警训练、演练；承担上级交办的其他任务。
十七、打击假冒伪劣犯罪商品侦查总队
负责收集、分析全市食品、药品、知识产权等领域违法犯罪动态，拟定预防打击对策；组织、指导全市各级公安机关打击假冒伪劣商品犯罪侦查部门开展侦查工作，以及打假领域专项行动；侦办重（特）大危害食品药品安全犯罪案件和侵犯知识产权犯罪案件；会同市场监管、农业、烟草、文旅等市级相关部门做好假冒伪劣商品联动执法工作；协调协查跨省、市以及涉外假冒伪劣商品犯罪案件。
十八、环境安全保卫总队
研究拟定全市公安机关环境安全保卫工作规范并负责监督检查；负责与相关行政执法部门建立衔接联动机制，参与专项整治工作；组织、指导、协调全市公安机关（含专业公安机关）侦办刑法所规定的破坏环境资源保护犯罪的刑事案件；侦办市委、市政府和公安部交办的影响环境安全的重大案（事）件；承担市公安局交办的其他工作。
十九、森林警察总队
负责公安机关森林和草原防灭火日常工作，协同林业、应急等部门开展森林防灭火相关工作；负责查处森林和草原领域或其他违法犯罪行为；承担市局交办的其他工作。
二十、水上分局
负责主城区长江、嘉陵江水域公安管理工作；宣传贯彻有关公安管理的法律、法规、规章；指导、协调公民、法人和其他组织开展水域治安防范；检查水域治安情况；对船舶、水域相关场所及其从业人员进行治安管理；负责管辖案件查处侦办，处置水域治安突发事件；负责辖区重大活动安全保卫、重要警卫工作；负责辖区道路交通安全管理；参与防汛、抢险、救援工作；依法履行其他职责；掌握全市水域治安管理动态，研究预防、打击、应对工作措施；指导区县公安机关依法开展水域公安管理工作。
二十一、轨道交通分局
维护全市已投入运营的轨道交通区域（含附属设施）的公共安全；预防、制止、侦查全市已投入运营的轨道交通区域内（含附属设施）的刑事案件、治安案件；维护全市轨道交通区域（含附属设施）治安秩序，参与轨道交通系统社会治安综合治理；处置全市轨道交通区域（含附属设施）重特大治安灾害事故和突发性事件；对轨道交通安全监督管理和消防安全实施监督检查。
二十二、机场分局
负责侦办辖区政治安全案件，坚持总体国家安全观，坚决维护国家政治安全；负责贯彻执行国家和重庆市有关空防安全工作的法律、法规和方针、政策，负责维护机场区域正常运输、生产、经营秩序的工作；负责依法做好机场辖区反恐应对处置工作，指导、监督辖区重点部位单位反恐防范工作；负责维护机场辖区安全稳定工作，协助属地公安机关开展相关工作；负责预防及侦破辖区危害民用航空安全犯罪及其它刑事犯罪案件；负责对飞行机组、安检部门及其他有关部门移交的非法干扰事件或事项进行查处；负责机场突发事件中现场封控、案（事）件处置调查、交通管制等应急救援工作；负责安检现场巡防工作，维护安检现场治安秩序；负责机场辖区内治安管理和道路交通管理工作（不含飞行区道路交通管理）；负责航空安全保卫信息的收集、统计和上报工作；负责对全市区域内其他民用机场公安机关进行空防、治安业务指导；完成上级交办的其它工作任务。
二十三、重庆警察学院
主要负责大专、本科学历教育，相关科学研究、专业培训、学术交流。