巫峡有一部分江段确实有巴峡的叫法，但问题也随之而来。杜甫在诗中的情感主题是“回家”，也就是从杜甫寓居的四川回到中原。杜甫要坐船经长江北上中原，在已东出巫峡的情况下，又怎么可能将船只调转，又向西回溯？如果巴峡在巫峡以东，那杜甫应该写“即从巫山穿巴峡”，而不是相反。从地理逻辑上讲，巴峡只能在巫峡以西，也就是说在长江三峡以西江段，甚至不一定在长江上，有可能在长江的某条支流。
四川省东北部有个巴中市，巴中市北以米仓山、大巴山与陕西省安康为界，东接四川广元，西接四川达州，南接四川南充。巴中境内并没有长江流过，甚至长江重要的支流——嘉陵江也不在巴中境。但是，嘉陵江有条重要的支流叫渠江，在重庆市合川区附近汇入嘉陵江。渠江由北向南流淌，有三个源头，其中北源称为通江，通江又有二源，分别是大通江与小通江。渠江在历史上有一个名称，就是巴江。
有人说巴峡就在巴江上，有人反对说：巴峡并不在巴江上，而就在嘉陵江上，距离渠江比较远。巴中市西南的南充市，其西北部有个阆中，就是三国蜀汉名将张飞驻守的那个阆中。刘备拿下汉中之后，让后起之秀魏延守汉中，原来呼声最高的张飞驻守巴西郡（治阆中）。蜀汉有三大重镇，即成都、汉中、永安（重庆奉节），这三座城市形成一个大三角，而阆中正好夹在这个大三角的中间位置。蜀汉以汉中为重镇防曹魏，以永安为重镇防东吴，阆中就成了救火基地，汉中或永安有险，阆中之兵可及时救援。
从地理上看，阆中位于嘉陵江之畔，顺嘉陵江南下经长江东上永安，或溯嘉陵江上救汉中，都是比较方便的。有学者认为杜甫所说的巴峡，有很大的可能就是指阆中附近的嘉陵江，因为这里的江段有时也称巴江。杜甫有一首诗叫做《南池》，开头就写道：“峥嵘巴阆间，所向尽山谷。安知有苍池，万顷浸坤轴。呀然阆城南，枕带巴江腹。”说明至少在杜甫看来，巴峡就应该在阆中附近的嘉陵江上。
杜甫要回到中原，如果走水路，最有可能的路线就是从阆中顺嘉陵江南下，船入长江，东下顺江至长江三峡，再弃船上岸，出襄阳至河南省。杜甫本来是打算经阆中离开四川的，后来因事留了下来。如果杜甫真要出川，走以上这条路线的可能性非常大。