青州博物馆虽说是县级综合性博物馆，但是国家一级博物馆中唯一的县级综合性博物馆，馆藏文物比较多，而且还有三大镇馆之宝，东汉“宜子孙”玉璧、明万历二十六年赵秉忠殿试卷和龙兴寺造像。
东汉“宜子孙”玉璧第一件“镇馆之宝”：东汉“宜子孙”玉璧。
1982年，有人在路过谭坊镇马家冢子村时，发现街上有孩子拖着一块白色玉片玩耍，玉片纹饰考究，遂告知了青州博物馆。
知情后，博物馆派考古人员前往调查，由此发现了谭坊公社马家冢子汉墓。经过抢救性发掘，共出土文物298件，其中玉璧9件，另有大量玉制品以及用铜丝编结的玉衣残片。而那块被孩子拖着玩耍的玉璧，就是东汉“宜子孙”玉璧。
玉璧采用新疆和田玉雕琢而成，高20.8厘米，外径15.4厘米，内径2.6厘米，重375克。玉壁内区饰有158个蒲纹形乳丁，外区饰蟠螭纹，出廓上方两边透雕双龙纹钮，钮中间透雕篆书“宜子孙”三字，乃“子子孙孙宜室宜家”之吉祥用语，是国内迄今为止发现的最完整、最大、质地最优、艺术性最高的一件玉璧。在2023年新馆开馆时，东汉“宜子孙”玉璧首次以真迹形式展出。
明万历二十六年赵秉忠殿试卷第二件“镇馆之宝”：明万历二十六年赵秉忠殿试卷。
1983年，青州博物馆原馆长魏振圣在进行文物考察时，偶然得知赵秉忠殿试状元卷的信息后激动不已，几经周折联系到赵氏第13代孙赵焕彬，经过24次登门拜访和劝说，最终将状元卷征集入馆。
赵秉忠1573年出生于青州府益都县，25岁参加殿试，考取第一甲第一名，成为明代第47位状元。那一年殿试中，万历皇帝亲拟题目《问帝王之政与帝王之心》，赵秉忠在答卷中提出了实政与实心的概念。实政，即立纪纲，饬法度，依法治国;实心，即振怠惰，励精明，励精图治。
赵秉忠状元卷由三层宣纸制成，共19折册，通篇2460字，用馆阁体写成，字迹工整，无一笔误，堪比印刷。这份状元卷，填补了我国明代宫廷档案的空白，成为大陆唯一保留下来的状元卷(台北故宫博物院藏有几份清朝状元答卷)。
龙兴寺造像第三件“镇馆之宝”：龙兴寺造像。
1996 年龙兴寺遗址窖藏出土的400 余尊佛教造像，时间跨越北魏至北宋，长达500 年。
这批造像数量多、品种全，雕刻精美、贴金彩绘保存完好、跨越时间长，引起海内外的高度关注，先后被评为“1996 年全国十大考古新发现”“中国20 世纪100 项考古大发现”，被称为改写东方艺术史的杰作。
其先后多次到国内外著名博物馆举办大型专题展，成为青州走向世界的桥梁，是中国古代雕塑艺术的杰出代表，所到之处，让人叹为观止。