马丘比丘被分成两个大区——城市区和农业区。两区之间由巨大石墙分隔。农业区再分为上城区和下城区，考古学家将城市区细分为三个区域：圣区（Sacred District）、平民南区（Popular District to the south）、祭司与贵族区（Priests and the Nobility）。马丘比丘共有包括神殿、圣坛、公园、住宅在内的建筑140个，还有数量众多的喷泉和完整的水利系统。水渠和下水管道与灌溉系统巧妙相连，有学者证实，马丘比丘的灌溉系统设计可以让圣泉的水依次流淌过每一间房间。印加建筑风格的无数小细节是使这座失落之城得以完整重现在世人面前的重要因素：门窗都是梯形的、拐角处全部磨圆，房间内的拐角都微微向内倾斜；连在一起的墙壁每一堵都不是完全竖直的，它们之间相抵连成排，石头之间的拼接如此精准，连一片玻璃都难以插进去。所有这些设计，使得整个结构更加坚固。