【土地资源】綦江区地处四川盆地东南边缘，地势南高北低，属喀斯特地貌，有中山、低山、深丘、浅丘和槽谷五大类型，以低山丘陵为主，山地约占全区总面积的67.6%，丘陵约占32.4%。全区土地总面积218566.7公顷，其中耕地面积91035.53公顷，林地面积80312.66公顷，水域及水利设施用地面积4057.8公顷，园地面积3470.09公顷，草地面积5285.97公顷，城镇村及工矿用地面积14384.5公顷，交通运输用地面积3130.61公顷，其他土地面积16889.53公顷。
【动物资源】綦江区有200多种动物资源，其中兽类20多种、鸟类40多种、蛇虫类50多种、水生动物及鱼类70多种。重点保护陆生野生脊椎动物，有黑叶猴、云豹、林麝3种国家一级保护动物，有猕猴、穿山甲、豺、青鼹（黄喉貂）、大灵猫、小灵猫、金猫、斑羚、黑耳茑、苍鹰、雀鹰、红隼、红腹锦鸡、领角鸮、雕鸮、斑头鸺鹠和鹰鸮18种国家二级保护动物，市（省）级保护动物12种。全区有昆虫271种。
【植物资源】綦江区有2000多种植物资源，其中栽培植物近1000种。粮食作物以水稻、小麦、玉米、薯类为主，其次是豆类等小杂粮；经济作物有桑、果、茶、橘子、木瓜、红梅、银花、吴英、杜仲、黄檗等110多个长经品种，有油菜、烟叶、海椒、花生、西瓜、甘蔗等450多个短经品种。綦江是全国商品粮基地区、重庆市烟叶生产和蚕桑生产基地。特色农产品有綦江木瓜、东溪辣椒、赶水草蔸萝卜、横山大米、石壕糯玉米、东溪花生、东溪米黄瓜、风岩沟大米、石角花椒、永新梨子等。
【矿产资源】綦江区地域内矿种多，分布广，资源存量丰富。境内矿产资源，已发现的矿种均为沉积型矿产，已探明地下藏有煤、煤层气、铁、铜、天然气、页岩气、硫铁矿、萤石、石英砂岩、灰炭、泥岩、黏土、大理石、方解石、石膏、石灰石、页岩、含钾绿豆岩和地热水等19种矿产。优质矿产为煤、煤层气和水泥用灰岩等。设立安稳石灰岩资源保障基地7个，储量共约13亿吨。已勘查评价矿床46处，其中大型矿床9处、中型矿床11处、小型矿床26处。查明资源储量，煤炭16.75亿吨，铁矿9037.5万吨，石灰岩19.48亿吨，煤层气242.3亿立方米，页岩气分布面积2600平方千米、储量8000亿立方米。
【水资源】綦江区地域内水资源分为地表水和地下水两大类。全区多年平均水资源总量为34.72亿立方米，其中地表水14.02亿立方米，地下水资源总量为1.3965亿立方米，多年平均过境水资源总量为19.3亿立方米。可利用水资源总量为12.32亿立方米，其中地表水10.89亿立方米，地下水0.69亿立方米，过境水0.74亿立方米。
【森林资源】綦江区森林资源丰富，林木以针叶树、阔叶树为主。针叶树有8个科、19个属、34个种，主要有马尾松、杉树、柏树、华山松、柳杉、侧柏；阔叶树有103个科、400个属、1034个种，主要有壳斗科青冈类（包括短柄包树、麻栎、青冈）、枫香、丝栗、喜树、香樟、楠木、杨树、苦楝、刺槐、桉树等；竹类主要有楠竹、慈竹、水竹、斑竹、刺竹、方竹、白夹竹、苦竹、硬头黄等。全区珍稀濒危树种15个，即银杏、红豆杉、楠木、香樟、铁树、喜树、杜仲、厚朴、润楠、水杉、海南五针松、福建柏、仁豆树、红豆杉、鹅掌楸，其中海南五针松有6500株，红豆杉有2760株，银杏有2332株。红豆杉为国家一级保护植物，银杏、润楠、楠木为国家二级保护植物。全区有古树2245株，其中黄桷树1930株。全区林地面积10.5万公顷，森林面积10.33万公顷，林木蓄积量586万立方米，森林覆盖率47.5%，拥有长田、古剑山2个市级森林公园，老瀛山市级自然保护区，万隆、长田2个区级自然保护区。