南通港位于长江下游北岸，江苏省东部的南通市境内，东濒黄海、南临长江，是长江下游唯一处于苏中、苏北地区的大型港口，为国家一类对外开放口岸，国家主枢纽港，也是上海国际航运中心组合港的主要成员。港口沿长江上溯至南京253.7千米；下行至吴淞口96.3千米，长江入海口195.5千米，地理位置非常优越，是理想的大宗货物中转集散中心。
南通港长江段岸线区域自如皋又来沙四号港闸至海门港闸。港口处于江、河、海联运的枢纽地位，东出长江入海可以与我国南北沿海各港口和世界各港通航；上溯长江，可联系苏、皖、赣、鄂、湘、川6省内河通过港口引河与通扬、通吕运河等苏北水系和京杭大运河贯通。陆路与国道204、宁通、通盐、通启和G15、G40高速公路连接。南通兴东民航机场距港区仅20千米，目前已开辟了至北京、广州、深圳、大连、厦门、南京等地的定期航班，海、陆、空立体交通运输的新体系已经形成。
该港现辖如皋、天生、南通、任港、狼山、富民、江海、通海等8个沿江港区和吕四、洋口2个沿海港区，有生产用码头泊位109个，码头岸线总长17540米，其中万吨级以上码头泊位54个。
如皋港区位于如皋港经济开发区岸线内，上界自如皋又来沙四号港闻，下界至洪北沙西南角，拥有可利用岸线3000米～4000米，陆域纵深1200米～1500米。主要为如皋经济开发区招商引资和工业开发服务，是承担油品、液体化工及散杂货储运为主的港区。
天生港区上界自小李港，下界至通吕运河口，岸线长约7500米，陆域纵深1200米。主要承担煤炭、杂货运输任务，为电厂、港闸开发区和临港工业服务。主要有天生港电厂、华能电厂、热电厂、建材厂、越江港务等千吨级长江码头和通吕散货码头、通沙码头
南通港区上界自通吕运河口，下界至南通粮油进出口接运公司与中远南通船厂的分界线，岸线长约1400米，陆域纵深500米～800米，是主要承担散杂货运输并兼顾客运的公用港区。
任港港区上界自南通粮油进出口接运公司下游侧，下界至姚港河口，岸线长约2400米，陆域纵深500米～800米，是主要为船舶工业服务的临港工业港区。
狼山港区上界自姚港河口，下界至狼山龙爪岩取水口上游1千米处，岸线长约3250米，陆域纵深700米～1200米，是以承担大宗散货、集装箱以及散杂货运输为主的综合性港区，包括姚港、狼山、集装箱3个港务公司。
富民港区上界自库子港河口，下界至老洪港风景区上游段，岸线长约4500米，陆域纵深800米，是承担杂货、液体化工为主的港区，主要为国家级南通经济技术开发区服务。
江海港区上界自老洪港风景区下游段，下界至东方红涵洞，岸线长约5200米，陆域纵深1200米，是以承担原材料、成品油及液体化工运输为主的公用港区。
通海港区上界自东方红函洞，下界至海门港间，规划岸线长约10千米，其中约5千米沿岸的水深可达20米，陆城纵深1500米，是以集装箱、大宗散货为主的综合性港区。
吕四港区为利用大洋港外小洪深水槽内建设的深水泊位港区，大电厂在该港区内建有煤炭专用泊位。
洋口港区为利用烂沙洋深槽建设的深水泊位港区，以公用码头和临港工业的头为主。
南通港港口设施齐全，助航标志完善，港域宽阔、水深，万吨级船舶四季均能通航。船舶装卸货物以靠泊码头作业为主，同时也可进行过驳作业。目前，南通港拥有长江沿线最为先进的散货作业系统，吨位最大的散货码头，面积最大的长江港池，已成为长江沿线最大的矿石中转基地，最大的大豆、菜籽进出口基地。
南通港是我国长江下游对外贸易口岸和进出口物资江海中转主枢纽港之一，上海国际航运中心组合港之一，担负着南通市和苏北地区内、外贸易运输，长江中、上游大宗散货的中转和外贸进出口运输及旅客运输。作为我国首批对外开放港口，目前已与日本、美国、欧洲、香港等100多个国家和地区的300多个港口通航。南通港地处长江入海口，背靠苏北平原，有着十分广阔的经济腹地，是江苏省中部重要的经济发展地区，中转腹地为长江沿线的6省1市，同时还涉及云、贵、豫、陕等省，进出港的主要货种为煤炭、金属矿石、钢铁、矿建材料、水泥、化肥、木材、棉花、糖、杂货等。2014年，港口完成货物吞吐量2.16亿吨，其中外贸货物吞吐量4813.6万吨，集装箱吞吐量71.1万标准箱。